Molekylär och genomisk profilering av huvud- och halstumörer

Tidigare forskning av vår grupp som använder genetisk mikroarrayanalys av HNSCC och normala keratinocyter har identifierat två distinkta grupper av genetiskt uttryck baserat på klustringsmönster för en undergrupp av gener. Kliniska data sammanfattades för varje grupp och totalt sett var patientsegregering genom genuttrycksprofilering en bättre prediktor för utfallet än klinisk-patologiska variabler. Ytterligare analys identifierade 375 gener som skiljer mellan de genotypiska subtyperna av HNSCC. Sammantaget har våra preliminära data visat att mönstret av globalt genuttryck i ett HNSCC-prov kan användas som en prediktor för prognos. Vi isolerade undergrupper av gener som visar de största mönstren av divergens i genuttryck. Vi har också identifierat 366 överuttryckta och 246 underuttryckta gener när vi jämför primärtumör med normala kirurgiska marginaler och har identifierat ett liknande antal gener vars uttryck har förändrats när vi jämför primärtumör med lymfkörtelmetastas. Genom att kombinera dessa datamängder har vi identifierat gener som konsekvent ökar eller minskar uttrycket under progression från normal vävnad till primär tumör och därefter till metastatisk nod. Vi har valt ut flera kandidatgener för efterföljande analys med hjälp av HNSCC-vävnadsmatriser. Genom DNA-mikroarrayanalys och andra tekniker för att titta på genetiska och molekylära egenskaper kan en mer detaljerad kunskap om den maligna transformationsprocessen och förändringar med terapi erhållas hos dessa patienter. Denna studie kommer att försöka utföra omfattande molekylär och genetisk profilering för att förbättra utvecklingen av biomarkörer i HNSCC och korrelera dessa data med patientens kliniska data. I slutändan hoppas man att tumörspecifika genetiska abnormiteter kan identifieras som kan ge mål för behandlingsstrategier som genterapi, immunterapi eller andra ingrepp.

Studiemål:

Att utvärdera genuttrycksmönster i mänskligt skivepitelcancer i huvud och nacke och korrelera detta med behandlingssvar, både kirurgiskt och icke-kirurgiskt.

Att identifiera en serie diagnostiska markörer i blod, urin och/eller sputum för skivepitelcancer i huvud och nacke och studera verkningsmekanismen för dessa proteiner.