メタゲノム シーケンスを使用した非マラリア性熱性疾患の HIV 感染児における病原体検出 (PHICAMS)
ウガンダにおけるメタゲノム次世代シーケンシングアプローチを使用した非マラリア熱性疾患の HIV 感染小児および青年における病原体検出
調査の概要
状態
条件
詳細な説明
マラリアの迅速診断検査 (RDT) は、流行地域におけるマラリアに起因する病気の割合が減少していることを強調しています。 残念ながら、マラリアが除外されると、リソースの少ない環境で重度の熱性疾患の管理を導くためのアクセス可能な診断ツールはほとんどありません. 非マラリア熱帯感染症の RDTs は現在、単一の感染病原体に対する宿主抗体の検出に依存していますが、その感度と特異性は本質的に制限されています。 ウガンダの HIV 感染児における非マラリア性熱性疾患 (NMFIs) の原因は依然として不足していることに注意する必要があります。 NMFIs を持つ HIV に感染した子供を管理する方法についての最小限のガイダンスがあります。 したがって、診断および治療アルゴリズムの最適化を容易にするために、アフリカの子供たちの発熱の他の原因をよりよく特徴付けることが重要です。
これらの制限を考慮すると、ショットガン メタゲノミクス シーケンス (sMGS) などの高感度の病原体検出ベースのアプローチが急務です。 最終的に、近い将来、特に HIV に感染した子供や青少年などの脆弱なグループの間で、重度で治療可能な感染症の管理を改善するために、熱帯熱病へのロングリードシーケンス技術などの全ゲノムベースのアプローチの統合が緊急に必要とされています。 NMFI。
このプロジェクトは、sMGS を利用して、ベイラー医科大学子供財団 (ウガンダ) に入院している HIV に感染したウガンダの子供および青年の微生物病原体を NMFIs および関連する臨床症状または併存症とともに特徴付けることを目的としています。
研究の種類
入学 (推定)
連絡先と場所
研究場所
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Mulago、ウガンダ、256
- Baylor College of Medicine Children's Foundation-Uganda
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
研究集団には合計200人が含まれます(女性と男性の研究参加者の同数を含む、5歳未満の100人と6〜14歳の100人)HIVに感染したウガンダの子供と非マラリア熱性疾患で入院した青年(NMFIs) から Baylor College of Medicine Children's Foundation - ウガンダへ。
除外基準:
重症患者は採用されません。
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
- 観測モデル:コホート
- 時間の展望:断面図
コホートと介入
グループ/コホート |
|---|
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グループ1
マラリア以外の熱性疾患(NMFI)の HIV 感染児で、5 歳未満の子供
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|
グループ 2
マラリア以外の熱性疾患(NMFI)であるが15歳未満の、HIVに感染した小児および青年
|
この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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NMFI における微生物病原体の有病率 HIV に感染した小児および青年
時間枠:36ヶ月
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NMFIs における微生物病原体 ウガンダの HIV に感染した子供と青年
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36ヶ月
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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NMFIs HIV に感染した小児および青年における一般的な併存症
時間枠:36ヶ月
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ウガンダの HIV 感染小児および青年における NMFIs の併存症
|
36ヶ月
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協力者と研究者
スポンサー
捜査官
- 主任研究者:Gerald Mboowa, PhD、Infectious Diseases Institute, Makerere University
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Pokharel S, White LJ, Aguas R, Celhay O, Pelle KG, Dittrich S. Algorithm in the Diagnosis of Febrile Illness Using Pathogen-specific Rapid Diagnostic Tests. Clin Infect Dis. 2020 May 23;70(11):2262-2269. doi: 10.1093/cid/ciz665.
- Ramesh A, Nakielny S, Hsu J, Kyohere M, Byaruhanga O, de Bourcy C, Egger R, Dimitrov B, Juan YF, Sheu J, Wang J, Kalantar K, Langelier C, Ruel T, Mpimbaza A, Wilson MR, Rosenthal PJ, DeRisi JL. Metagenomic next-generation sequencing of samples from pediatric febrile illness in Tororo, Uganda. PLoS One. 2019 Jun 20;14(6):e0218318. doi: 10.1371/journal.pone.0218318. eCollection 2019.
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- Decuypere S, Maltha J, Deborggraeve S, Rattray NJ, Issa G, Berenger K, Lompo P, Tahita MC, Ruspasinghe T, McConville M, Goodacre R, Tinto H, Jacobs J, Carapetis JR. Towards Improving Point-of-Care Diagnosis of Non-malaria Febrile Illness: A Metabolomics Approach. PLoS Negl Trop Dis. 2016 Mar 4;10(3):e0004480. doi: 10.1371/journal.pntd.0004480. eCollection 2016 Mar.
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- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Kalantar KL, Carvalho T, de Bourcy CFA, Dimitrov B, Dingle G, Egger R, Han J, Holmes OB, Juan YF, King R, Kislyuk A, Lin MF, Mariano M, Morse T, Reynoso LV, Cruz DR, Sheu J, Tang J, Wang J, Zhang MA, Zhong E, Ahyong V, Lay S, Chea S, Bohl JA, Manning JE, Tato CM, DeRisi JL. IDseq-An open source cloud-based pipeline and analysis service for metagenomic pathogen detection and monitoring. Gigascience. 2020 Oct 15;9(10):giaa111. doi: 10.1093/gigascience/giaa111.
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- Kwak J, Park J. What we can see from very small size sample of metagenomic sequences. BMC Bioinformatics. 2018 Nov 3;19(1):399. doi: 10.1186/s12859-018-2431-8.
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (推定)
研究の完了 (推定)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
キーワード
追加の関連 MeSH 用語
その他の研究ID番号
- EDCTP - TMA2020CDF-3159
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
IPD プランの説明
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
米国FDA規制機器製品の研究
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