Returnering af genomiske resultater og aggregeret penetrering i befolkningsbaserede kohorter (PopSeq)

Formålet med dette projekt er at: 1) Returnere klinisk brugbare genomiske resultater til deltagerne og spore resultater. Blandt nulevende FHS/JHS-deltagere, som har givet samtykke til gRoR, vil vi kontakte dem, hos hvem der opdages en skadelig handlingsbar variant i et af generne, der er noteret på ACMG's anbefalede sekundære fundliste (estimeret 2% af deltagerne). 2) Forbedre high-throughput metoder til at identificere valid patogen variation. Forfin og anvende metoder til screening med høj kapacitet af FHS/JHS-genomer på en måde, der bevarer høj følsomhed til påvisning af skadelige varianter i ~3500 gener, der er forbundet med Mendelian sygdom, samtidig med at den falske opdagelsesrate af varianter, der ikke er patogene/sandsynligt patogene, reduceres. 3) Udforsk samlet penetrering for Mendelske sygdomme. Gennemgå fænotypedata fra en undergruppe af FHS- og JHS-deltagere og sammenlign dette med genotypiske data.

Data, der skal indsamles, omfatter udfald og fænotypiske data om de personer, der accepterer gRoR, og som erfarer, at de har en skadelig variant i et af generne på ACMG-listen. Disse data vil blive selvrapporteret gennem undersøgelser, og tilgængelige lægejournaler vil blive gennemgået. Yderligere fænotypiske data kan indsamles og gennemgås for andre ikke-handlingsbare mendelske sygdomsgener for at udforske genomisk penetrans.

Forskningsdeltagere, som er identificeret med en skadelig variant i et handlingsbart gen, kan få direkte sundhedsmæssige fordele ved at lære denne information; dog kan returnering af genomiske resultater til raske individer, der ikke præsenterer for en medicinsk indikation, udgøre uventede skader relateret til variant-rettede stigninger i screening og behandling. Denne undersøgelse er fokuseret på at udforske fordelene og eventuelle skader relateret til returnering af genomisk information i populationsbaserede kohorter. Det vil også give os mulighed for bedre at forstå penetreringen af ​​disse varianter i to populationer, der ikke er udvalgt til sygdomsstatus, og vil give os mulighed for at sammenligne resultater i en primært afroamerikansk befolkning vs en kaukasisk befolkning. Udvikling af metoder til at strømline variantanalyse vil hjælpe med at forbedre laboratorieeffektiviteten og vil fremskride inden for variantkuration og analyse.