림프종의 프로테옴 기반 프로파일링: 크로마틴 프로테오믹스; 히스톤 및 비히스톤 염색체 단백질의 구성 및 변형

배경:

림프종은 다양한 병리학적 및 임상적 특징을 가진 다양한 종양으로 구성됩니다. 다양한 림프종에서 유전자 발현 프로파일의 뚜렷한 차이가 밝혀졌지만, 발표된 소수의 단백질체학 연구와 일치하지 않는 상관관계가 있었습니다.

염색질 단백질 발현, 염색질 단백질 변형 및 RNA 발현 프로파일링 패턴의 종양 내 상호관계에 초점을 맞춘 추가 연구와 현재 게놈 정보를 통합함으로써 림프종의 생물학에 대한 더 큰 통찰력을 얻을 수 있습니다(벌크 종양 내 및 특정 미세 종양 내 모두). 미세해부 및 세포 분류 접근법으로 접근할 수 있는 틈새).

목표:

이 프로토콜의 목표는 모든 히스톤(변형 히스톤 포함) 및 비히스톤 염색체 단백질의 전체 수준을 식별하고 히스톤 및 비히스톤 염색체 단백질에서 가장 잘 알려진 공유 변형의 상대적 수준을 측정하는 것입니다.

선택된 병리학적 실체를 설명하는 제한된 수의 사례에 대해 생화학적으로 유익한 것으로 판단되는 변형의 게놈 전체 분포를 매핑할 것을 제안합니다.

적임:

이 작업에는 이전에 NIH의 여러 프로토콜에 따라 조달되었고 연구에 사용할 수 있는 여분의 조직이 있는 광범위한 림프종 및 림프 샘플 패널 분석이 포함됩니다. 우리는 또한 모든 대체 진단 테스트 및 의학/과학적 연구가 완료되면 기존 프로토콜에 따라 발생하는 잉여 재료로 이 분석을 확장할 수 있는 권한을 요청합니다. 이 연구에 포함하기 위한 기준은 엔벨로핑 프로토콜에 포함됩니다. 포함될 사례의 수는 이러한 프로토콜의 크기에 따라 다릅니다. 수치가 증가함에 따라 통계적 유의성이 향상되기 때문입니다. 최대 300개의 사례를 포함할 수 있기를 바랍니다.

설계:

잉여 샘플의 용해물이 준비되어 마이크로어레이에 배열됩니다.

이러한 어레이는 단백질 및 변형 특정 항체 패널로 조사됩니다.

항체 반응성은 정량화되고 샘플은 통계적 분석, 특히 임상 및 조직학적 특징과 반응성 패턴을 연관시키기 위한 계층적 클러스터링에 적용됩니다.

충분한 잉여 조직이 남아 있는 대표적인 사례는 ChIP-Seq를 거쳐 게놈 전체에 걸쳐 변형 분포를 매핑합니다.

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