基于蛋白质组学的淋巴瘤分析：染色质蛋白质组学；组蛋白和非组蛋白染色体蛋白的组成和修饰

背景：

淋巴瘤由具有不同病理和临床特征的多种肿瘤组成。 虽然已经在不同的淋巴瘤中阐明了基因表达谱的明显差异，但与少数已发表的蛋白质组学研究的相关性不一致。

通过将当前的基因组信息与侧重于染色质蛋白表达模式、染色质蛋白修饰和 RNA 表达谱（在大块肿瘤内和特定微观肿瘤内）的肿瘤相互关系的其他研究相结合，可以更深入地了解淋巴瘤生物学可通过显微解剖和细胞分选方法获得的壁龛）。

目标：

该协议的目标是确定所有组蛋白（包括变体组蛋白）和非组蛋白染色体蛋白的全球水平，并测量组蛋白和非组蛋白染色体蛋白上大多数已知共价修饰的相对水平。

对于说明选定病理实体的有限数量的案例，我们建议绘制被认为具有生化指导意义的那些修饰的全基因组分布图。

合格：

这项工作将涉及分析广泛的淋巴瘤和淋巴样样本，这些样本以前是根据 NIH 的多项协议获得的，并且有多余的组织可供研究。 我们还请求允许在完成所有替代诊断测试和医学/科学研究后，将此分析扩展到根据现有协议累积的剩余材料。 纳入本研究的标准包含在包络方案中。 要包括的案例数量取决于这些协议的大小；因为统计显着性随着数字的增加而提高。 我们希望包括多达 300 个案例。

设计：

将制备来自剩余样品的裂解物并将其排列到微阵列上。

这些阵列将用蛋白质组和修饰特异性抗体进行探测。

将对抗体反应性进行量化，并对样本进行统计分析，尤其是层次聚类，以将反应性模式与临床和组织学特征相关联。

剩余足够剩余组织的代表性案例将进行 ChIP-Seq，以绘制整个基因组中修饰的分布图。

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