Retour des résultats génomiques et pénétrance agrégée dans les cohortes basées sur la population (PopSeq)
1 avril 2024 mis à jour par: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Le projet PopSeq est une étude de cohorte prospective qui développera et mettra en œuvre un processus de retour génomique des résultats (gRoR) dans les cohortes de la Framingham Heart Study (FHS) et de la Jackson Heart Study (JHS) et explorera les résultats médicaux, comportementaux et économiques associés.
L'étude interprétera les séquences génomiques des participants JHS/FHS précédemment séquencés par TOPMed qui ont consenti au retour génomique des résultats et/ou aux tests génétiques.
Nous développerons et appliquerons de nouvelles méthodes pour le criblage/classification évolutif des variants génomiques et explorerons la pénétrance génomique en phénotypant un sous-ensemble de participants au FHS et au JHS.
Aperçu de l'étude
Statut
Inscription sur invitation
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Les objectifs de ce projet sont les suivants : 1) Restituer aux participants les résultats génomiques cliniquement exploitables et suivre les résultats. Parmi les participants vivants du FHS/JHS qui ont consenti à gRoR, nous contacterons ceux chez qui une variante actionnable préjudiciable est découverte dans l'un des gènes notés sur la liste des résultats secondaires recommandés par l'ACMG (estimation de 2 % des participants). 2) Améliorer les méthodes à haut débit pour identifier les variations pathogènes valides. Affiner et appliquer des méthodes pour le criblage à haut débit des génomes FHS/JHS d'une manière qui conserve une sensibilité élevée pour la détection de variantes nuisibles dans ~ 3500 gènes associés à la maladie mendélienne tout en réduisant le taux de fausse découverte de variantes qui ne sont pas pathogènes/probablement pathogènes. 3) Explorer la pénétrance globale pour les maladies mendéliennes. Examinez les données phénotypiques d'un sous-ensemble de participants FHS et JHS et comparez-les aux données génotypiques.
Les données à recueillir comprennent les résultats et les données phénotypiques sur les personnes qui acceptent de gRoR et qui apprennent qu'elles ont une variante préjudiciable dans l'un des gènes répertoriés par l'ACMG. Ces données seront autodéclarées par le biais d'enquêtes et les dossiers médicaux disponibles seront examinés. Des données phénotypiques supplémentaires peuvent être collectées et examinées pour d'autres gènes de maladies mendéliennes non actionnables afin d'explorer la pénétrance génomique.
Les participants à la recherche qui sont identifiés avec une variante préjudiciable dans un gène actionnable peuvent recevoir des avantages directs pour la santé en apprenant cette information ; cependant, le fait de renvoyer des résultats génomiques à des personnes en bonne santé ne se présentant pas pour une indication médicale peut entraîner des préjudices inattendus liés à l'augmentation du dépistage et de la prise en charge dirigés par les variantes. Cette étude se concentre sur l'exploration des avantages et des inconvénients potentiels liés au retour d'informations génomiques dans des cohortes basées sur la population. Cela nous permettra également de mieux comprendre la pénétrance de ces variants dans deux populations non sélectionnées pour le statut de la maladie et nous permettra de comparer les résultats dans une population principalement afro-américaine par rapport à une population caucasienne. Le développement de méthodes pour rationaliser l'analyse des variantes contribuera à améliorer l'efficacité du laboratoire et fera progresser le domaine de la conservation et de l'analyse des variantes.
Type d'étude
Interventionnel
Inscription (Estimé)
110
Phase
- N'est pas applicable
Contacts et emplacements
Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.
Lieux d'étude
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Massachusetts
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Framingham, Massachusetts, États-Unis, 01702
- Framingham Heart Study
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Mississippi
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Jackson, Mississippi, États-Unis, 39213
- Jackson Heart Study
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Critères de participation
Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
18 ans à 100 ans (Adulte, Adulte plus âgé)
Accepte les volontaires sains
Non
La description
Critère d'intégration:
- Personnes vivantes inscrites à la Framingham Heart Study et à la Jackson Heart Study dont le génome a été séquencé dans le cadre du programme TOPMed.
- Adultes de plus de 18 ans
- Ceux qui ont consenti à ce que leurs échantillons d'ADN soient utilisés à des fins de recherche (et ceux qui participent au gRoR qui ont consenti à recevoir des informations génomiques).
Critère d'exclusion:
- Participants à la Framingham Heart Study ou à la Jackson Heart Study dont le génome n'a pas été séquencé dans le cadre de TOPMed
- Participants qui n'ont pas opté pour la recherche génomique/génétique
- Participants qui ont/ne consentent pas à recevoir un résultat génomique (pour la partie gRoR de cette étude uniquement)
Plan d'étude
Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Objectif principal: La prévention
- Répartition: N / A
- Modèle interventionnel: Affectation à un seul groupe
- Masquage: Aucun (étiquette ouverte)
Armes et Interventions
Groupe de participants / Bras |
Intervention / Traitement |
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Expérimental: Participants FHS et JHS avec une découverte génomique exploitable
Les participants à l'étude Framingham et Jackson Heart dont les génomes ont été séquencés dans le cadre de TOPMed seront informés si un résultat génétique exploitable dans un gène ACMG v2.0 est identifié et se verront offrir la possibilité de faire confirmer cliniquement leur résultat de recherche par l'étude.
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Séquençage du génome entier et rapport des résultats génomiques exploitables pour les gènes inclus dans la liste des résultats secondaires de l'ACMG.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Suivi de la divulgation
Délai: De la notification des résultats génétiques à 8 mois post-divulgation
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Les participants JHS/FHS qui ont été séquencés via TOPMed, qui sont vivants et qui ont consenti au retour des résultats seront informés si un résultat génétique exploitable est découvert.
Nous les contacterons et leur offrirons la possibilité de faire confirmer cliniquement leur résultat de recherche.
Nous évaluerons la proportion de personnes qui choisissent de faire confirmer leur résultat et de le divulguer à leur fournisseur de soins de santé.
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De la notification des résultats génétiques à 8 mois post-divulgation
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Coûts de divulgation
Délai: 1 an après la divulgation
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Nous déterminerons les coûts et les exigences de temps associées à la mise en œuvre de gRoR en utilisant une approche de microcoûts dans laquelle le personnel de l'étude suit le temps qu'il passe et les ressources qu'il utilise pour chaque étape du protocole.
Pour les soins médicaux de suivi, nous utiliserons une approche des coûts bruts dans laquelle nous appliquons les grilles tarifaires des Centers for Medicare et Medicaid aux références et tests terminés, aux hospitalisations et aux changements de médicaments identifiés comme décrit ci-dessus.
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1 an après la divulgation
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Conformité aux directives
Délai: Histoire avant divulgation
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Comparaison des antécédents personnels et familiaux de la maladie des participants et de leurs données médicales pertinentes disponibles par rapport aux directives existantes pour identifier les cas où des tests génétiques et/ou une référence avaient été justifiés mais n'avaient jamais été ordonnés.
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Histoire avant divulgation
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Diagnostics nouveaux et modifiés
Délai: 1 an après la divulgation
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Nous examinerons les cas pour déterminer le pourcentage de personnes ayant un diagnostic nouveau ou modifié attribué à la divulgation des résultats.
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1 an après la divulgation
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Santé auto-évaluée
Délai: Après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Nous administrerons un seul élément de santé auto-évalué dérivé du SF-12v2.
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Après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Recommandations du médecin
Délai: De la divulgation à 1 mois après la divulgation
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Nous examinerons les notes des dossiers des séances de divulgation des résultats afin de déterminer les services recommandés en réponse aux découvertes génétiques.
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De la divulgation à 1 mois après la divulgation
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Utilisation des soins de santé
Délai: 1 an après la divulgation
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Nous suivrons l'utilisation des soins de santé en réponse à la divulgation des résultats dans l'enquête de suivi d'un an, y compris a) les références et les tests, b) les hospitalisations et c) les changements de médicaments
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1 an après la divulgation
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Autres mesures de résultats
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
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Comportements liés à la santé
Délai: 1 an après la divulgation
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L'enquête comprend une série de questions standardisées oui/non pour évaluer si les informations génétiques divulguées ont motivé les participants à modifier leurs comportements de santé.
Un score récapitulatif sera créé en fonction du nombre de comportements signalés par les participants.
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1 an après la divulgation
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Impact spécifique à la divulgation
Délai: 6 mois après la divulgation
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L'enquête évalue l'impact spécifique à la divulgation des informations sur la détresse et les émotions positives à l'aide d'une version adaptée à 8 éléments du FaCTOR, un instrument validé développé pour le séquençage génomique qui est sensible aux réponses aux résultats de risque génétique à haut et à faible risque.
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6 mois après la divulgation
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Satisfaction à l'égard de la divulgation
Délai: 6 mois après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Les sondages évalueront dans quelle mesure les participants ont estimé que la séance de divulgation des résultats utilisait une nouvelle question unique.
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6 mois après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Regret décisionnel
Délai: 6 mois après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Les enquêtes évalueront si les participants ont regretté leur décision de recevoir leurs découvertes génétiques en utilisant une nouvelle question unique.
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6 mois après la divulgation et 1 an après la divulgation
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Partage avec des proches
Délai: 1 an après la divulgation
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L'enquête évaluera avec combien de membres de la famille les participants ont partagé leurs informations génétiques.
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1 an après la divulgation
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Dépistage familial
Délai: 1 an après la divulgation
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L'enquête évaluera si les participants avaient des parents qui ont subi des tests génétiques sur la base de la divulgation au participant.
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1 an après la divulgation
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Anxiété générale
Délai: Post-divulgation et 6 mois post-divulgation
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Nous mesurerons l'anxiété générale à l'aide de la General Anxiety Disorder Scale 2 (GAD-2), un instrument validé à 2 items qui permettra aux chercheurs d'identifier les personnes présentant un trouble de l'humeur potentiel.
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Post-divulgation et 6 mois post-divulgation
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Collaborateurs et enquêteurs
C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.
Publications et liens utiles
La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.
Publications générales
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20. Erratum In: Genet Med. 2017 May;19(5):606.
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17. Erratum In: Genet Med. 2017 Apr;19(4):484.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
Dates d'enregistrement des études
Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
9 juin 2021
Achèvement primaire (Estimé)
30 juin 2024
Achèvement de l'étude (Estimé)
30 juin 2025
Dates d'inscription aux études
Première soumission
10 décembre 2019
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
10 décembre 2019
Première publication (Réel)
12 décembre 2019
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
2 avril 2024
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
1 avril 2024
Dernière vérification
1 avril 2024
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- R01HL143295 (Subvention/contrat des NIH des États-Unis)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
NON
Description du régime IPD
Les données individuelles des participants ne seront pas partagées.
Les données agrégées seront partagées par publication et seront prises en compte sur demande.
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Non
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Non
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .
Essais cliniques sur Séquençage génomique
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Tianjin Medical University Second HospitalInconnue
-
Hospices Civils de LyonInconnue
-
Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine InstituteRecrutement