Выявление возбудителя у ВИЧ-инфицированных детей с немалярийными фебрильными заболеваниями с помощью метагеномного секвенирования (PHICAMS)
Выявление патогенов у ВИЧ-инфицированных детей и подростков с немалярийными фебрильными заболеваниями с использованием метагеномного секвенирования нового поколения в Уганде
Обзор исследования
Статус
Условия
Подробное описание
Быстрые диагностические тесты (ДЭТ) на малярию выявили снижение доли связанных с малярией заболеваний в эндемичных районах. К сожалению, после исключения малярии остается мало доступных диагностических инструментов, которыми можно было бы руководствоваться при лечении тяжелых лихорадочных заболеваний в условиях ограниченных ресурсов. ДЭТ для немалярийных тропических инфекций в настоящее время основаны на обнаружении антител хозяина против одного инфекционного агента, однако их чувствительность и специфичность изначально ограничены. Следует отметить, что причины немалярийных лихорадочных заболеваний (НМФИ) у ВИЧ-инфицированных детей в Уганде остаются малочисленными. Существует минимальное руководство по ведению ВИЧ-инфицированных детей с НМФО. Таким образом, важно, чтобы другие причины лихорадки у африканских детей были лучше охарактеризованы, чтобы облегчить оптимизацию диагностических и терапевтических алгоритмов.
Учитывая эти ограничения, существует острая необходимость в чувствительных подходах, основанных на обнаружении патогенов, таких как метагеномное секвенирование дробовика (sMGS). В конечном счете, в ближайшем будущем крайне необходима интеграция полногеномных подходов, таких как технологии секвенирования длинных считываний, к тропическим лихорадкам для улучшения лечения тяжелых и излечимых инфекций, особенно среди уязвимых групп, таких как ВИЧ-инфицированные дети и подростки с НМФО.
Этот проект направлен на использование sMGS для характеристики микробных патогенов у ВИЧ-инфицированных детей и подростков из Уганды, поступивших в Детский фонд Медицинского колледжа Бейлора - Уганда с NMFI и соответствующими клиническими проявлениями или сопутствующими заболеваниями.
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
-
Mulago, Уганда, 256
- Baylor College of Medicine Children's Foundation-Uganda
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
Исследуемая популяция будет включать в общей сложности 200 (100 детей младше 5 лет и 100 детей в возрасте от 6 до 14 лет, включая равное количество участников исследования женского и мужского пола) ВИЧ-инфицированных детей и подростков из Уганды, госпитализированных с немалярийными фебрильными заболеваниями. (НМФО) Детскому фонду Медицинского колледжа Бэйлора - Уганда.
Критерий исключения:
Критически больных пациентов на работу не берут.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Наблюдательные модели: Когорта
- Временные перспективы: Поперечный разрез
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
Группа 1
ВИЧ-инфицированные дети с немалярийными лихорадочными заболеваниями (НМФИ) в возрасте до 5 лет
|
|
Группа 2
ВИЧ-инфицированные дети и подростки с немалярийными лихорадочными заболеваниями (НМФИ) в возрасте до 15 лет
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Распространенность микробных возбудителей в НМФО у ВИЧ-инфицированных детей и подростков
Временное ограничение: 36 месяцев
|
Микробные патогены в НМФО у ВИЧ-инфицированных детей и подростков в Уганде
|
36 месяцев
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Распространенные сопутствующие заболевания в НМФО ВИЧ-инфицированные дети и подростки
Временное ограничение: 36 месяцев
|
Сопутствующие заболевания в НМФО ВИЧ-инфицированные дети и подростки в Уганде
|
36 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Следователи
- Главный следователь: Gerald Mboowa, PhD, Infectious Diseases Institute, Makerere University
Публикации и полезные ссылки
Общие публикации
- Pokharel S, White LJ, Aguas R, Celhay O, Pelle KG, Dittrich S. Algorithm in the Diagnosis of Febrile Illness Using Pathogen-specific Rapid Diagnostic Tests. Clin Infect Dis. 2020 May 23;70(11):2262-2269. doi: 10.1093/cid/ciz665.
- Ramesh A, Nakielny S, Hsu J, Kyohere M, Byaruhanga O, de Bourcy C, Egger R, Dimitrov B, Juan YF, Sheu J, Wang J, Kalantar K, Langelier C, Ruel T, Mpimbaza A, Wilson MR, Rosenthal PJ, DeRisi JL. Metagenomic next-generation sequencing of samples from pediatric febrile illness in Tororo, Uganda. PLoS One. 2019 Jun 20;14(6):e0218318. doi: 10.1371/journal.pone.0218318. eCollection 2019.
- Maze MJ, Bassat Q, Feasey NA, Mandomando I, Musicha P, Crump JA. The epidemiology of febrile illness in sub-Saharan Africa: implications for diagnosis and management. Clin Microbiol Infect. 2018 Aug;24(8):808-814. doi: 10.1016/j.cmi.2018.02.011. Epub 2018 Feb 15.
- Decuypere S, Maltha J, Deborggraeve S, Rattray NJ, Issa G, Berenger K, Lompo P, Tahita MC, Ruspasinghe T, McConville M, Goodacre R, Tinto H, Jacobs J, Carapetis JR. Towards Improving Point-of-Care Diagnosis of Non-malaria Febrile Illness: A Metabolomics Approach. PLoS Negl Trop Dis. 2016 Mar 4;10(3):e0004480. doi: 10.1371/journal.pntd.0004480. eCollection 2016 Mar.
- Pondei, Kemebradikumo, Onyaye E. Kunle-Olowu, and Oliemen Peterside.
- https://www.unaids.org/en/resources/presscentre/featurestories/2019/december/uganda-treating-hiv-positive-children-speed-and-skill
- Miller S, Naccache SN, Samayoa E, Messacar K, Arevalo S, Federman S, Stryke D, Pham E, Fung B, Bolosky WJ, Ingebrigtsen D, Lorizio W, Paff SM, Leake JA, Pesano R, DeBiasi R, Dominguez S, Chiu CY. Laboratory validation of a clinical metagenomic sequencing assay for pathogen detection in cerebrospinal fluid. Genome Res. 2019 May;29(5):831-842. doi: 10.1101/gr.238170.118. Epub 2019 Apr 16.
- Schlaberg R, Chiu CY, Miller S, Procop GW, Weinstock G; Professional Practice Committee and Committee on Laboratory Practices of the American Society for Microbiology; Microbiology Resource Committee of the College of American Pathologists. Validation of Metagenomic Next-Generation Sequencing Tests for Universal Pathogen Detection. Arch Pathol Lab Med. 2017 Jun;141(6):776-786. doi: 10.5858/arpa.2016-0539-RA. Epub 2017 Feb 7.
- Moreira-Silva SF, Zandonade E, Frauches DO, Machado EA, Lopes LI, Duque LL, Querido PP, Miranda AE. Comorbidities in children and adolescents with AIDS acquired by HIV vertical transmission in Vitoria, Brazil. PLoS One. 2013 Dec 4;8(12):e82027. doi: 10.1371/journal.pone.0082027. eCollection 2013.
- Gu W, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection. Annu Rev Pathol. 2019 Jan 24;14:319-338. doi: 10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751. Epub 2018 Oct 24.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Kalantar KL, Carvalho T, de Bourcy CFA, Dimitrov B, Dingle G, Egger R, Han J, Holmes OB, Juan YF, King R, Kislyuk A, Lin MF, Mariano M, Morse T, Reynoso LV, Cruz DR, Sheu J, Tang J, Wang J, Zhang MA, Zhong E, Ahyong V, Lay S, Chea S, Bohl JA, Manning JE, Tato CM, DeRisi JL. IDseq-An open source cloud-based pipeline and analysis service for metagenomic pathogen detection and monitoring. Gigascience. 2020 Oct 15;9(10):giaa111. doi: 10.1093/gigascience/giaa111.
- Gyarmati P, Kjellander C, Aust C, Song Y, Ohrmalm L, Giske CG. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced neutropenia. Sci Rep. 2016 Mar 21;6:23532. doi: 10.1038/srep23532.
- Kwak J, Park J. What we can see from very small size sample of metagenomic sequences. BMC Bioinformatics. 2018 Nov 3;19(1):399. doi: 10.1186/s12859-018-2431-8.
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
- РНК-вирусные инфекции
- Вирусные заболевания
- Инфекции
- Инфекции, передающиеся через кровь
- Передающиеся заболевания
- Заболевания, передающиеся половым путем, вирусные
- Заболевания, передающиеся половым путем
- Лентивирусные инфекции
- Ретровирусные инфекции
- Синдромы иммунологического дефицита
- Заболевания иммунной системы
- Раны и травмы
- Изменения температуры тела
- Нарушения теплового стресса
- Урогенитальные заболевания
- Генитальные заболевания
- ВИЧ-инфекции
- Гипертермия
- Жар
Другие идентификационные номера исследования
- EDCTP - TMA2020CDF-3159
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Описание плана IPD
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .
Клинические исследования ВИЧ-инфекция
-
IRCCS Sacro Cuore Don Calabria di NegrarРекрутингOropouche InfectionИталия
-
Sheba Medical CenterРекрутингDientamoeba fragilis InfectionИзраиль
-
South Valley UniversityРекрутингПроказа | Mycobacterium Leprae InfectionЕгипет
-
Research Institute of Epidemiology, Microbiology...Активный, не рекрутирующий