Профилирование лимфом на основе протеомов: хроматиновая протеомика; Состав и модификация гистоновых и негистоновых хромосомных белков

ЗАДНИЙ ПЛАН:

Лимфомы состоят из множества опухолей с различными патологическими и клиническими особенностями. В то время как явные различия в профилях экспрессии генов были выявлены при различных лимфомах, была выявлена ​​противоречивая корреляция с несколькими опубликованными протеомными исследованиями.

Более глубокое понимание биологии лимфом может быть достигнуто за счет интеграции текущей геномной информации с дополнительными исследованиями, сфокусированными на взаимосвязях в опухолях паттернов экспрессии белка хроматина, модификации белка хроматина и профилировании экспрессии РНК (как в объемной опухоли, так и в пределах конкретной микроскопической опухоли). ниши, доступные с помощью подходов микродиссекции и сортировки клеток).

ЦЕЛИ:

Целями этого протокола являются определение глобальных уровней всех гистонов (включая варианты гистонов) и негистоновых хромосомных белков, а также измерение относительных уровней наиболее известных ковалентных модификаций гистонов и негистоновых хромосомных белков.

Для ограниченного числа случаев, иллюстрирующих отдельные патологические объекты, мы предлагаем картировать распространение по всему геному тех модификаций, которые считаются биохимически информативными.

ПРИЕМЛЕМОСТЬ:

Эта работа будет включать анализ широкой панели образцов лимфом и лимфоидных клеток, которые ранее были закуплены в соответствии с несколькими протоколами в NIH и для которых имеется избыточная ткань, доступная для исследования. Мы также запрашиваем разрешение распространить этот анализ на избыточные материалы, которые будут накапливаться в соответствии с существующими протоколами, после завершения всех заменяющих диагностических тестов и медицинских/научных исследований. Критерии включения в это исследование включены в прилагаемые протоколы. Количество включенных случаев зависит от размера этих протоколов; потому что статистическая значимость улучшается с увеличением числа. Мы надеемся включить до 300 случаев.

ДИЗАЙН:

Лизаты из избыточных образцов будут подготовлены и помещены на микрочипы.

Эти массивы будут исследованы панелями белков и антител, специфичных для модификации.

Будет определена реактивность антител, а образцы будут подвергнуты статистическому анализу, особенно иерархическому группированию, чтобы соотнести модели реактивности с клиническими и гистологическими признаками.

Репрезентативные случаи, для которых остается достаточно избыточной ткани, будут подвергнуты ChIP-Seq для картирования распределения модификаций по всему геному.

...