Návrat genomických výsledků a souhrnná penetrace v populačních kohortách (PopSeq)
8. července 2026 aktualizováno: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Projekt PopSeq je prospektivní kohortová studie, která vyvine a zavede proces genomické návratnosti výsledků (gRoR) v kohortách Framingham Heart Study (FHS) a Jackson Heart Study (JHS) a prozkoumá související lékařské, behaviorální a ekonomické výsledky.
Studie bude interpretovat genomové sekvence účastníků JHS/FHS dříve sekvenovaných TOPMed, kteří souhlasili s genomickým návratem výsledků a/nebo genetickým testováním.
Vyvineme a aplikujeme nové metody pro škálovatelný screening/klasifikaci genomových variant a prozkoumáme genomovou penetraci pomocí fenotypizace podskupiny účastníků FHS a JHS.
Přehled studie
Postavení
Dokončeno
Intervence / Léčba
Detailní popis
Cíle tohoto projektu jsou: 1) Vrátit klinicky použitelné genomické výsledky účastníkům a sledovat výsledky. Mezi žijícími účastníky FHS/JHS, kteří souhlasili s gRoR, budeme kontaktovat ty, u kterých je objevena škodlivá akceschopná varianta v jednom z genů uvedených na seznamu sekundárních nálezů doporučených ACMG (odhad 2 % účastníků). 2) Zlepšit vysoce výkonné metody pro identifikaci platných patogenních variací. Zdokonalte a aplikujte metody pro vysoce výkonný screening genomů FHS/JHS způsobem, který si zachová vysokou citlivost pro detekci škodlivých variant v ~3500 genech spojených s Mendelovou chorobou a zároveň sníží míru falešných objevů variant, které nejsou patogenní/pravděpodobně patogenní. 3) Prozkoumejte penetraci agregátů pro mendelovské choroby. Zkontrolujte údaje o fenotypu od podskupiny účastníků FHS a JHS a porovnejte je s genotypovými údaji.
Údaje, které mají být shromážděny, zahrnují výsledky a fenotypové údaje o jednotlivcích, kteří souhlasí s gRoR a kteří se dozvěděli, že mají škodlivou variantu v jednom z genů uvedených v ACMG. Tyto údaje budou vykazovány prostřednictvím průzkumů a budou přezkoumány dostupné lékařské záznamy. Další fenotypová data mohou být shromážděna a přezkoumána pro jiné geny mendelovské choroby, které nelze ovlivnit, za účelem prozkoumání genomové penetrace.
Účastníci výzkumu, kteří jsou identifikováni se škodlivou variantou v použitelném genu, mohou získat přímé zdravotní přínosy z učení se této informace; nicméně vracení genomických výsledků zdravým jedincům, kteří nemají lékařskou indikaci, může představovat neočekávané škody související s variantně zaměřeným zvýšením screeningu a léčby. Tato studie je zaměřena na zkoumání přínosů a jakýchkoli potenciálních škod souvisejících s navracením genomických informací v populačních kohortách. Umožní nám to také lépe porozumět penetraci těchto variant ve dvou populacích, které nebyly vybrány pro stav onemocnění, a umožní nám to porovnat výsledky u primárně afroamerické populace vs. kavkazské populace. Vývoj metod pro zefektivnění analýzy variant pomůže zlepšit efektivitu laboratoře a pokročí v oblasti ošetřování a analýzy variant.
Typ studie
Intervenční
Zápis (Aktuální)
7603
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
Massachusetts
-
Framingham, Massachusetts, Spojené státy, 01702
- Framingham Heart Study
-
-
Mississippi
-
Jackson, Mississippi, Spojené státy, 39213
- Jackson Heart Study
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
18 let až 100 let (Dospělý, Starší dospělý)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Žijící jedinci zapsaní do Framingham Heart Study a Jackson Heart Study, kterým byly sekvenovány genomy v rámci programu TOPMed.
- Dospělí starší 18 let
- Ti, kteří souhlasili s použitím jejich vzorků DNA pro výzkumné účely (a ti, kteří se účastní gRoR, kteří souhlasili s přijímáním genomických informací).
Kritéria vyloučení:
- Účastníci Framingham Heart Study nebo Jackson Heart Study, kterým nebyly sekvenovány jejich genomy v rámci TOPMed
- Účastníci, kteří se nerozhodli pro genomický/genetický výzkum
- Účastníci, kteří souhlasili/nesouhlasili s obdržením genomického výsledku (pouze pro část gRoR této studie)
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Prevence
- Přidělení: N/A
- Intervenční model: Přiřazení jedné skupiny
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Účastníci FHS a JHS s funkčním genomickým nálezem
Účastníci Framinghamské a Jackson Heart Study, kterým byly jejich genomy sekvenovány v rámci TOPMed, budou upozorněni, pokud bude identifikován použitelný genetický výsledek v genu ACMG v2.0, a bude jim nabídnuta příležitost nechat si výsledky svého výzkumu klinicky potvrdit studií.
|
Celý genom Sekvenování a hlášení použitelných genomických výsledků pro geny zahrnuté na seznamu sekundárních nálezů ACMG.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Follow Through With Disclosure
Časové okno: From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
Living JHS/FHS participants sequenced as part of the TOPMed program who were notified about an actionable genetic result that warranted having the research result verified who followed through with having their result confirmed and disclosed to their health care provider.
|
From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
|
Total Costs of Program Implementation
Časové okno: From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
We will determine the costs and associated time demands of implementing gRoR using a microcosting approach in which study staff track the amount of time they spend and the resources they use for each step of the protocol.
Ranges are based on 50% to 200% of point estimates given variability in wages and prices of services.
|
From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
|
Costs of Follow-Up Care
Časové okno: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
For follow-up medical care, we use a gross costing approach where we apply Centers for Medicare and Medicaid fee schedules to participant-reported referrals and tests.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Guideline Compliance
Časové okno: At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
Number of participants with actionable genetic results who, per the judgement of a genetic specialist, had already met clinical criteria for genetic testing based on their personal and family histories of disease.
|
At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
|
New and Modified Diagnoses
Časové okno: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
We will examine cases to determine the percentage of individuals who report a new or modified diagnosis attributed to results disclosure.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Self-Rated Health
Časové okno: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A single item of self rated health derived from the SF-12v2.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Number of Participants With Recommendations to Referrals or Services During Clinical Disclosure Sessions
Časové okno: From disclosure to 1 month post-disclosure
|
We reviewed chart notes from results disclosure sessions to determine whether referrals or services were recommended in response to genetic findings.
|
From disclosure to 1 month post-disclosure
|
|
Health Care Utilization
Časové okno: 1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Health care utilization in response to results disclosure reported by participants in the one year follow-up survey, including referrals, tests and/or procedures, and changes to medications.
|
1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Další výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Self-Reported Changes to Health Behaviors
Časové okno: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A series of standardized yes/no questions that assess whether disclosed genetic information motivated participants to make changes to health behaviors, including diet, exercise, dietary supplements use, alcohol use, stress management, and smoking.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Disclosure-specific Impact
Časové okno: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed the disclosure-specific impact of information on distress and positive emotions using an adapted 12-item version of the FaCTOR, a validated instrument developed for genomic sequencing that is sensitive to responses to high- and low-risk genetic risk results.
Subscales assess negative emotions (range: 3 to 15), positive feelings (reverse-scored, range: 4 to 20), uncertainty (range: 3 to 15), and privacy concerns (range: 2 to 10), with higher scores on each subscale indicating more negative experiences.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Satisfaction With Disclosure
Časové okno: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed how helpful participants felt the results disclosure session was using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Decisional Regret
Časové okno: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed if participants regretted their decisions to receive their genetic findings using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Sharing With Relatives
Časové okno: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed with whether participants shared their genetic information with relatives .
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Family Testing
Časové okno: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed whether participants had relatives that received genetic testing based on disclosure to the participant.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
General Anxiety
Časové okno: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
We measure general anxiety using a 4-item version of the General Anxiety Disorder Scale, a validated scale that allows investigators to identify individuals with a potential mood disorder.
Scores range from 4 to 16, with higher scores indicating greater anxiety.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
9. června 2021
Primární dokončení (Aktuální)
30. května 2025
Dokončení studie (Aktuální)
30. května 2025
Termíny zápisu do studia
První předloženo
10. prosince 2019
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
10. prosince 2019
První zveřejněno (Aktuální)
12. prosince 2019
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
3. srpna 2026
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
8. července 2026
Naposledy ověřeno
1. července 2026
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- R01HL143295 (Grant/smlouva NIH USA)
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Popis plánu IPD
Údaje jednotlivých účastníků nebudou sdíleny.
Souhrnná data budou sdílena prostřednictvím zveřejnění a budou zvážena na vyžádání.
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .