Terugkeer van genomische resultaten en geaggregeerde penetratie in op populatie gebaseerde cohorten (PopSeq)
8 juli 2026 bijgewerkt door: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Het PopSeq-project is een prospectieve cohortstudie die een genomisch rendement van resultaten (gRoR)-proces zal ontwikkelen en implementeren in de Framingham Heart Study (FHS) en Jackson Heart Study (JHS) cohorten en de bijbehorende medische, gedrags- en economische resultaten zal onderzoeken.
De studie zal de genomische sequenties interpreteren van JHS/FHS-deelnemers die eerder door TOPMed zijn gesequenced en die hebben ingestemd met genomische teruggave van resultaten en/of genetische testen.
We zullen nieuwe methoden ontwikkelen en toepassen voor schaalbare screening/classificatie van genomische varianten en we zullen genomische penetrantie onderzoeken door een subset van deelnemers aan de FHS en JHS te fenotyperen.
Studie Overzicht
Toestand
Voltooid
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
De doelstellingen van dit project zijn: 1) klinisch bruikbare genomische resultaten teruggeven aan deelnemers en resultaten volgen. Onder de levende FHS/JHS-deelnemers die hebben ingestemd met gRoR, zullen we contact opnemen met degenen bij wie een schadelijke bruikbare variant is ontdekt in een van de genen die zijn vermeld op de ACMG-lijst met aanbevolen secundaire bevindingen (schatting 2% van de deelnemers). 2) Verbeter high-throughput-methoden voor het identificeren van geldige pathogene variatie. Verfijn en pas methoden toe voor high-throughput screening van FHS/JHS-genomen op een manier die een hoge gevoeligheid behoudt voor de detectie van schadelijke varianten in ~3500 Mendeliaanse ziekte-geassocieerde genen, terwijl het valse ontdekkingspercentage van varianten die niet pathogeen/waarschijnlijk pathogeen zijn, wordt verminderd. 3) Onderzoek de totale penetrantie voor Mendeliaanse ziekten. Bekijk fenotypegegevens van een subset van FHS- en JHS-deelnemers en vergelijk deze met genotypische gegevens.
Gegevens die moeten worden verzameld, omvatten uitkomst- en fenotypische gegevens over de personen die akkoord gaan met gRoR en die vernemen dat ze een schadelijke variant hebben in een van de ACMG-geregistreerde genen. Deze gegevens zullen zelf worden gerapporteerd door middel van enquêtes en beschikbare medische dossiers zullen worden beoordeeld. Aanvullende fenotypische gegevens kunnen worden verzameld en beoordeeld voor andere niet-werkbare genen voor de ziekte van Mendel om genomische penetratie te onderzoeken.
Onderzoeksdeelnemers die zijn geïdentificeerd met een schadelijke variant in een bruikbaar gen, kunnen directe gezondheidsvoordelen behalen door deze informatie te leren; het retourneren van genomische resultaten aan gezonde individuen die zich niet presenteren voor een medische indicatie, kan echter onverwachte schade met zich meebrengen in verband met variantgerichte verhogingen van screening en management. Deze studie is gericht op het onderzoeken van de voordelen en mogelijke nadelen van het retourneren van genomische informatie in populatiegebaseerde cohorten. Het zal ons ook in staat stellen om de penetrantie van deze varianten beter te begrijpen in twee populaties die niet geselecteerd zijn op ziektestatus en zal ons in staat stellen om de resultaten in een voornamelijk Afro-Amerikaanse populatie te vergelijken met een blanke populatie. Het ontwikkelen van methoden om variantanalyse te stroomlijnen zal de laboratoriumefficiëntie helpen verbeteren en zal vooruitgang boeken op het gebied van curatie en analyse van varianten.
Studietype
Ingrijpend
Inschrijving (Werkelijk)
7603
Fase
- Niet toepasbaar
Contacten en locaties
In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.
Studie Locaties
-
-
Massachusetts
-
Framingham, Massachusetts, Verenigde Staten, 01702
- Framingham Heart Study
-
-
Mississippi
-
Jackson, Mississippi, Verenigde Staten, 39213
- Jackson Heart Study
-
-
Deelname Criteria
Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
18 jaar tot 100 jaar (Volwassen, Oudere volwassene)
Accepteert gezonde vrijwilligers
Nee
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Levende personen die deelnamen aan de Framingham Heart Study en de Jackson Heart Study en waarvan de sequentie is bepaald als onderdeel van het TOPMed-programma.
- Volwassenen ouder dan 18 jaar
- Degenen die hebben ingestemd met het gebruik van hun DNA-monsters voor onderzoeksdoeleinden (en degenen die deelnemen aan gRoR die hebben ingestemd met het ontvangen van genomische informatie).
Uitsluitingscriteria:
- Deelnemers aan de Framingham Heart Study of Jackson Heart Study bij wie de sequentie van hun genomen niet is bepaald als onderdeel van TOPMed
- Deelnemers die niet hebben gekozen voor genomisch/genetisch onderzoek
- Deelnemers die wel/niet instemden met het ontvangen van een genomisch resultaat (alleen voor het gRoR-gedeelte van deze studie)
Studie plan
Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Primair doel: Preventie
- Toewijzing: NVT
- Interventioneel model: Opdracht voor een enkele groep
- Masker: Geen (open label)
Wapens en interventies
Deelnemersgroep / Arm |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Experimenteel: FHS- en JHS-deelnemers met een bruikbare genomische bevinding
Framingham en Jackson Heart Study-deelnemers bij wie de sequentie van hun genomen is bepaald als onderdeel van TOPMed, worden op de hoogte gebracht als een bruikbaar genetisch resultaat in een ACMG v2.0-gen wordt geïdentificeerd en krijgen de kans om hun onderzoeksresultaat klinisch te laten bevestigen door de studie.
|
Whole Genome Sequencing en rapportage van bruikbare genomische resultaten voor genen die op de ACMG-lijst met secundaire bevindingen staan.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Follow Through With Disclosure
Tijdsspanne: From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
Living JHS/FHS participants sequenced as part of the TOPMed program who were notified about an actionable genetic result that warranted having the research result verified who followed through with having their result confirmed and disclosed to their health care provider.
|
From genetic result notification to 8 months post-disclosure
|
|
Total Costs of Program Implementation
Tijdsspanne: From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
We will determine the costs and associated time demands of implementing gRoR using a microcosting approach in which study staff track the amount of time they spend and the resources they use for each step of the protocol.
Ranges are based on 50% to 200% of point estimates given variability in wages and prices of services.
|
From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
|
|
Costs of Follow-Up Care
Tijdsspanne: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
For follow-up medical care, we use a gross costing approach where we apply Centers for Medicare and Medicaid fee schedules to participant-reported referrals and tests.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Guideline Compliance
Tijdsspanne: At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
Number of participants with actionable genetic results who, per the judgement of a genetic specialist, had already met clinical criteria for genetic testing based on their personal and family histories of disease.
|
At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
|
|
New and Modified Diagnoses
Tijdsspanne: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
We will examine cases to determine the percentage of individuals who report a new or modified diagnosis attributed to results disclosure.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Self-Rated Health
Tijdsspanne: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A single item of self rated health derived from the SF-12v2.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Number of Participants With Recommendations to Referrals or Services During Clinical Disclosure Sessions
Tijdsspanne: From disclosure to 1 month post-disclosure
|
We reviewed chart notes from results disclosure sessions to determine whether referrals or services were recommended in response to genetic findings.
|
From disclosure to 1 month post-disclosure
|
|
Health Care Utilization
Tijdsspanne: 1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Health care utilization in response to results disclosure reported by participants in the one year follow-up survey, including referrals, tests and/or procedures, and changes to medications.
|
1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Andere uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Self-Reported Changes to Health Behaviors
Tijdsspanne: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
A series of standardized yes/no questions that assess whether disclosed genetic information motivated participants to make changes to health behaviors, including diet, exercise, dietary supplements use, alcohol use, stress management, and smoking.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Disclosure-specific Impact
Tijdsspanne: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed the disclosure-specific impact of information on distress and positive emotions using an adapted 12-item version of the FaCTOR, a validated instrument developed for genomic sequencing that is sensitive to responses to high- and low-risk genetic risk results.
Subscales assess negative emotions (range: 3 to 15), positive feelings (reverse-scored, range: 4 to 20), uncertainty (range: 3 to 15), and privacy concerns (range: 2 to 10), with higher scores on each subscale indicating more negative experiences.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Satisfaction With Disclosure
Tijdsspanne: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed how helpful participants felt the results disclosure session was using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Decisional Regret
Tijdsspanne: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
Surveys assessed if participants regretted their decisions to receive their genetic findings using a novel single question.
|
6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Sharing With Relatives
Tijdsspanne: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed with whether participants shared their genetic information with relatives .
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
Family Testing
Tijdsspanne: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
The survey assessed whether participants had relatives that received genetic testing based on disclosure to the participant.
|
1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
|
|
General Anxiety
Tijdsspanne: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
We measure general anxiety using a 4-item version of the General Anxiety Disorder Scale, a validated scale that allows investigators to identify individuals with a potential mood disorder.
Scores range from 4 to 16, with higher scores indicating greater anxiety.
|
Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
|
Medewerkers en onderzoekers
Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.
Publicaties en nuttige links
De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.
Algemene publicaties
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
Studie record data
Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
9 juni 2021
Primaire voltooiing (Werkelijk)
30 mei 2025
Studie voltooiing (Werkelijk)
30 mei 2025
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
10 december 2019
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
10 december 2019
Eerst geplaatst (Werkelijk)
12 december 2019
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
3 augustus 2026
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
8 juli 2026
Laatst geverifieerd
1 juli 2026
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- R01HL143295 (Subsidie/contract van de Amerikaanse NIH)
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
NEE
Beschrijving IPD-plan
Gegevens van individuele deelnemers worden niet gedeeld.
Geaggregeerde gegevens worden via publicatie gedeeld en worden op verzoek in overweging genomen.
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Nee
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Nee
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .