Perfiles de linfomas basados ​​en proteómica: cromatina proteómica; Composición y modificación de proteínas cromosómicas histonas y no histonas

ANTECEDENTES:

Los linfomas se componen de una diversidad de tumores con diferentes características patológicas y clínicas. Si bien se han aclarado diferencias claras en los perfiles de expresión génica en diferentes linfomas, ha habido una correlación inconsistente con los pocos estudios proteómicos publicados.

Se puede lograr una mayor comprensión de la biología de los linfomas mediante la integración de la información genómica actual con estudios adicionales centrados en las interrelaciones en los tumores de los patrones de expresión de la proteína de la cromatina, la modificación de la proteína de la cromatina y el perfil de expresión de ARN (tanto dentro del tumor a granel como dentro del tumor microscópico específico). nichos accesibles por métodos de microdisección y clasificación celular).

OBJETIVOS:

Los objetivos de este protocolo son identificar los niveles globales de todas las histonas (incluidas las variantes de las histonas) y las proteínas cromosómicas no histonas, y medir los niveles relativos de las modificaciones covalentes más conocidas en las proteínas cromosómicas histonas y no histonas.

Para un número limitado de casos ilustrativos de entidades patológicas seleccionadas, proponemos mapear la distribución en todo el genoma de aquellas modificaciones que se consideran bioquímicamente instructivas.

ELEGIBILIDAD:

Este trabajo implicará el análisis de un amplio panel de muestras de linfoma y linfoides, que se adquirieron previamente bajo múltiples protocolos en los NIH, y para las cuales hay un exceso de tejido disponible para la investigación. También solicitamos permiso para extender este análisis a los materiales excedentes que se acumularán según los protocolos existentes, una vez que se completen todas las pruebas de diagnóstico y los estudios médicos/científicos que los sustituyan. Los criterios para la inclusión en este estudio están incluidos en los protocolos envolventes. El número de casos a incluir depende del tamaño de estos protocolos; porque la significación estadística mejora con números crecientes. Esperamos incluir hasta 300 casos.

DISEÑO:

Los lisados ​​de las muestras sobrantes se prepararán y colocarán en micromatrices.

Estas matrices se probarán con paneles de proteínas y anticuerpos específicos de modificación.

La reactividad de los anticuerpos se cuantificará y las muestras se someterán a análisis estadísticos, especialmente a la agrupación jerárquica para correlacionar los patrones de reactividad con las características clínicas e histológicas.

Los casos representativos en los que quede suficiente tejido sobrante se someterán a ChIP-Seq para mapear la distribución de modificaciones en todo el genoma.

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