Patogendetektion hos HIV-infekterade barn med icke-malaria febersjukdomar med hjälp av metagenomisk sekvensering (PHICAMS)

Snabba diagnostiska tester (RDT) för malaria har visat på den minskande andelen malariatillskrivna sjukdomar i endemiska områden. Tyvärr, när malaria är uteslutet, finns det få tillgängliga diagnostiska verktyg för att vägleda hanteringen av allvarliga febersjukdomar i miljöer med låga resurser. RDT för icke-malaria tropiska infektioner förlitar sig för närvarande på detektering av värdantikroppar mot ett enda smittämne men deras känslighet och specificitet är i sig begränsad. Det bör noteras att orsakerna till icke-malaria febrila sjukdomar (NMFI) hos HIV-infekterade barn i Uganda fortfarande är knappa. Det finns minimal vägledning om hur man hanterar HIV-infekterade barn med NMFI. Det är därför viktigt att andra orsaker till feber hos afrikanska barn karakteriseras bättre för att underlätta optimering av diagnostiska och terapeutiska algoritmer.

Med tanke på dessa begränsningar finns det ett akut behov av känsliga patogendetekteringsbaserade tillvägagångssätt som shotgun metagenomics-sekvensering (sMGS). I slutändan, inom en snar framtid, är integrering av helgenombaserade tillvägagångssätt såsom långlästa sekvenseringstekniker till tropiska feber brådskande för att förbättra hanteringen av allvarliga och behandlingsbara infektioner, särskilt bland de utsatta grupperna som HIV-infekterade barn och ungdomar som uppvisar NMFI.

Detta projekt syftar till att använda sMGS för att karakterisera mikrobiella patogener hos HIV-infekterade ugandiska barn och ungdomar som tagits in på Baylor College of Medicine Children's Foundation - Uganda med NMFI och tillhörande kliniska presentationer eller samsjukligheter.