Желудочно-кишечный микробиом и ответ на иммунотерапию при метастатической злокачественной меланоме

В этом проспективном нерандомизированном клиническом исследовании оценивается прогностическая и предсказательная ценность желудочно-кишечного микробиома у пациентов с метастатической злокачественной меланомой, получающих иммунотерапию ингибиторами контрольных точек (ингибиторы PD-1 и CTLA-4) в качестве терапии первой линии. Хотя иммунотерапия улучшила выживаемость при метастатической меланоме, клинические исходы остаются неоднородными, и значительная доля пациентов испытывает иммуноопосредованные нежелательные явления, псевдопрогрессию или гиперпрогрессию. Выявление биомаркеров, предсказывающих ответ и токсичность, остается клинически важным.

Желудочно-кишечный тракт содержит высокую концентрацию микробов и лимфоидной ткани, а иммунная система и микробиом находятся в тесном взаимодействии. Желудочно-кишечный микробиом влияет на системный иммунный ответ через продукцию цитокинов и регуляцию активности Т-клеток. Предыдущие исследования предполагают, что состав и разнообразие микробиома могут быть связаны с общей выживаемостью (ОВ), выживаемостью без прогрессирования (ВБП) и ответом на лечение у пациентов, получающих ингибиторы контрольных точек. Дисбиоз, вызванный антибиотиками, ассоциирован со сниженной эффективностью иммунотерапии, а трансплантация фекальной микробиоты показала потенциал в преодолении резистентности к ингибиторам PD-1.

Основная цель этого исследования — определить, связан ли преобладающий состав желудочно-кишечного микробиома с объективным ответом на ингибиторы PD-1 и CTLA-4 у пациентов с метастатической злокачественной меланомой, оцененным в соответствии с критериями iRECIST. Основная гипотеза заключается в том, что специфический профиль микробиома связан с ответом на лечение и выживаемостью без прогрессирования (ВБП).

Второстепенные цели включают оценку связи между составом микробиома и иммуноопосредованными нежелательными явлениями, прогрессированием заболевания во время лечения, а также популяциями иммунных клеток периферической крови (CD3+, CD4+, CD8+, соотношение CD4/CD8 и макрофаги).

Всего в исследование были включены 132 пациента, получавших терапию ингибиторами контрольных точек первой линии в Институте онкологии Любляны в период с марта 2022 по март 2024 года. Клинические данные собирались в анонимизированной форме и включают пол, возраст, дату диагноза, статус работоспособности при начале лечения, лабораторные параметры (включая ЛДГ и S100), локализацию меланомы, статус BRAF, продолжительность лечения, радиологический ответ и иммуноопосредованные нежелательные явления.

В дополнение к стандартному лечению участники проходили сбор биологических образцов для исследования согласно предопределенному графику. Образцы стула собирались до начала лечения, на 12-й неделе (+2 недели) и 28-й неделе (+2 недели), при подозрении на прогрессирование/гиперпрогрессию и при возникновении иммуноопосредованных нежелательных явлений. Если участники получали антибактериальную терапию, сбор стула откладывался и проводился через три недели после завершения приема антибиотиков. Образцы анализировались на Биотехническом факультете Люблянского университета с использованием ампликонного секвенирования 16S рРНК с технологией Illumina 16S/ITS Nextera двухэтапной ПЦР и MiSeq 2×300. Биоинформатический и статистический анализ проводился с использованием конвейера UPARSE, баз данных Silva NR SSU и LTP SSU, программного пакета Mothur и пакета R Phyloseq.

Образцы периферической венозной крови собирались не позднее чем за четыре недели до начала лечения, на 12-й неделе (+2 недели) и 28-й неделе (+2 недели), при подозрении на прогрессирование/гиперпрогрессию и при возникновении иммуноопосредованных нежелательных явлений. Дополнительные образцы крови анализировались в отделении цитологии Института онкологии Любляны с использованием проточной цитометрии для определения популяций иммунных клеток, включая CD3+, CD4+, CD8+, соотношение CD4/CD8 и макрофаги. Образцы анализировались с использованием программного обеспечения FACSCanto 10 и FACSDiva.

Радиологическая оценка проводилась с использованием ПЭТ/КТ или КТ триплета (голова, грудная клетка, брюшная полость) в течение четырех недель до начала лечения, а также на 12-й неделе (+2 недели) и 28-й неделе (+2 недели). Дополнительная визуализация выполнялась при подозрении на прогрессирование или на основании клинического суждения. Ответ на лечение оценивался в соответствии с критериями iRECIST и классифицировался как полный ответ (ПО), частичный ответ (ЧО), стабилизация заболевания (СЗ) или прогрессирование заболевания (ПЗ). Псевдопрогрессия определялась как временное радиологическое прогрессирование без клинического ухудшения с последующим уменьшением опухолевой нагрузки.