인구 기반 코호트에서 게놈 결과 및 집계 침투의 반환 (PopSeq)
2024년 4월 1일 업데이트: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
PopSeq 프로젝트는 FHS(Framingham Heart Study) 및 JHS(Jackson Heart Study) 코호트에서 게놈 결과 반환(gRoR) 프로세스를 개발 및 구현하고 관련 의학적, 행동 및 경제적 결과를 탐구하는 전향적 코호트 연구입니다.
이 연구는 이전에 TOPMed에 의해 시퀀싱된 JHS/FHS 참가자의 게놈 시퀀스를 해석하며 결과 및/또는 유전자 검사의 게놈 반환에 동의했습니다.
우리는 게놈 변이의 확장 가능한 스크리닝/분류를 위한 새로운 방법을 개발 및 적용하고 FHS 및 JHS 참가자의 하위 집합을 표현형으로 지정하여 게놈 침투를 탐색할 것입니다.
연구 개요
상세 설명
이 프로젝트의 목표는 다음과 같습니다. 1) 임상적으로 실행 가능한 게놈 결과를 참가자에게 반환하고 결과를 추적합니다. gRoR에 동의한 살아있는 FHS/JHS 참가자 중 ACMG 권장 2차 결과 목록(참가자의 약 2%)에 명시된 유전자 중 하나에서 유해한 실행 가능한 변이가 발견된 참가자에게 연락할 것입니다. 2) 유효한 병원성 변이를 식별하기 위한 고처리량 방법을 개선합니다. ~3500개의 멘델 질병 관련 유전자에서 유해한 변이체 검출을 위한 높은 감도를 유지하면서 병원성이 아닌 변이체/병원성 가능성이 있는 변이체의 잘못된 발견 비율을 줄이는 방식으로 FHS/JHS 게놈의 고처리량 스크리닝을 위한 방법을 개선하고 적용합니다. 3) Mendelian 질병에 대한 총 침투를 탐색합니다. FHS 및 JHS 참가자의 하위 집합에서 표현형 데이터를 검토하고 이를 유전자형 데이터와 비교합니다.
수집할 데이터에는 gRoR에 동의하고 ACMG에 나열된 유전자 중 하나에 해로운 변이가 있음을 알게 된 개인에 대한 결과 및 표현형 데이터가 포함됩니다. 이러한 데이터는 설문 조사를 통해 자체 보고되며 사용 가능한 의료 기록이 검토됩니다. 추가적인 표현형 데이터를 수집하고 게놈 침투를 탐색하기 위해 실행 불가능한 다른 멘델 질병 유전자에 대해 검토할 수 있습니다.
실행 가능한 유전자의 해로운 변이로 확인된 연구 참가자는 이 정보를 학습함으로써 직접적인 건강상의 이점을 얻을 수 있습니다. 그러나 의학적 적응증을 나타내지 않는 건강한 개인에게 게놈 결과를 반환하면 선별 및 관리에서 변이 지정 증가와 관련하여 예기치 않은 피해가 발생할 수 있습니다. 이 연구는 인구 기반 코호트에서 게놈 정보를 반환하는 것과 관련된 이점과 잠재적 위험을 탐색하는 데 중점을 둡니다. 또한 질병 상태에 대해 선택되지 않은 두 모집단에서 이러한 변이의 침투를 더 잘 이해할 수 있으며 주로 아프리카계 미국인 인구와 백인 인구의 결과를 비교할 수 있습니다. 변형 분석을 간소화하는 방법을 개발하면 실험실 효율성을 개선하고 변형 큐레이션 및 분석 분야를 발전시킬 수 있습니다.
연구 유형
중재적
등록 (추정된)
110
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 장소
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Massachusetts
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Framingham, Massachusetts, 미국, 01702
- Framingham Heart Study
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Mississippi
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Jackson, Mississippi, 미국, 39213
- Jackson Heart Study
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참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
18년 (성인, 고령자)
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
설명
포함 기준:
- TOPMed 프로그램의 일부로 게놈 시퀀싱을 받은 Framingham Heart Study 및 Jackson Heart Study에 등록된 살아있는 개인.
- 만 18세 이상의 성인
- DNA 샘플을 연구 목적으로 사용하는 데 동의한 사람(및 게놈 정보를 받는 데 동의한 gRoR 참여자).
제외 기준:
- TOPMed의 일부로 게놈 시퀀싱을 하지 않은 Framingham Heart Study 또는 Jackson Heart Study의 참가자
- 게놈/유전 연구를 선택하지 않은 참가자
- 게놈 결과 수신에 동의했거나 동의하지 않은 참가자(본 연구의 gRoR 부분에만 해당)
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 방지
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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실험적: 실행 가능한 게놈 발견이 있는 FHS 및 JHS 참가자
TOPMed의 일부로 게놈 시퀀싱을 받은 Framingham 및 Jackson Heart 연구 참가자는 ACMG v2.0 유전자에서 실행 가능한 유전 결과가 확인되면 통지를 받고 연구 결과를 임상적으로 확인할 수 있는 기회가 제공됩니다.
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전체 게놈 시퀀싱 및 ACMG 2차 결과 목록에 포함된 유전자에 대한 실행 가능한 게놈 결과 보고.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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후속 조치 공개
기간: 유전자 결과 통보부터 공개 후 8개월까지
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TOPMed를 통해 시퀀싱된 JHS/FHS 참가자는 살아 있고 결과 반환에 동의했으며 실행 가능한 유전자 결과가 발견되면 알림을 받습니다.
우리는 그들에게 연락하여 연구 결과를 임상적으로 확인할 수 있는 기회를 제공할 것입니다.
저희는 결과를 확인하고 의료 서비스 제공자에게 공개하기로 선택한 개인의 비율을 평가할 것입니다.
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유전자 결과 통보부터 공개 후 8개월까지
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공개 비용
기간: 공개 후 1년
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우리는 연구 직원이 프로토콜의 각 단계에서 소비하는 시간과 사용하는 리소스를 추적하는 소액 비용 접근 방식을 사용하여 gRoR 구현의 비용 및 관련 시간 요구 사항을 결정할 것입니다.
후속 치료의 경우 위에서 설명한 대로 확인된 의뢰 및 검사, 입원 및 약물 변경을 완료하기 위해 Centers for Medicare 및 Medicaid 요금표를 적용하는 총 비용 접근 방식을 사용합니다.
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공개 후 1년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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지침 준수
기간: 공개 전의 역사
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참가자의 개인 및 가족 질병력과 관련된 사용 가능한 의료 데이터를 기존 지침과 비교하여 유전자 검사 및/또는 의뢰가 보증되었지만 주문되지 않은 경우를 식별합니다.
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공개 전의 역사
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신규 및 수정된 진단
기간: 공개 후 1년
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우리는 결과 공개로 인한 새로운 또는 수정된 진단을 받은 개인의 비율을 결정하기 위해 사례를 조사할 것입니다.
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공개 후 1년
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자체 평가 건강
기간: 공시 후 및 공시 후 1년
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SF-12v2에서 파생된 자체 평가 건강의 단일 항목을 관리합니다.
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공시 후 및 공시 후 1년
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MD 추천
기간: 공개 시점부터 공개 후 1개월까지
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우리는 결과 공개 세션의 차트 노트를 검토하여 유전적 발견에 대응하여 권장되는 서비스를 결정할 것입니다.
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공개 시점부터 공개 후 1개월까지
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건강관리 활용
기간: 공개 후 1년
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우리는 a) 의뢰 및 테스트, b) 입원 및 c) 약물 변경을 포함하여 1년 추적 조사에서 결과 공개에 대한 응답으로 의료 이용을 추적할 것입니다.
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공개 후 1년
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기타 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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건강 행동
기간: 공개 후 1년
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이 설문 조사에는 공개된 유전 정보가 참가자에게 건강 행동을 변경하도록 동기를 부여했는지 여부를 평가하기 위한 일련의 표준화된 예/아니오 질문이 포함되어 있습니다.
참가자가 보고한 행동 수에 따라 요약 점수가 생성됩니다.
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공개 후 1년
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공개 관련 영향
기간: 공개 후 6개월
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이 설문 조사는 고위험 및 저위험 유전적 위험 결과에 대한 반응에 민감한 게놈 시퀀싱을 위해 개발된 검증된 도구인 FaCTOR의 적응된 8개 항목 버전을 사용하여 고통과 긍정적인 감정에 대한 정보의 공개 특정 영향을 평가합니다.
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공개 후 6개월
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공개에 대한 만족
기간: 공개 후 6개월 및 공개 후 1년
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설문조사는 참신한 단일 질문을 사용하여 결과 공개 세션에서 참가자들이 얼마나 도움이 되었다고 느꼈는지 평가할 것입니다.
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공개 후 6개월 및 공개 후 1년
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결정적인 후회
기간: 공개 후 6개월 및 공개 후 1년
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설문조사는 참신한 단일 질문을 사용하여 참가자들이 유전적 발견을 받기로 한 결정을 후회했는지 평가할 것입니다.
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공개 후 6개월 및 공개 후 1년
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친척들과 공유
기간: 공개 후 1년
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이 설문 조사는 얼마나 많은 친척 참가자가 자신의 유전 정보를 공유했는지 평가할 것입니다.
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공개 후 1년
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가족 테스트
기간: 공개 후 1년
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이 설문 조사는 참가자에게 공개된 정보를 기반으로 유전자 검사를 받은 친척이 참가자에게 있는지 여부를 평가합니다.
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공개 후 1년
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일반적인 불안
기간: 공시 후 및 공시 후 6개월
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우리는 조사관이 잠재적인 기분 장애가 있는 개인을 식별할 수 있게 해주는 검증된 2개 항목 도구인 일반 불안 장애 척도 2(GAD-2)를 사용하여 일반적인 불안을 측정할 것입니다.
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공시 후 및 공시 후 6개월
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20. Erratum In: Genet Med. 2017 May;19(5):606.
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
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- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17. Erratum In: Genet Med. 2017 Apr;19(4):484.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
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- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
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- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2021년 6월 9일
기본 완료 (추정된)
2024년 6월 30일
연구 완료 (추정된)
2025년 6월 30일
연구 등록 날짜
최초 제출
2019년 12월 10일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2019년 12월 10일
처음 게시됨 (실제)
2019년 12월 12일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2024년 4월 2일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2024년 4월 1일
마지막으로 확인됨
2024년 4월 1일
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- R01HL143295 (미국 NIH 보조금/계약)
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
아니요
IPD 계획 설명
개별 참가자 데이터는 공유되지 않습니다.
집계 데이터는 게시를 통해 공유되며 요청 시 고려됩니다.
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
아니
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
아니
이 정보는 변경 없이 clinicaltrials.gov 웹사이트에서 직접 가져온 것입니다. 귀하의 연구 세부 정보를 변경, 제거 또는 업데이트하도록 요청하는 경우 register@clinicaltrials.gov. 문의하십시오. 변경 사항이 clinicaltrials.gov에 구현되는 즉시 저희 웹사이트에도 자동으로 업데이트됩니다. .
게놈 시퀀싱에 대한 임상 시험
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Hospital Authority, Hong KongChinese University of Hong Kong완전한
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Fundacion REVIVA, Red de VIH del Valle del CaucaViiV Healthcare; Centro de Investigación en. Enfermedades Infecciosas, Mexico모병