- ICH GCP
- Yhdysvaltain kliinisten tutkimusten rekisteri
- Kliininen tutkimus NCT05085158
Patogeenien havaitseminen HIV-tartunnan saaneilla lapsilla, joilla on ei-malaria-kuumesairauksia metagenomisen sekvensoinnin avulla (PHICAMS)
Patogeenien havaitseminen HIV-tartunnan saaneilla lapsilla ja nuorilla, joilla on ei-malaria-kuumesairauksia käyttämällä metagenomista seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmää Ugandassa
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Malarian nopeat diagnostiset testit (RDT) ovat osoittaneet malariasta johtuvien sairauksien vähenevän osuuden endeemisillä alueilla. Valitettavasti, kun malaria on suljettu pois, on vain vähän saatavilla olevia diagnostisia työkaluja, jotka ohjaavat vaikeiden kuumeisten sairauksien hallintaa vähäresursseissa. Ei-malariallisten trooppisten infektioiden RDT:t perustuvat tällä hetkellä isäntävasta-aineiden havaitsemiseen yhtä infektoivaa tekijää vastaan, mutta niiden herkkyys ja spesifisyydet ovat luonnostaan rajoitettuja. On huomattava, että Ugandan HIV-tartunnan saaneiden lasten ei-malariakuumesairauksien syyt ovat edelleen niukat. Ohjeita HIV-tartunnan saaneiden lasten hallintaan NMFI:n avulla on vähän. Siksi on tärkeää, että muita afrikkalaisten lasten kuumeen syitä karakterisoidaan paremmin diagnostisten ja terapeuttisten algoritmien optimoinnin helpottamiseksi.
Nämä rajoitukset huomioon ottaen on olemassa kipeä tarve herkille patogeenien havaitsemiseen perustuville lähestymistavoille, kuten haulikkometagenominen sekvensointi (sMGS). Viime kädessä lähitulevaisuudessa koko genomiin perustuvien lähestymistapojen, kuten pitkään luettujen sekvensointitekniikoiden, integrointia trooppisiin kuumeihin tarvitaan pikaisesti, jotta voidaan parantaa vakavien ja hoidettavissa olevien infektioiden hallintaa erityisesti haavoittuvien ryhmien, kuten HIV-tartunnan saaneiden lasten ja nuorten keskuudessa. NMFI:t.
Tämän projektin tarkoituksena on käyttää sMGS:ää mikrobipatogeenien karakterisoimiseen HIV-tartunnan saaneilla Ugandan lapsilla ja nuorilla, jotka on hyväksytty Baylor College of Medicine Children's Foundation - Ugandan NMFI:n ja niihin liittyvien kliinisten esitysten tai liitännäissairauksien kanssa.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Mulago, Uganda, 256
- Baylor College of Medicine Children's Foundation-Uganda
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Tutkimuspopulaatiossa on yhteensä 200 (100 alle 5-vuotiasta ja 100 6-14-vuotiasta, mukaan lukien yhtä monta nais- ja miespuolista tutkimushenkilöä) HIV-tartunnan saaneita Ugandan lapsia ja nuoria, jotka otetaan ei-malaria-kuumesairauksiin. (NMFI) Baylor College of Medicine Children's Foundationille - Uganda.
Poissulkemiskriteerit:
Kriittisesti sairaita potilaita ei värvätä.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Kohortti
- Aikanäkymät: Poikkileikkaus
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Ryhmä 1
HIV-tartunnan saaneet alle 5-vuotiaat lapset, joilla on ei-malariakuumesairauksia (NMFI)
|
|
Ryhmä 2
HIV-tartunnan saaneet lapset ja nuoret, joilla on ei-malariakuumesairauksia (NMFI), mutta alle 15-vuotiaat
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Mikrobipatogeenien esiintyvyys NMFI:ssä HIV-tartunnan saaneet lapset ja nuoret
Aikaikkuna: 36 kuukautta
|
Mikrobipatogeenit NMFI:ssä HIV-tartunnan saaneet lapset ja nuoret Ugandassa
|
36 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
NMFI:n yleiset liitännäissairaudet HIV-tartunnan saaneet lapset ja nuoret
Aikaikkuna: 36 kuukautta
|
NMFI:n liitännäissairaudet HIV-tartunnan saaneet lapset ja nuoret Ugandassa
|
36 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Gerald Mboowa, PhD, Infectious Diseases Institute, Makerere University
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Pokharel S, White LJ, Aguas R, Celhay O, Pelle KG, Dittrich S. Algorithm in the Diagnosis of Febrile Illness Using Pathogen-specific Rapid Diagnostic Tests. Clin Infect Dis. 2020 May 23;70(11):2262-2269. doi: 10.1093/cid/ciz665.
- Ramesh A, Nakielny S, Hsu J, Kyohere M, Byaruhanga O, de Bourcy C, Egger R, Dimitrov B, Juan YF, Sheu J, Wang J, Kalantar K, Langelier C, Ruel T, Mpimbaza A, Wilson MR, Rosenthal PJ, DeRisi JL. Metagenomic next-generation sequencing of samples from pediatric febrile illness in Tororo, Uganda. PLoS One. 2019 Jun 20;14(6):e0218318. doi: 10.1371/journal.pone.0218318. eCollection 2019.
- Maze MJ, Bassat Q, Feasey NA, Mandomando I, Musicha P, Crump JA. The epidemiology of febrile illness in sub-Saharan Africa: implications for diagnosis and management. Clin Microbiol Infect. 2018 Aug;24(8):808-814. doi: 10.1016/j.cmi.2018.02.011. Epub 2018 Feb 15.
- Decuypere S, Maltha J, Deborggraeve S, Rattray NJ, Issa G, Berenger K, Lompo P, Tahita MC, Ruspasinghe T, McConville M, Goodacre R, Tinto H, Jacobs J, Carapetis JR. Towards Improving Point-of-Care Diagnosis of Non-malaria Febrile Illness: A Metabolomics Approach. PLoS Negl Trop Dis. 2016 Mar 4;10(3):e0004480. doi: 10.1371/journal.pntd.0004480. eCollection 2016 Mar.
- Pondei, Kemebradikumo, Onyaye E. Kunle-Olowu, and Oliemen Peterside.
- https://www.unaids.org/en/resources/presscentre/featurestories/2019/december/uganda-treating-hiv-positive-children-speed-and-skill
- Miller S, Naccache SN, Samayoa E, Messacar K, Arevalo S, Federman S, Stryke D, Pham E, Fung B, Bolosky WJ, Ingebrigtsen D, Lorizio W, Paff SM, Leake JA, Pesano R, DeBiasi R, Dominguez S, Chiu CY. Laboratory validation of a clinical metagenomic sequencing assay for pathogen detection in cerebrospinal fluid. Genome Res. 2019 May;29(5):831-842. doi: 10.1101/gr.238170.118. Epub 2019 Apr 16.
- Schlaberg R, Chiu CY, Miller S, Procop GW, Weinstock G; Professional Practice Committee and Committee on Laboratory Practices of the American Society for Microbiology; Microbiology Resource Committee of the College of American Pathologists. Validation of Metagenomic Next-Generation Sequencing Tests for Universal Pathogen Detection. Arch Pathol Lab Med. 2017 Jun;141(6):776-786. doi: 10.5858/arpa.2016-0539-RA. Epub 2017 Feb 7.
- Moreira-Silva SF, Zandonade E, Frauches DO, Machado EA, Lopes LI, Duque LL, Querido PP, Miranda AE. Comorbidities in children and adolescents with AIDS acquired by HIV vertical transmission in Vitoria, Brazil. PLoS One. 2013 Dec 4;8(12):e82027. doi: 10.1371/journal.pone.0082027. eCollection 2013.
- Gu W, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection. Annu Rev Pathol. 2019 Jan 24;14:319-338. doi: 10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751. Epub 2018 Oct 24.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Kalantar KL, Carvalho T, de Bourcy CFA, Dimitrov B, Dingle G, Egger R, Han J, Holmes OB, Juan YF, King R, Kislyuk A, Lin MF, Mariano M, Morse T, Reynoso LV, Cruz DR, Sheu J, Tang J, Wang J, Zhang MA, Zhong E, Ahyong V, Lay S, Chea S, Bohl JA, Manning JE, Tato CM, DeRisi JL. IDseq-An open source cloud-based pipeline and analysis service for metagenomic pathogen detection and monitoring. Gigascience. 2020 Oct 15;9(10):giaa111. doi: 10.1093/gigascience/giaa111.
- Gyarmati P, Kjellander C, Aust C, Song Y, Ohrmalm L, Giske CG. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced neutropenia. Sci Rep. 2016 Mar 21;6:23532. doi: 10.1038/srep23532.
- Kwak J, Park J. What we can see from very small size sample of metagenomic sequences. BMC Bioinformatics. 2018 Nov 3;19(1):399. doi: 10.1186/s12859-018-2431-8.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- RNA-virusinfektiot
- Virussairaudet
- Infektiot
- Veren välityksellä leviävät infektiot
- Tartuntataudit
- Sukupuolitaudit, virus
- Sukupuolitaudit
- Lentivirus-infektiot
- Retroviridae-infektiot
- Immunologiset puutosoireyhtymät
- Immuunijärjestelmän sairaudet
- Haavat ja vammat
- Kehon lämpötilan muutokset
- Lämpöstressihäiriöt
- Urogenitaaliset sairaudet
- Sukuelinten sairaudet
- HIV-infektiot
- Hypertermia
- Kuume
Muut tutkimustunnusnumerot
- EDCTP - TMA2020CDF-3159
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset HIV-infektio
-
University of Alabama at BirminghamMobile County Health Deparment; Alabama Department of Public HealthRekrytointiHIV | HIV-testaus | HIV-yhteys hoitoon | HIV-hoitoYhdysvallat
-
Federal University of São PauloGilead SciencesValmis
-
University of Alabama at BirminghamNational Institute of Mental Health (NIMH)RekrytointiPrEP | HIV | HIV-ehkäisy | PrEP-ottoYhdysvallat
-
Institute of HIV Research and Innovation Foundation...National Institutes of Health (NIH)RekrytointiHIV-ehkäisy | PrEP-kiinnitys | HIV-liittyvä stigmaThaimaa
-
Massachusetts General HospitalNational Institute of Mental Health (NIMH)RekrytointiToteutettavuus | HIV-ehkäisy | PrEP-otto | Hyväksyttävyys | HIV-itsetestaus | HIV-negatiivisten synnytyksen jälkeisten naisten mieskumppanitEtelä-Afrikka
-
ANRS, Emerging Infectious DiseasesEi vielä rekrytointiaAntiretroviraalinen hoito | HIV-1-infektio | HIV-varasto
-
Johns Hopkins UniversityNational Institute of Mental Health (NIMH)RekrytointiHIV-ehkäisy | HIV-riskikäyttäytyminen | HIV-neuvonta ja -testausYhdysvallat
-
University of MinnesotaPeruutettuHIV-infektiot | HIV/AIDS | Hiv | Aids | AIDS/HIV-ongelma | AIDS ja infektiotYhdysvallat
-
Duke UniversityGilead SciencesRekrytointiHIV-ehkäisy | HIV-altistumista edeltävä esto | HIV-ehkäisyohjelma | HIV:n ehkäisy ja hoito | HIV:lle altistumista edeltävä profylaktinen käyttöYhdysvallat
-
Africa Health Research InstituteLondon School of Hygiene and Tropical Medicine; University College, London; University of Southampton ja muut yhteistyökumppanitRekrytointiHIV | HIV-testaus | Yhteys hoitoonEtelä-Afrikka