Возвращение геномных результатов и совокупная пенетрантность в популяционных когортах (PopSeq)
8 июля 2026 г. обновлено: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Проект PopSeq — это проспективное когортное исследование, в рамках которого будет разработан и внедрен процесс геномного возврата результатов (gRoR) в когортах Framingham Heart Study (FHS) и Jackson Heart Study (JHS) и изучены связанные с этим медицинские, поведенческие и экономические результаты.
В исследовании будут интерпретироваться геномные последовательности участников JHS/FHS, ранее секвенированных с помощью TOPMed, которые дали согласие на геномный возврат результатов и/или генетическое тестирование.
Мы разработаем и применим новые методы масштабируемого скрининга/классификации геномных вариантов и изучим пенетрантность генома путем фенотипирования подмножества участников FHS и JHS.
Обзор исследования
Статус
Завершенный
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Целями этого проекта являются: 1) Предоставление участникам клинических результатов геномных исследований и отслеживание результатов. Среди живых участников FHS/JHS, давших согласие на gRoR, мы свяжемся с теми, у кого будет обнаружен вредный действенный вариант в одном из генов, отмеченных в списке рекомендуемых вторичных результатов ACMG (оценка 2% участников). 2) Улучшить высокопроизводительные методы для выявления достоверных патогенных вариаций. Уточнить и применить методы высокопроизводительного скрининга геномов FHS/JHS таким образом, чтобы сохранить высокую чувствительность для обнаружения вредных вариантов в ~3500 менделевских генах, связанных с болезнью, при одновременном снижении частоты ложных обнаружений вариантов, которые не являются патогенными/вероятно патогенными. 3) Исследуйте совокупную пенетрантность для менделевских болезней. Просмотрите данные о фенотипе подмножества участников FHS и JHS и сравните их с генотипическими данными.
Данные, которые необходимо собрать, включают результаты и фенотипические данные о людях, которые соглашаются на gRoR и узнают, что у них есть вредный вариант в одном из генов, перечисленных ACMG. Эти данные будут сообщаться самостоятельно посредством опросов, а имеющиеся медицинские записи будут рассмотрены. Дополнительные фенотипические данные могут быть собраны и проанализированы для других неактивных генов менделевской болезни для изучения геномной пенетрантности.
Участники исследования, у которых выявлен вредный вариант гена, на который можно воздействовать, могут получить прямую пользу для здоровья от изучения этой информации; тем не менее, возвращение геномных результатов здоровым людям, не предъявляющим медицинских показаний, может нанести неожиданный вред, связанный с направленным на варианты увеличением скрининга и лечения. Это исследование сосредоточено на изучении преимуществ и любого потенциального вреда, связанного с возвратом геномной информации в популяционных когортах. Это также позволит нам лучше понять пенетрантность этих вариантов в двух популяциях, не отобранных по статусу заболевания, и позволит нам сравнить результаты в преимущественно афроамериканской популяции с европеоидной популяцией. Разработка методов оптимизации анализа вариантов поможет повысить эффективность лабораторий и будет способствовать развитию области курирования и анализа вариантов.
Тип исследования
Интервенционный
Регистрация (Действительный)
7603
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
Massachusetts
-
Framingham, Massachusetts, Соединенные Штаты, 01702
- Framingham Heart Study
-
-
Mississippi
-
Jackson, Mississippi, Соединенные Штаты, 39213
- Jackson Heart Study
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
От 18 лет до 100 лет (Взрослый, Пожилой взрослый)
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Описание
Критерии включения:
- Живые люди, участвующие в исследовании сердца Framingham и исследовании сердца Jackson, у которых был секвенирован их геном в рамках программы TOPMed.
- Взрослые старше 18 лет
- Те, кто дал согласие на использование образцов своей ДНК в исследовательских целях (и те, кто участвует в gRoR, кто дал согласие на получение геномной информации).
Критерий исключения:
- Участники Framingham Heart Study или Jackson Heart Study, чьи геномы не были секвенированы в рамках TOPMed.
- Участники, которые не выбрали геномное/генетическое исследование
- Участники, которые дали/не дали согласие на получение результатов геномного анализа (только для части этого исследования, посвященной gRoR)
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Профилактика
- Распределение: Н/Д
- Интервенционная модель: Одногрупповое задание
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Экспериментальный: Участники FHS и JHS с полезным геномным открытием
Участники исследования Framingham and Jackson Heart Study, чьи геномы были секвенированы в рамках TOPMed, будут уведомлены, если будет идентифицирован действенный генетический результат в гене ACMG v2.0, и им будет предложена возможность получить клиническое подтверждение результатов своего исследования в ходе исследования.
|
Секвенирование всего генома и отчет о важных геномных результатах для генов, включенных в список вторичных результатов ACMG.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Follow Through With Disclosure
Временное ограничение: From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
Living JHS/FHS participants sequenced as part of the TOPMed program who were notified about an actionable genetic result that warranted having the research result verified who followed through with having their result confirmed and disclosed to their health care provider.
|
From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
|
Total Costs of Program Implementation
Временное ограничение: From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
We will determine the costs and associated time demands of implementing gRoR using a microcosting approach in which study staff track the amount of time they spend and the resources they use for each step of the protocol.
Ranges are based on 50% to 200% of point estimates given variability in wages and prices of services.
|
From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
|
Costs of Follow-Up Care
Временное ограничение: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
For follow-up medical care, we use a gross costing approach where we apply Centers for Medicare and Medicaid fee schedules to participant-reported referrals and tests.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Guideline Compliance
Временное ограничение: At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
Number of participants with actionable genetic results who, per the judgement of a genetic specialist, had already met clinical criteria for genetic testing based on their personal and family histories of disease.
|
At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
|
New and Modified Diagnoses
Временное ограничение: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
We will examine cases to determine the percentage of individuals who report a new or modified diagnosis attributed to results disclosure.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Self-Rated Health
Временное ограничение: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A single item of self rated health derived from the SF-12v2.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Number of Participants With Recommendations to Referrals or Services During Clinical Disclosure Sessions
Временное ограничение: From disclosure to 1 month post-disclosure
|
We reviewed chart notes from results disclosure sessions to determine whether referrals or services were recommended in response to genetic findings.
|
From disclosure to 1 month post-disclosure
|
|
Health Care Utilization
Временное ограничение: 1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Health care utilization in response to results disclosure reported by participants in the one year follow-up survey, including referrals, tests and/or procedures, and changes to medications.
|
1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Другие показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Self-Reported Changes to Health Behaviors
Временное ограничение: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A series of standardized yes/no questions that assess whether disclosed genetic information motivated participants to make changes to health behaviors, including diet, exercise, dietary supplements use, alcohol use, stress management, and smoking.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Disclosure-specific Impact
Временное ограничение: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed the disclosure-specific impact of information on distress and positive emotions using an adapted 12-item version of the FaCTOR, a validated instrument developed for genomic sequencing that is sensitive to responses to high- and low-risk genetic risk results.
Subscales assess negative emotions (range: 3 to 15), positive feelings (reverse-scored, range: 4 to 20), uncertainty (range: 3 to 15), and privacy concerns (range: 2 to 10), with higher scores on each subscale indicating more negative experiences.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Satisfaction With Disclosure
Временное ограничение: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed how helpful participants felt the results disclosure session was using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Decisional Regret
Временное ограничение: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed if participants regretted their decisions to receive their genetic findings using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Sharing With Relatives
Временное ограничение: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed with whether participants shared their genetic information with relatives .
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Family Testing
Временное ограничение: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed whether participants had relatives that received genetic testing based on disclosure to the participant.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
General Anxiety
Временное ограничение: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
We measure general anxiety using a 4-item version of the General Anxiety Disorder Scale, a validated scale that allows investigators to identify individuals with a potential mood disorder.
Scores range from 4 to 16, with higher scores indicating greater anxiety.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
9 июня 2021 г.
Первичное завершение (Действительный)
30 мая 2025 г.
Завершение исследования (Действительный)
30 мая 2025 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
10 декабря 2019 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
10 декабря 2019 г.
Первый опубликованный (Действительный)
12 декабря 2019 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
3 августа 2026 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
8 июля 2026 г.
Последняя проверка
1 июля 2026 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- R01HL143295 (Грант/контракт NIH США)
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕТ
Описание плана IPD
Индивидуальные данные участников не будут переданы.
Совокупные данные будут переданы через публикацию и будут рассмотрены по запросу.
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .