Detectie van pathogenen bij HIV-geïnfecteerde kinderen met niet-malaria-koortsziekten met behulp van metagenomische sequencing (PHICAMS)

Snelle diagnostische tests (RDT's) voor malaria hebben het afnemende aandeel van aan malaria toe te schrijven ziekten in endemische gebieden aan het licht gebracht. Helaas zijn er, zodra malaria is uitgesloten, weinig toegankelijke diagnostische hulpmiddelen om het beheer van ernstige koortsziekten in omgevingen met weinig middelen te begeleiden. RDT's voor niet-malaria-tropische infecties zijn momenteel afhankelijk van de detectie van gastheerantilichamen tegen een enkel infectieus agens, maar hun gevoeligheden en specificiteiten zijn inherent beperkt. Opgemerkt moet worden dat oorzaken van niet-malaria-koortsziekten (NMFI's) bij met hiv geïnfecteerde kinderen in Oeganda schaars blijven. Er is minimale begeleiding voor het omgaan met HIV-geïnfecteerde kinderen met NMFI's. Het is dus belangrijk dat andere oorzaken van koorts bij Afrikaanse kinderen beter worden gekarakteriseerd om optimalisatie van diagnostische en therapeutische algoritmen mogelijk te maken.

Gezien deze beperkingen is er dringend behoefte aan gevoelige benaderingen op basis van pathogeendetectie, zoals shotgun metagenomics sequencing (sMGS). Uiteindelijk is in de nabije toekomst de integratie van op het hele genoom gebaseerde benaderingen, zoals lang gelezen sequencing-technologieën voor tropische koorts, dringend nodig om de behandeling van ernstige en behandelbare infecties te verbeteren, vooral onder de kwetsbare groepen zoals HIV-geïnfecteerde kinderen en adolescenten die zich presenteren met NMFI's.

Dit project heeft tot doel sMGS te gebruiken om microbiële pathogenen te karakteriseren bij HIV-geïnfecteerde Oegandese kinderen en adolescenten die zijn opgenomen in Baylor College of Medicine Children's Foundation - Uganda met NMFI's en bijbehorende klinische presentaties of comorbiditeiten.