Proteomisk-baserad profilering av lymfom: kromatinproteomik; Sammansättning och modifiering av histon och icke-histon kromosomala proteiner

BAKGRUND:

Lymfom består av en mängd olika tumörer med olika patologiska och kliniska egenskaper. Medan distinkta skillnader i genuttrycksprofiler har klarlagts i olika lymfom, har det funnits inkonsekvent korrelation med de få publicerade proteomstudierna.

Större insikter i lymfomens biologi kan uppnås genom att integrera aktuell genomisk information med ytterligare studier fokuserade på de inbördes förhållandena i tumörer av mönstren för kromatinproteinuttryck, kromatinproteinmodifiering och RNA-uttrycksprofilering (både inom bulktumör och inom specifik mikroskopisk tumör nischer tillgängliga genom mikrodissektion och cellsorteringsmetoder).

MÅL:

Målen med detta protokoll är att identifiera de globala nivåerna av alla histoner (inklusive varianthistoner) och kromosomala proteiner från icke-histon, och att mäta de relativa nivåerna av de flesta kända kovalenta modifieringar på kromosomala histon- och icke-histoniska kromosomproteiner.

För ett begränsat antal fall som illustrerar utvalda patologiska enheter, föreslår vi att man kartlägger den genomgående fördelningen av de modifieringar som bedöms vara biokemiskt instruktiva.

BEHÖRIGHET:

Detta arbete kommer att involvera analys av en bred panel av lymfom- och lymfoidprover, som tidigare anskaffades enligt flera protokoll vid NIH, och för vilka det finns överskottsvävnad tillgänglig för forskning. Vi begär också tillstånd att utvidga denna analys till överskottsmaterial som ska samlas in enligt befintliga protokoll, efter att alla ersättande diagnostiska tester och medicinska/vetenskapliga studier har slutförts. Kriterierna för inkludering i denna studie ingår i de omslutande protokollen. Antalet fall som ska inkluderas beror på storleken på dessa protokoll; eftersom statistisk signifikans förbättras med ökande siffror. Vi hoppas kunna inkludera upp till 300 fall.

DESIGN:

Lysater från överskottsprover kommer att beredas och arrangeras på mikroarrayer.

Dessa arrayer kommer att sonderas med paneler av protein och modifieringsspecifika antikroppar.

Antikroppsreaktiviteten kommer att kvantifieras och prover kommer att utsättas för statistisk analys, särskilt hierarkisk klustring för att korrelera mönster av reaktivitet med kliniska och histologiska egenskaper.

Representativa fall för vilka tillräckligt med överskottsvävnad återstår kommer att utsättas för ChIP-Seq för att kartlägga fördelningen av modifieringar över genomet.

...