Återkomst av genomiska resultat och aggregerad penetrans i populationsbaserade kohorter (PopSeq)

Målen med detta projekt är att: 1) Återföra kliniskt genomförbara genomiska resultat till deltagarna och spåra resultat. Bland levande FHS/JHS-deltagare som har samtyckt till gRoR, kommer vi att kontakta dem där en skadlig handlingsbar variant upptäcks i en av generna som noteras på ACMG:s rekommenderade sekundära resultatlista (uppskattningsvis 2% av deltagarna). 2) Förbättra metoder med hög genomströmning för att identifiera giltig patogen variation. Förfina och tillämpa metoder för screening med hög genomströmning av FHS/JHS-genom på ett sätt som behåller hög känslighet för detektering av skadliga varianter i ~ 3500 gener som är associerade med Mendels sjukdom samtidigt som den falska upptäckten av varianter som inte är patogena/sannolikt patogena minskar. 3) Utforska aggregerad penetrans för Mendelska sjukdomar. Granska fenotypdata från en undergrupp av FHS- och JHS-deltagare och jämför detta med genotypdata.

Data som ska samlas in inkluderar utfall och fenotypisk data om de individer som går med på gRoR och som får reda på att de har en skadlig variant i en av de gener som anges i ACMG. Dessa data kommer att självrapporteras genom undersökningar och tillgängliga medicinska journaler kommer att granskas. Ytterligare fenotypiska data kan samlas in och granskas för andra icke-handlingsbara gener för mendelska sjukdomar för att utforska genomisk penetrans.

Forskningsdeltagare som identifieras med en skadlig variant i en handlingsbar gen kan få direkta hälsofördelar av att lära sig denna information; men att returnera genomiska resultat till friska individer som inte uppvisar en medicinsk indikation kan innebära oväntade skador relaterade till variantriktade ökningar av screening och hantering. Denna studie är inriktad på att utforska fördelarna och eventuella skador relaterade till att returnera genomisk information i populationsbaserade kohorter. Det kommer också att göra det möjligt för oss att bättre förstå penetreringen av dessa varianter i två populationer som inte valts ut för sjukdomsstatus och kommer att tillåta oss att jämföra resultat i en primärt afroamerikansk befolkning jämfört med en kaukasisk befolkning. Att utveckla metoder för att effektivisera variantanalys kommer att bidra till att förbättra laboratorieeffektiviteten och kommer att utveckla området för variantkuration och analys.