Точность метагеномного забора крови для идентификации возбудителя у больных инфекционным эндокардитом (AMetIP)

Инфекционный эндокардит (ИЭ) возникает, когда бактерии или грибки поселяются на клапанах сердца и повреждают ткани. Заболевание может иметь катастрофические последствия и привести к смерти, сердечной недостаточности, инсульту, почечной недостаточности и другим осложнениям. Поражение клапанов требует хирургического вмешательства на сердце примерно в 50% случаев эндокардита; раннее лечение антибиотиками уменьшает осложнения и улучшает прогноз, уменьшая необходимость хирургического вмешательства. Это зависит от быстрого и точного определения возбудителя для назначения эффективной и целенаправленной антимикробной терапии.

На сегодняшний день лучшим методом идентификации бактерий является культура крови: организмы идентифицируются путем выращивания их из крови. Однако обычно это занимает до 5 дней.

У 18% пациентов при посеве крови не удается выявить возбудитель – отрицательный инфекционный эндокардит при посеве крови (BCNIE). В результате пациентов лечат антибиотиками более широкого спектра действия, которые обладают большей токсичностью, чем таргетные схемы, что приводит к более высокому уровню осложнений. Поэтому необходимы альтернативные технологии стандартному посеву крови.

Клиническая метагеномика (CMg) позволяет секвенировать бактериальную ДНК из образцов крови, что позволяет точно и быстро идентифицировать возбудитель. До сих пор эта технология была дорогой и ограниченной. Новая технология меняет облик CMg и потенциально позволит быстро идентифицировать организмы с низкими затратами.

Кардиологический центр Бартса (BHC) — один из крупнейших кардиологических центров в мире, ежегодно обслуживающий 150 случаев ИЭ. Хотя смертность от ИЭ остается высокой - 17,1% в недавно опубликованном исследовании EuroENDO, - больничная смертность в Кардиологическом центре Бартса составляет ~13%.

Институт Квадрам (QI) — это научно-исследовательский институт, финансируемый Советом по исследованиям в области биотехнологий и биологических наук (BBSRC), обладающий специальным опытом в области CMg, включая две статьи в журнале Nature.

Это исследование с участием 200 пациентов позволит оценить точность CMg крови и определить наилучшее время для взятия проб, а также его экономическую эффективность. У пациентов попросят дополнительные 10 мл крови, которые будут отправлены в QI вместе с обычным анализом крови при поступлении.

Кроме того, если хирургическое вмешательство необходимо по клиническим показаниям, часть удаленной ткани сердечного клапана также будет отправлена ​​на анализ CMg. Результаты CMg будут сравниваться с культурой крови. Также будет набрана контрольная группа пациентов, перенесших операцию на клапане по показаниям, не связанным с ИЭ.

Чтобы помочь в будущем открытии клинической службы CMg в Национальной системе здравоохранения, будет разработан анализ экономической эффективности использования CMg в диагностике и лечении эндокардита.