Restituzione dei risultati genomici e penetranza aggregata nelle coorti basate sulla popolazione (PopSeq)
1 aprile 2024 aggiornato da: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Il progetto PopSeq è uno studio prospettico di coorte che svilupperà e implementerà un processo di ritorno genomico dei risultati (gRoR) nelle coorti del Framingham Heart Study (FHS) e del Jackson Heart Study (JHS) ed esplorerà i risultati medici, comportamentali ed economici associati.
Lo studio interpreterà le sequenze genomiche dei partecipanti JHS/FHS precedentemente sequenziati da TOPMed che hanno acconsentito alla restituzione genomica dei risultati e/o ai test genetici.
Svilupperemo e applicheremo nuovi metodi per lo screening/classificazione scalabile delle varianti genomiche ed esploreremo la penetranza genomica fenotipizzando un sottoinsieme di partecipanti a FHS e JHS.
Panoramica dello studio
Stato
Iscrizione su invito
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Gli obiettivi di questo progetto sono: 1) Restituire ai partecipanti risultati genomici utilizzabili clinicamente e tenere traccia dei risultati. Tra i partecipanti FHS / JHS viventi che hanno acconsentito a gRoR, contatteremo coloro in cui viene scoperta una variante dannosa attivabile in uno dei geni indicati nell'elenco dei risultati secondari raccomandati dall'ACMG (stima 2% dei partecipanti). 2) Migliorare i metodi ad alto rendimento per identificare variazioni patogene valide. Perfeziona e applica metodi per lo screening ad alto rendimento dei genomi FHS/JHS in modo da mantenere un'elevata sensibilità per il rilevamento di varianti dannose in ~ 3500 geni associati alla malattia mendeliana, riducendo al contempo il tasso di false scoperte di varianti che non sono patogene/probabilmente patogene. 3) Esplorare la penetranza aggregata per le malattie mendeliane. Rivedere i dati sul fenotipo di un sottoinsieme di partecipanti FHS e JHS e confrontarli con i dati genotipici.
I dati da raccogliere includono risultati e dati fenotipici sugli individui che accettano gRoR e che apprendono di avere una variante dannosa in uno dei geni elencati nell'ACMG. Questi dati saranno auto-segnalati attraverso sondaggi e le cartelle cliniche disponibili saranno riviste. Ulteriori dati fenotipici possono essere raccolti e rivisti per altri geni della malattia mendeliana non utilizzabili per esplorare la penetranza genomica.
I partecipanti alla ricerca che sono identificati con una variante dannosa in un gene utilizzabile possono ricevere benefici diretti per la salute dall'apprendere queste informazioni; tuttavia, la restituzione dei risultati genomici a individui sani che non si presentano per un'indicazione medica può comportare danni imprevisti correlati all'aumento diretto delle varianti nello screening e nella gestione. Questo studio si concentra sull'esplorazione dei benefici e di eventuali danni potenziali correlati alla restituzione di informazioni genomiche in coorti basate sulla popolazione. Ci consentirà inoltre di comprendere meglio la penetranza di queste varianti in due popolazioni non selezionate per lo stato della malattia e ci consentirà di confrontare i risultati in una popolazione principalmente afroamericana rispetto a una popolazione caucasica. Lo sviluppo di metodi per semplificare l'analisi delle varianti contribuirà a migliorare l'efficienza del laboratorio e farà progredire il campo della cura e dell'analisi delle varianti.
Tipo di studio
Interventistico
Iscrizione (Stimato)
110
Fase
- Non applicabile
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Luoghi di studio
-
-
Massachusetts
-
Framingham, Massachusetts, Stati Uniti, 01702
- Framingham Heart Study
-
-
Mississippi
-
Jackson, Mississippi, Stati Uniti, 39213
- Jackson Heart Study
-
-
Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Da 18 anni a 100 anni (Adulto, Adulto più anziano)
Accetta volontari sani
No
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Individui viventi iscritti al Framingham Heart Study e al Jackson Heart Study a cui è stato sequenziato il genoma nell'ambito del programma TOPMed.
- Adulti di età superiore ai 18 anni
- Coloro che hanno acconsentito all'utilizzo dei propri campioni di DNA per scopi di ricerca (e coloro che partecipano a gRoR che hanno acconsentito a ricevere informazioni genomiche).
Criteri di esclusione:
- Partecipanti al Framingham Heart Study o al Jackson Heart Study a cui non è stato sequenziato il genoma nell'ambito di TOPMed
- Partecipanti che non hanno optato per la ricerca genomica/genetica
- Partecipanti che hanno/non hanno acconsentito a ricevere un risultato genomico (solo per la parte gRoR di questo studio)
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Scopo principale: Prevenzione
- Assegnazione: N / A
- Modello interventistico: Assegnazione di gruppo singolo
- Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)
Armi e interventi
Gruppo di partecipanti / Arm |
Intervento / Trattamento |
|---|---|
|
Sperimentale: Partecipanti FHS e JHS con una scoperta genomica attuabile
I partecipanti allo studio Framingham e Jackson Heart che hanno avuto il loro genoma sequenziato come parte di TOPMed riceveranno una notifica se viene identificato un risultato genetico attuabile in un gene ACMG v2.0 e verrà offerta l'opportunità di avere il risultato della loro ricerca confermato clinicamente dallo studio.
|
Sequenziamento dell'intero genoma e segnalazione di risultati genomici attuabili per i geni inclusi nell'elenco dei risultati secondari dell'ACMG.
|
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Proseguire con la divulgazione
Lasso di tempo: Dalla notifica del risultato genetico a 8 mesi dopo la divulgazione
|
I partecipanti JHS/FHS che sono stati sequenziati tramite TOPMed, sono vivi e hanno acconsentito alla restituzione dei risultati riceveranno una notifica se viene scoperto un risultato genetico utilizzabile.
Li contatteremo e offriremo loro l'opportunità di avere la conferma clinica dei loro risultati di ricerca.
Valuteremo la percentuale di individui che scelgono di avere il loro risultato confermato e divulgato al proprio medico.
|
Dalla notifica del risultato genetico a 8 mesi dopo la divulgazione
|
|
Costi di divulgazione
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Determinare i costi e le richieste di tempo associate all'implementazione di gRoR utilizzando un approccio di microcosting in cui il personale dello studio tiene traccia della quantità di tempo che trascorre e delle risorse che utilizza per ogni fase del protocollo.
Per le cure mediche di follow-up, utilizzeremo un approccio di costo lordo in cui applichiamo i piani tariffari dei Centers for Medicare e Medicaid a referti e test completati, ricoveri e modifiche ai farmaci identificati come descritto sopra.
|
1 anno dopo la divulgazione
|
Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Conformità alle linee guida
Lasso di tempo: Storia prima della divulgazione
|
Confronto delle storie personali e familiari di malattia dei partecipanti e dei relativi dati medici disponibili rispetto alle linee guida esistenti per identificare i casi in cui i test genetici e/o il rinvio erano stati giustificati ma non sono mai stati ordinati.
|
Storia prima della divulgazione
|
|
Diagnosi nuove e modificate
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Esamineremo i casi per determinare la percentuale di individui con una diagnosi nuova o modificata attribuita alla divulgazione dei risultati.
|
1 anno dopo la divulgazione
|
|
Salute autovalutata
Lasso di tempo: Dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
Amministreremo un singolo elemento di salute autovalutato derivato dall'SF-12v2.
|
Dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
|
Raccomandazioni MD
Lasso di tempo: Dalla divulgazione a 1 mese dopo la divulgazione
|
Esamineremo le note della tabella delle sessioni di divulgazione dei risultati per determinare i servizi raccomandati in risposta ai risultati genetici.
|
Dalla divulgazione a 1 mese dopo la divulgazione
|
|
Utilizzo dell'assistenza sanitaria
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Monitoreremo l'utilizzo dell'assistenza sanitaria in risposta alla divulgazione dei risultati nel sondaggio di follow-up di un anno, inclusi a) rinvii e test, b) ricoveri e c) modifiche ai farmaci
|
1 anno dopo la divulgazione
|
Altre misure di risultato
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Comportamenti sanitari
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Il sondaggio include una serie di domande sì/no standardizzate per valutare se le informazioni genetiche divulgate abbiano motivato i partecipanti ad apportare modifiche ai comportamenti di salute.
Verrà creato un punteggio di riepilogo in base al numero di comportamenti segnalati dai partecipanti.
|
1 anno dopo la divulgazione
|
|
Impatto specifico dell'informativa
Lasso di tempo: 6 mesi dopo la divulgazione
|
Il sondaggio valuta l'impatto specifico della divulgazione delle informazioni sull'angoscia e sulle emozioni positive utilizzando una versione adattata di 8 elementi del FaCTOR, uno strumento convalidato sviluppato per il sequenziamento genomico che è sensibile alle risposte ai risultati del rischio genetico ad alto e basso rischio.
|
6 mesi dopo la divulgazione
|
|
Soddisfazione per Disclsoure
Lasso di tempo: 6 mesi dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
I sondaggi valuteranno quanto i partecipanti abbiano ritenuto utile che la sessione di divulgazione dei risultati stesse utilizzando una nuova domanda singola.
|
6 mesi dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
|
Rimorso decisionale
Lasso di tempo: 6 mesi dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
I sondaggi valuteranno se i partecipanti si sono pentiti della loro decisione di ricevere le loro scoperte genetiche utilizzando una nuova singola domanda.
|
6 mesi dopo la divulgazione e 1 anno dopo la divulgazione
|
|
Condivisione con i parenti
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Il sondaggio valuterà con quanti parenti i partecipanti hanno condiviso le loro informazioni genetiche.
|
1 anno dopo la divulgazione
|
|
Test di famiglia
Lasso di tempo: 1 anno dopo la divulgazione
|
Il sondaggio valuterà se i partecipanti avevano parenti che hanno ricevuto test genetici sulla base della divulgazione al partecipante.
|
1 anno dopo la divulgazione
|
|
Ansia generale
Lasso di tempo: Post-divulgazione e 6 mesi dopo la divulgazione
|
Misureremo l'ansia generale utilizzando la General Anxiety Disorder Scale 2 (GAD-2), uno strumento validato a 2 item che consentirà agli investigatori di identificare le persone con un potenziale disturbo dell'umore.
|
Post-divulgazione e 6 mesi dopo la divulgazione
|
Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20. Erratum In: Genet Med. 2017 May;19(5):606.
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17. Erratum In: Genet Med. 2017 Apr;19(4):484.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
9 giugno 2021
Completamento primario (Stimato)
30 giugno 2024
Completamento dello studio (Stimato)
30 giugno 2025
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
10 dicembre 2019
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
10 dicembre 2019
Primo Inserito (Effettivo)
12 dicembre 2019
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
2 aprile 2024
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
1 aprile 2024
Ultimo verificato
1 aprile 2024
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- R01HL143295 (Sovvenzione/contratto NIH degli Stati Uniti)
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
NO
Descrizione del piano IPD
I dati dei singoli partecipanti non saranno condivisi.
I dati aggregati saranno condivisi attraverso la pubblicazione e saranno presi in considerazione su richiesta.
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .
Prove cliniche su Sequenziamento genomico
-
Institut National de la Santé Et de la Recherche...Institut Bergonié; Plateforme labellisée Inca - Institut Bergonié, Bordeaux; Plateforme... e altri collaboratoriCompletatoSarcoma dei tessuti molli | Carcinoma colorettaleFrancia
-
Imperial College London Diabetes CentreSconosciutoDisturbi mendeliani | Disordine genetico | Nuova mutazione | Disturbo ereditario | Mutazione De Novo | Malattia ereditaria | Difetti di un singolo geneEmirati Arabi Uniti
-
Peking Union Medical CollegeSconosciutoNeoplasia mammaria femminile | Mutazione | TerapeuticiCina
-
Tianjin Medical University Second HospitalSconosciuto
-
University Hospital, Strasbourg, FranceCompletatoImmunodeficienza primaria (PID) Immunodeficienza variabile comune (CVID)Francia
-
Magdi Yacoub Heart FoundationReclutamentoPredisposizione genetica alla malattiaEgitto