Retorno de resultados genómicos y penetración agregada en cohortes basadas en la población (PopSeq)
8 de julio de 2026 actualizado por: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
El Proyecto PopSeq es un estudio de cohorte prospectivo que desarrollará e implementará un proceso de retorno de resultados genómico (gRoR) en las cohortes del Estudio del corazón de Framingham (FHS) y el Estudio del corazón de Jackson (JHS) y explorará los resultados médicos, conductuales y económicos asociados.
El estudio interpretará las secuencias genómicas de los participantes de JHS/FHS previamente secuenciados por TOPMed que han dado su consentimiento para la devolución de resultados genómicos y/o pruebas genéticas.
Desarrollaremos y aplicaremos nuevos métodos para la detección/clasificación escalable de variantes genómicas y exploraremos la penetración genómica mediante el fenotipado de un subconjunto de participantes en FHS y JHS.
Descripción general del estudio
Estado
Terminado
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Los objetivos de este proyecto son: 1) Devolver resultados genómicos procesables clínicamente a los participantes y realizar un seguimiento de los resultados. Entre los participantes vivos de FHS/JHS que hayan dado su consentimiento para gRoR, nos pondremos en contacto con aquellos en quienes se descubra una variante procesable perjudicial en uno de los genes anotados en la lista de hallazgos secundarios recomendados por el ACMG (estimación del 2 % de los participantes). 2) Mejorar los métodos de alto rendimiento para identificar la variación patógena válida. Refinar y aplicar métodos para la detección de alto rendimiento de los genomas FHS/JHS de una manera que conserve una alta sensibilidad para la detección de variantes perjudiciales en ~3500 genes asociados a la enfermedad mendeliana al tiempo que reduce la tasa de descubrimiento falso de variantes que no son patogénicas/probablemente patogénicas. 3) Explorar la penetrancia agregada para enfermedades mendelianas. Revise los datos de fenotipo de un subconjunto de participantes de FHS y JHS y compárelos con los datos genotípicos.
Los datos que se recopilarán incluyen datos de resultados y fenotípicos de las personas que aceptan gRoR y que se enteran de que tienen una variante perjudicial en uno de los genes enumerados en ACMG. Estos datos serán auto-reportados a través de encuestas y se revisarán las historias clínicas disponibles. Se pueden recopilar y revisar datos fenotípicos adicionales para otros genes de enfermedades mendelianas no accionables para explorar la penetrancia genómica.
Los participantes de la investigación que se identifiquen con una variante perjudicial en un gen procesable pueden recibir beneficios directos para la salud al conocer esta información; sin embargo, devolver los resultados genómicos a individuos sanos que no se presentan para una indicación médica puede presentar daños inesperados relacionados con aumentos dirigidos por variantes en la detección y el manejo. Este estudio se centra en explorar los beneficios y los daños potenciales relacionados con la devolución de información genómica en cohortes basadas en la población. También nos permitirá comprender mejor la penetración de estas variantes en dos poblaciones no seleccionadas por el estado de la enfermedad y nos permitirá comparar los resultados en una población principalmente afroamericana frente a una población caucásica. El desarrollo de métodos para agilizar el análisis de variantes ayudará a mejorar la eficiencia del laboratorio y hará progresar el campo de la curación y el análisis de variantes.
Tipo de estudio
Intervencionista
Inscripción (Actual)
7603
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Ubicaciones de estudio
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Massachusetts
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Framingham, Massachusetts, Estados Unidos, 01702
- Framingham Heart Study
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Mississippi
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Jackson, Mississippi, Estados Unidos, 39213
- Jackson Heart Study
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
18 años a 100 años (Adulto, Adulto Mayor)
Acepta Voluntarios Saludables
No
Descripción
Criterios de inclusión:
- Individuos vivos inscritos en el Framingham Heart Study y el Jackson Heart Study cuyos genomas han sido secuenciados como parte del programa TOPMed.
- Adultos mayores de 18 años
- Aquellos que han dado su consentimiento para que se utilicen sus muestras de ADN con fines de investigación (y aquellos que participan en gRoR que han dado su consentimiento para recibir información genómica).
Criterio de exclusión:
- Participantes del Framingham Heart Study o Jackson Heart Study a quienes no se les ha secuenciado el genoma como parte de TOPMed
- Participantes que no optaron por la investigación genómica/genética
- Participantes que dieron/no dieron su consentimiento para recibir un resultado genómico (solo para la parte de gRoR de este estudio)
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Prevención
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: Asignación de un solo grupo
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Experimental: Participantes de FHS y JHS con un hallazgo genómico procesable
Los participantes del Framingham and Jackson Heart Study cuyos genomas hayan sido secuenciados como parte de TOPMed serán notificados si se identifica un resultado genético procesable en un gen ACMG v2.0 y se les ofrecerá la oportunidad de que el estudio confirme clínicamente el resultado de su investigación.
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Secuenciación del genoma completo e informes de resultados genómicos procesables para genes incluidos en la lista de hallazgos secundarios de ACMG.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Follow Through With Disclosure
Periodo de tiempo: From genetic result notification to 8 months post-disclosure
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Living JHS/FHS participants sequenced as part of the TOPMed program who were notified about an actionable genetic result that warranted having the research result verified who followed through with having their result confirmed and disclosed to their health care provider.
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From genetic result notification to 8 months post-disclosure
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Total Costs of Program Implementation
Periodo de tiempo: From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
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We will determine the costs and associated time demands of implementing gRoR using a microcosting approach in which study staff track the amount of time they spend and the resources they use for each step of the protocol.
Ranges are based on 50% to 200% of point estimates given variability in wages and prices of services.
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From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
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Costs of Follow-Up Care
Periodo de tiempo: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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For follow-up medical care, we use a gross costing approach where we apply Centers for Medicare and Medicaid fee schedules to participant-reported referrals and tests.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Guideline Compliance
Periodo de tiempo: At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
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Number of participants with actionable genetic results who, per the judgement of a genetic specialist, had already met clinical criteria for genetic testing based on their personal and family histories of disease.
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At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
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New and Modified Diagnoses
Periodo de tiempo: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
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We will examine cases to determine the percentage of individuals who report a new or modified diagnosis attributed to results disclosure.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Self-Rated Health
Periodo de tiempo: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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A single item of self rated health derived from the SF-12v2.
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Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Number of Participants With Recommendations to Referrals or Services During Clinical Disclosure Sessions
Periodo de tiempo: From disclosure to 1 month post-disclosure
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We reviewed chart notes from results disclosure sessions to determine whether referrals or services were recommended in response to genetic findings.
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From disclosure to 1 month post-disclosure
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Health Care Utilization
Periodo de tiempo: 1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Health care utilization in response to results disclosure reported by participants in the one year follow-up survey, including referrals, tests and/or procedures, and changes to medications.
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1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Otras medidas de resultado
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Self-Reported Changes to Health Behaviors
Periodo de tiempo: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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A series of standardized yes/no questions that assess whether disclosed genetic information motivated participants to make changes to health behaviors, including diet, exercise, dietary supplements use, alcohol use, stress management, and smoking.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Disclosure-specific Impact
Periodo de tiempo: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed the disclosure-specific impact of information on distress and positive emotions using an adapted 12-item version of the FaCTOR, a validated instrument developed for genomic sequencing that is sensitive to responses to high- and low-risk genetic risk results.
Subscales assess negative emotions (range: 3 to 15), positive feelings (reverse-scored, range: 4 to 20), uncertainty (range: 3 to 15), and privacy concerns (range: 2 to 10), with higher scores on each subscale indicating more negative experiences.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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Satisfaction With Disclosure
Periodo de tiempo: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Surveys assessed how helpful participants felt the results disclosure session was using a novel single question.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Decisional Regret
Periodo de tiempo: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Surveys assessed if participants regretted their decisions to receive their genetic findings using a novel single question.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Sharing With Relatives
Periodo de tiempo: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed with whether participants shared their genetic information with relatives .
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Family Testing
Periodo de tiempo: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed whether participants had relatives that received genetic testing based on disclosure to the participant.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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General Anxiety
Periodo de tiempo: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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We measure general anxiety using a 4-item version of the General Anxiety Disorder Scale, a validated scale that allows investigators to identify individuals with a potential mood disorder.
Scores range from 4 to 16, with higher scores indicating greater anxiety.
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Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Publicaciones y enlaces útiles
La persona responsable de ingresar información sobre el estudio proporciona voluntariamente estas publicaciones. Estos pueden ser sobre cualquier cosa relacionada con el estudio.
Publicaciones Generales
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
9 de junio de 2021
Finalización primaria (Actual)
30 de mayo de 2025
Finalización del estudio (Actual)
30 de mayo de 2025
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
10 de diciembre de 2019
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
10 de diciembre de 2019
Publicado por primera vez (Actual)
12 de diciembre de 2019
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
3 de agosto de 2026
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
8 de julio de 2026
Última verificación
1 de julio de 2026
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- R01HL143295 (Subvención/contrato del NIH de EE. UU.)
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
NO
Descripción del plan IPD
Los datos individuales de los participantes no se compartirán.
Los datos agregados se compartirán a través de la publicación y se considerarán previa solicitud.
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .