Profilazione dei linfomi basata sulla proteomica: proteomica della cromatina; Composizione e modifica delle proteine ​​​​cromosomiche istoniche e non istoniche

SFONDO:

I linfomi sono costituiti da una diversità di tumori con diverse caratteristiche patologiche e cliniche. Mentre differenze distinte nei profili di espressione genica sono state chiarite in diversi linfomi, c'è stata una correlazione incoerente con i pochi studi proteomici pubblicati.

È possibile ottenere maggiori informazioni sulla biologia dei linfomi integrando le attuali informazioni genomiche con ulteriori studi incentrati sulle interrelazioni nei tumori dei modelli di espressione della proteina cromatina, modificazione della proteina cromatina e profilo di espressione dell'RNA (sia all'interno del tumore di massa che all'interno di tumore microscopico specifico nicchie accessibili mediante microdissezione e approcci di cell sorting).

OBIETTIVI:

Gli obiettivi di questo protocollo sono identificare i livelli globali di tutti gli istoni (compresi gli istoni varianti) e le proteine ​​​​cromosomiche non istoniche e misurare i livelli relativi delle modifiche covalenti più note sull'istone e sulle proteine ​​​​cromosomiche non istoniche.

Per un numero limitato di casi illustrativi di entità patologiche selezionate, proponiamo di mappare la distribuzione dell'intero genoma di quelle modifiche giudicate biochimicamente istruttive.

ELEGGIBILITÀ:

Questo lavoro comporterà l'analisi di un ampio pannello di campioni di linfomi e linfoidi, che sono stati precedentemente acquisiti nell'ambito di più protocolli presso l'NIH e per i quali è disponibile tessuto in eccesso per la ricerca. Chiediamo inoltre il permesso di estendere questa analisi ai materiali in eccedenza da accumulare secondo i protocolli esistenti, al completamento di tutti i test diagnostici e degli studi medico-scientifici sostitutivi. I criteri per l'inclusione in questo studio sono inclusi nei protocolli avvolgenti. Il numero di casi da includere dipende dalla dimensione di questi protocolli; perché la significatività statistica migliora con l'aumentare dei numeri. Speriamo di includere fino a 300 casi.

DESIGN:

I lisati dei campioni in eccedenza saranno preparati e disposti su microarray.

Questi array saranno sondati con pannelli di proteine ​​e anticorpi specifici per la modificazione.

La reattività anticorpale sarà quantificata ei campioni saranno sottoposti ad analisi statistica, in particolare clustering gerarchico per correlare i pattern di reattività con le caratteristiche cliniche e istologiche.

Casi rappresentativi per i quali rimane sufficiente tessuto in eccesso saranno sottoposti a ChIP-Seq per mappare la distribuzione delle modifiche attraverso il genoma.

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