Rückgabe genomischer Ergebnisse und aggregierte Penetranz in populationsbasierten Kohorten (PopSeq)
8. Juli 2026 aktualisiert von: Robert C. Green, MD, MPH, Brigham and Women's Hospital
Das PopSeq-Projekt ist eine prospektive Kohortenstudie, die einen genomischen Return of Results (gRoR)-Prozess in den Kohorten der Framingham Heart Study (FHS) und der Jackson Heart Study (JHS) entwickeln und implementieren und die damit verbundenen medizinischen, verhaltensbezogenen und wirtschaftlichen Ergebnisse untersuchen wird.
Die Studie wird die genomischen Sequenzen von JHS/FHS-Teilnehmern interpretieren, die zuvor von TOPMed sequenziert wurden und der genomischen Rückgabe von Ergebnissen und/oder Gentests zugestimmt haben.
Wir werden neue Methoden für das skalierbare Screening/Klassifizierung von Genomvarianten entwickeln und anwenden und die genomische Penetranz durch Phänotypisierung einer Untergruppe von Teilnehmern an FHS und JHS untersuchen.
Studienübersicht
Status
Abgeschlossen
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Die Ziele dieses Projekts sind: 1) Rückgabe klinisch umsetzbarer genomischer Ergebnisse an die Teilnehmer und Nachverfolgung der Ergebnisse. Unter den lebenden FHS/JHS-Teilnehmern, die gRoR zugestimmt haben, werden wir diejenigen kontaktieren, bei denen eine nachteilige, umsetzbare Variante in einem der Gene entdeckt wird, die auf der Liste der von der ACMG empfohlenen sekundären Befunde aufgeführt sind (schätzungsweise 2 % der Teilnehmer). 2) Verbesserung der Hochdurchsatzmethoden zur Identifizierung gültiger pathogener Variationen. Verfeinern und wenden Sie Methoden für das Hochdurchsatz-Screening von FHS/JHS-Genomen so an, dass eine hohe Empfindlichkeit für den Nachweis schädlicher Varianten in etwa 3500 mit der Mendelschen Krankheit assoziierten Genen erhalten bleibt und gleichzeitig die Rate falscher Entdeckungen von nicht pathogenen/wahrscheinlich pathogenen Varianten reduziert wird. 3) Untersuchen Sie die aggregierte Penetranz für Mendelsche Krankheiten. Überprüfen Sie die Phänotypdaten einer Untergruppe von FHS- und JHS-Teilnehmern und vergleichen Sie diese mit genotypischen Daten.
Die zu sammelnden Daten umfassen Ergebnisse und phänotypische Daten der Personen, die gRoR zustimmen und erfahren, dass sie eine schädliche Variante in einem der in der ACMG aufgeführten Gene haben. Diese Daten werden durch Umfragen selbst gemeldet und verfügbare Krankenakten werden überprüft. Zusätzliche phänotypische Daten können gesammelt und auf andere nicht umsetzbare Gene der Mendelschen Krankheit überprüft werden, um die genomische Penetranz zu untersuchen.
Forschungsteilnehmer, die mit einer schädlichen Variante in einem umsetzbaren Gen identifiziert wurden, können durch das Lernen dieser Informationen direkten gesundheitlichen Nutzen ziehen; Die Rückgabe genomischer Ergebnisse an gesunde Personen, die sich nicht wegen einer medizinischen Indikation vorstellen, kann jedoch unerwartete Schäden im Zusammenhang mit variantengerichteten Erhöhungen des Screenings und Managements mit sich bringen. Diese Studie konzentriert sich auf die Erforschung der Vorteile und potenziellen Schäden im Zusammenhang mit der Rückgabe genomischer Informationen in populationsbasierten Kohorten. Es wird uns auch ermöglichen, die Penetranz dieser Varianten in zwei Populationen, die nicht für den Krankheitsstatus ausgewählt wurden, besser zu verstehen und die Ergebnisse in einer hauptsächlich afroamerikanischen Population mit einer kaukasischen Population zu vergleichen. Die Entwicklung von Methoden zur Rationalisierung der Variantenanalyse wird zur Verbesserung der Laboreffizienz beitragen und den Bereich der Variantenkuration und -analyse voranbringen.
Studientyp
Interventionell
Einschreibung (Tatsächlich)
7603
Phase
- Unzutreffend
Kontakte und Standorte
Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.
Studienorte
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Massachusetts
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Framingham, Massachusetts, Vereinigte Staaten, 01702
- Framingham Heart Study
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Mississippi
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Jackson, Mississippi, Vereinigte Staaten, 39213
- Jackson Heart Study
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Teilnahmekriterien
Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
18 Jahre bis 100 Jahre (Erwachsene, Älterer Erwachsener)
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Nein
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- Lebende Personen, die an der Framingham Heart Study und der Jackson Heart Study teilnehmen und deren Genome im Rahmen des TOPMed-Programms sequenziert wurden.
- Erwachsene ab 18 Jahren
- Diejenigen, die der Verwendung ihrer DNA-Proben zu Forschungszwecken zugestimmt haben (und diejenigen, die an gRoR teilnehmen und dem Erhalt genomischer Informationen zugestimmt haben).
Ausschlusskriterien:
- Teilnehmer der Framingham Heart Study oder der Jackson Heart Study, deren Genom nicht im Rahmen von TOPMed sequenziert wurde
- Teilnehmer, die sich nicht für genomische/genetische Forschung entschieden haben
- Teilnehmer, die dem Erhalt eines genomischen Ergebnisses zugestimmt haben/nicht zugestimmt haben (nur für den gRoR-Teil dieser Studie)
Studienplan
Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Hauptzweck: Verhütung
- Zuteilung: N / A
- Interventionsmodell: Einzelgruppenzuweisung
- Maskierung: Keine (Offenes Etikett)
Waffen und Interventionen
Teilnehmergruppe / Arm |
Intervention / Behandlung |
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Experimental: FHS- und JHS-Teilnehmer mit einem umsetzbaren genomischen Befund
Teilnehmer der Framingham- und Jackson-Heart-Studie, deren Genom im Rahmen von TOPMed sequenziert wurde, werden benachrichtigt, wenn ein verwertbares genetisches Ergebnis in einem ACMG v2.0-Gen identifiziert wird, und erhalten die Möglichkeit, ihr Forschungsergebnis durch die Studie klinisch bestätigen zu lassen.
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Sequenzierung des gesamten Genoms und Meldung von umsetzbaren genomischen Ergebnissen für Gene, die auf der Liste sekundärer Befunde der ACMG enthalten sind.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Follow Through With Disclosure
Zeitfenster: From genetic result notification to 8 months post-disclosure
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Living JHS/FHS participants sequenced as part of the TOPMed program who were notified about an actionable genetic result that warranted having the research result verified who followed through with having their result confirmed and disclosed to their health care provider.
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From genetic result notification to 8 months post-disclosure
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Total Costs of Program Implementation
Zeitfenster: From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
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We will determine the costs and associated time demands of implementing gRoR using a microcosting approach in which study staff track the amount of time they spend and the resources they use for each step of the protocol.
Ranges are based on 50% to 200% of point estimates given variability in wages and prices of services.
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From the initiation of bioinformatics analysis to disclosure of confirmed actionable genetic finding (approximately 6 months).
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Costs of Follow-Up Care
Zeitfenster: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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For follow-up medical care, we use a gross costing approach where we apply Centers for Medicare and Medicaid fee schedules to participant-reported referrals and tests.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Guideline Compliance
Zeitfenster: At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
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Number of participants with actionable genetic results who, per the judgement of a genetic specialist, had already met clinical criteria for genetic testing based on their personal and family histories of disease.
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At the time of disclosure of confirmed findings (approximately 3 months after initial results notification)
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New and Modified Diagnoses
Zeitfenster: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
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We will examine cases to determine the percentage of individuals who report a new or modified diagnosis attributed to results disclosure.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results);1 Year Post-Disclosure Survey (from 1 year to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Self-Rated Health
Zeitfenster: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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A single item of self rated health derived from the SF-12v2.
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Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Number of Participants With Recommendations to Referrals or Services During Clinical Disclosure Sessions
Zeitfenster: From disclosure to 1 month post-disclosure
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We reviewed chart notes from results disclosure sessions to determine whether referrals or services were recommended in response to genetic findings.
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From disclosure to 1 month post-disclosure
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Health Care Utilization
Zeitfenster: 1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Health care utilization in response to results disclosure reported by participants in the one year follow-up survey, including referrals, tests and/or procedures, and changes to medications.
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1 year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Andere Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Self-Reported Changes to Health Behaviors
Zeitfenster: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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A series of standardized yes/no questions that assess whether disclosed genetic information motivated participants to make changes to health behaviors, including diet, exercise, dietary supplements use, alcohol use, stress management, and smoking.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Disclosure-specific Impact
Zeitfenster: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed the disclosure-specific impact of information on distress and positive emotions using an adapted 12-item version of the FaCTOR, a validated instrument developed for genomic sequencing that is sensitive to responses to high- and low-risk genetic risk results.
Subscales assess negative emotions (range: 3 to 15), positive feelings (reverse-scored, range: 4 to 20), uncertainty (range: 3 to 15), and privacy concerns (range: 2 to 10), with higher scores on each subscale indicating more negative experiences.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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Satisfaction With Disclosure
Zeitfenster: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Surveys assessed how helpful participants felt the results disclosure session was using a novel single question.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Decisional Regret
Zeitfenster: 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Surveys assessed if participants regretted their decisions to receive their genetic findings using a novel single question.
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6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results); 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Sharing With Relatives
Zeitfenster: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed with whether participants shared their genetic information with relatives .
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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Family Testing
Zeitfenster: 1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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The survey assessed whether participants had relatives that received genetic testing based on disclosure to the participant.
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1 Year Post-Disclosure Survey (from 12 months to 15 months after disclosure of confirmed results)
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General Anxiety
Zeitfenster: Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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We measure general anxiety using a 4-item version of the General Anxiety Disorder Scale, a validated scale that allows investigators to identify individuals with a potential mood disorder.
Scores range from 4 to 16, with higher scores indicating greater anxiety.
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Post Disclosure Survey (up to 1 month from disclosure of confirmed results); 6 months Post-Disclosure Survey (6-9 months after disclosure of confirmed results)
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Mitarbeiter und Ermittler
Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.
Publikationen und hilfreiche Links
Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.
Allgemeine Veröffentlichungen
- Wolf SM, Branum R, Koenig BA, Petersen GM, Berry SA, Beskow LM, Daly MB, Fernandez CV, Green RC, LeRoy BS, Lindor NM, O'Rourke PP, Breitkopf CR, Rothstein MA, Van Ness B, Wilfond BS. Returning a Research Participant's Genomic Results to Relatives: Analysis and Recommendations. J Law Med Ethics. 2015 Fall;43(3):440-63. doi: 10.1111/jlme.12288.
- Wolf SM, Lawrenz FP, Nelson CA, Kahn JP, Cho MK, Clayton EW, Fletcher JG, Georgieff MK, Hammerschmidt D, Hudson K, Illes J, Kapur V, Keane MA, Koenig BA, Leroy BS, McFarland EG, Paradise J, Parker LS, Terry SF, Van Ness B, Wilfond BS. Managing incidental findings in human subjects research: analysis and recommendations. J Law Med Ethics. 2008 Summer;36(2):219-48, 211. doi: 10.1111/j.1748-720X.2008.00266.x.
- Vassy JL, Lautenbach DM, McLaughlin HM, Kong SW, Christensen KD, Krier J, Kohane IS, Feuerman LZ, Blumenthal-Barby J, Roberts JS, Lehmann LS, Ho CY, Ubel PA, MacRae CA, Seidman CE, Murray MF, McGuire AL, Rehm HL, Green RC; MedSeq Project. The MedSeq Project: a randomized trial of integrating whole genome sequencing into clinical medicine. Trials. 2014 Mar 20;15:85. doi: 10.1186/1745-6215-15-85.
- McLaughlin HM, Ceyhan-Birsoy O, Christensen KD, Kohane IS, Krier J, Lane WJ, Lautenbach D, Lebo MS, Machini K, MacRae CA, Azzariti DR, Murray MF, Seidman CE, Vassy JL, Green RC, Rehm HL; MedSeq Project. A systematic approach to the reporting of medically relevant findings from whole genome sequencing. BMC Med Genet. 2014 Dec 14;15:134. doi: 10.1186/s12881-014-0134-1.
- Vassy JL, Christensen KD, Schonman EF, Blout CL, Robinson JO, Krier JB, Diamond PM, Lebo M, Machini K, Azzariti DR, Dukhovny D, Bates DW, MacRae CA, Murray MF, Rehm HL, McGuire AL, Green RC; MedSeq Project. The Impact of Whole-Genome Sequencing on the Primary Care and Outcomes of Healthy Adult Patients: A Pilot Randomized Trial. Ann Intern Med. 2017 Jun 27;167(3):159-169. doi: 10.7326/M17-0188. Print 2017 Aug 1.
- Christensen KD, Vassy JL, Phillips KA, Blout CL, Azzariti DR, Lu CY, Robinson JO, Lee K, Douglas MP, Yeh JM, Machini K, Stout NK, Rehm HL, McGuire AL, Green RC, Dukhovny D; MedSeq Project. Short-term costs of integrating whole-genome sequencing into primary care and cardiology settings: a pilot randomized trial. Genet Med. 2018 Dec;20(12):1544-1553. doi: 10.1038/gim.2018.35. Epub 2018 Mar 22.
- Lupo PJ, Robinson JO, Diamond PM, Jamal L, Danysh HE, Blumenthal-Barby J, Lehmann LS, Vassy JL, Christensen KD, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patients' perceived utility of whole-genome sequencing for their healthcare: findings from the MedSeq project. Per Med. 2016 Jan 1;13(1):13-20. doi: 10.2217/pme.15.45. Epub 2016 Jan 8.
- Biesecker LG, Green RC. Diagnostic clinical genome and exome sequencing. N Engl J Med. 2014 Sep 18;371(12):1170. doi: 10.1056/NEJMc1408914. No abstract available.
- Wolf SM, Crock BN, Van Ness B, Lawrenz F, Kahn JP, Beskow LM, Cho MK, Christman MF, Green RC, Hall R, Illes J, Keane M, Knoppers BM, Koenig BA, Kohane IS, Leroy B, Maschke KJ, McGeveran W, Ossorio P, Parker LS, Petersen GM, Richardson HS, Scott JA, Terry SF, Wilfond BS, Wolf WA. Managing incidental findings and research results in genomic research involving biobanks and archived data sets. Genet Med. 2012 Apr;14(4):361-84. doi: 10.1038/gim.2012.23.
- Burke W, Evans BJ, Jarvik GP. Return of results: ethical and legal distinctions between research and clinical care. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2014 Mar;166C(1):105-11. doi: 10.1002/ajmg.c.31393. Epub 2014 Mar 10.
- National Heart, Lung, and Blood Institute working group; Fabsitz RR, McGuire A, Sharp RR, Puggal M, Beskow LM, Biesecker LG, Bookman E, Burke W, Burchard EG, Church G, Clayton EW, Eckfeldt JH, Fernandez CV, Fisher R, Fullerton SM, Gabriel S, Gachupin F, James C, Jarvik GP, Kittles R, Leib JR, O'Donnell C, O'Rourke PP, Rodriguez LL, Schully SD, Shuldiner AR, Sze RK, Thakuria JV, Wolf SM, Burke GL. Ethical and practical guidelines for reporting genetic research results to study participants: updated guidelines from a National Heart, Lung, and Blood Institute working group. Circ Cardiovasc Genet. 2010 Dec;3(6):574-80. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.110.958827.
- Natarajan P, Gold NB, Bick AG, McLaughlin H, Kraft P, Rehm HL, Peloso GM, Wilson JG, Correa A, Seidman JG, Seidman CE, Kathiresan S, Green RC. Aggregate penetrance of genomic variants for actionable disorders in European and African Americans. Sci Transl Med. 2016 Nov 9;8(364):364ra151. doi: 10.1126/scitranslmed.aag2367.
- Christensen KD, Phillips KA, Green RC, Dukhovny D. Cost Analyses of Genomic Sequencing: Lessons Learned from the MedSeq Project. Value Health. 2018 Sep;21(9):1054-1061. doi: 10.1016/j.jval.2018.06.013. Epub 2018 Aug 14.
- Roberts JS, Robinson JO, Diamond PM, Bharadwaj A, Christensen KD, Lee KB, Green RC, McGuire AL; MedSeq Project team. Patient understanding of, satisfaction with, and perceived utility of whole-genome sequencing: findings from the MedSeq Project. Genet Med. 2018 Sep;20(9):1069-1076. doi: 10.1038/gim.2017.223. Epub 2018 Jan 4.
- Christensen KD, Dukhovny D, Siebert U, Green RC. Assessing the Costs and Cost-Effectiveness of Genomic Sequencing. J Pers Med. 2015 Dec 10;5(4):470-86. doi: 10.3390/jpm5040470.
- Machini K, Ceyhan-Birsoy O, Azzariti DR, Sharma H, Rossetti P, Mahanta L, Hutchinson L, McLaughlin H; MedSeq Project; Green RC, Lebo M, Rehm HL. Analyzing and Reanalyzing the Genome: Findings from the MedSeq Project. Am J Hum Genet. 2019 Jul 3;105(1):177-188. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.05.017. Epub 2019 Jun 27.
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20.
- Kalia SS, Adelman K, Bale SJ, Chung WK, Eng C, Evans JP, Herman GE, Hufnagel SB, Klein TE, Korf BR, McKelvey KD, Ormond KE, Richards CS, Vlangos CN, Watson M, Martin CL, Miller DT. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017 Feb;19(2):249-255. doi: 10.1038/gim.2016.190. Epub 2016 Nov 17.
Studienaufzeichnungsdaten
Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
9. Juni 2021
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
30. Mai 2025
Studienabschluss (Tatsächlich)
30. Mai 2025
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
10. Dezember 2019
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
10. Dezember 2019
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
12. Dezember 2019
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
3. August 2026
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
8. Juli 2026
Zuletzt verifiziert
1. Juli 2026
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- R01HL143295 (US NIH Stipendium/Vertrag)
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?
NEIN
Beschreibung des IPD-Plans
Die Daten der einzelnen Teilnehmer werden nicht weitergegeben.
Aggregierte Daten werden durch Veröffentlichung weitergegeben und auf Anfrage berücksichtigt.
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Nein
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
Nein
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