Циркулирующая опухолевая ДНК как маркер ответа на противоопухолевое лечение метастатического рака (FLUIDO) (FLUIDO)

Пациенты Пациенты с метастатическим раком, получающие противоопухолевое лечение, имеют право на участие, если молекулярный маркер известен либо из-за типа рака (случай A), либо если молекулярный маркер известен из-за рутинной оценки (случай B). Примером «Случая А» является рак поджелудочной железы, который, как известно, содержит мутации KRAS как часть онкогенеза более чем в 90% (8), или множественные виды рака, содержащие метилированный WIF (9). Типичным примером «Случая B» является колоректальный рак или рак желудка. Системное лечение требует знания мутационного статуса RAS, EGFR и BRAF, который обычно оценивается в опухолевой ткани. При обнаружении мутации пациент имеет право на участие в проекте. Наконец, мы планируем включить не менее 40 пациентов с mPDAC, еще 40 пациентов с mCRC и 20 пациентов с mGC (всего не менее 100 пациентов).

• Таким образом, критериями включения являются:

  • Метастатический рак (mPDAC, mGC, mCRC)
  • Известная мутация рака
  • Подписанное информированное согласие
  • Не менее 18 лет
  • Подходит для противоопухолевого лечения
  • Пациент проходит лечение в Ordensklinikum Linz
• Критерии исключения o Критерии включения не соблюдены

Мониторинг лечения Циркулирующая опухолевая ДНК анализируется из периферической крови. Для этого в начале и во время лечения дополнительно к объему крови, необходимому для анализов в рамках рутинного лечения, берут 30 мл крови. Таким образом, нет никаких дополнительных временных точек для забора крови, помимо тех, которые необходимы для обычного ухода. В связи с этим сроки зависят от исследуемого типа рака, поскольку схемы лечения различаются. Однако внутри объекта временные точки однородны.

Анализ цДНК Подготовка цДНК проводится в Лаборатории молекулярной биологии и цитогенетики опухолей Орденклиникум Линца (Dr. Gerald Webersinke) и цифровую капельную ПЦР проводит кафедра генетики Медицинского университета Инсбрука (проф. Йоханнес Зчоке). Анализ выполняется пакетно, а не в режиме реального времени. В частности, обнаружение ctDNA основано на скрининге KRAS в mPDAC или на специфичной для пациента ddPCR. Последняя специфичная для пациента ddPCR основана на мутациях, обнаруженных в опухоли с помощью NGS-скрининга (ARCHER или Truesight 170 или полногеномного секвенирования, если панели отрицательны) в лаборатории в Линце. Это относится к mGC и mCRC, где возможны множественные мутации (KRAS, NRAS, BRAF, TP53). У пациентов, страдающих мКРР, этот анализ проводится в рамках рутинных процедур, поскольку такие мутации имеют решающее значение для принятия решения о лечении. В случае мутаций mGC проводится скрининг в рамках предлагаемого проекта.

Радиологическая оценка Оценка ответа на лечение проводится в рамках стандартного лечения после двух-трех месяцев лечения в отделении радиологии Орденклиникум Линца.

Статистические данные анализируют для выявления зависимости между динамикой цДНК и реакцией на лечение. Например, метод хи-квадрат. Используемое программное обеспечение — RStudio версии 1.2.5019.

Описательная статистика Среднее значение, стандартное отклонение, минимум и максимум для каждой концентрации ctDNA в каждый момент времени.

Анализ ROC-AUC для каждой временной точки

• Динамика концентрации цтДНК в каждый момент времени (метрическая переменная)
• Результат через 12 недель как дихотомическая переменная (респондер [SD/PR/CR], нереспондер).
• Расчет AUC с 95% ДИ (все временные точки)
• ROC-кривая (все временные точки)
• Расчет чувствительности и специфичности для всех временных точек с 95% ДИ
• Определение оптимального порогового значения по чувствительности и специфичности для каждой временной точки
• Сравнение прогностической ценности каждой временной точки на основе чувствительности/специфичности, AUC по значениям ДИ

Анализ мощности Основываясь на текущем наборе пациентов, мы предполагаем, что окончательное число пациентов составит 100 человек.

Предположения:

• п = 100
• Мощность 80 %
• Значимость-ниво 5 %, доверительный интервал (ДИ) 95 %
• Доля ответивших (оценочная распространенность): 0,2, 0,4 и 0,6
• Чувствительность и специфичность: 0,6, 0,7 и 0,8.
• Коэффициент отсева: 15 %

План анализа Сначала мы сравниваем кривые Roc в разные моменты времени, чтобы определить момент времени, который является лучшим компромиссом между производительностью и выигрышем во времени (недостаток мощности для проведения статистических сравнений). На втором этапе мы определяем наилучшую точку отсечения ctDNA в выбранный момент времени, например, на основе индекса Юдена, и задаем чувствительность/специфичность, а также NPV/PPV в этой точке отсечения.