Profilowanie chłoniaków na podstawie proteomiki: proteomika chromatyny; Skład i modyfikacja białek chromosomalnych histonowych i niehistonowych

TŁO:

Chłoniaki składają się z różnorodnych guzów o różnych cechach patologicznych i klinicznych. Chociaż wyjaśniono wyraźne różnice w profilach ekspresji genów w różnych chłoniakach, istnieje niespójna korelacja z kilkoma opublikowanymi badaniami proteomicznymi.

Większy wgląd w biologię chłoniaków można uzyskać poprzez integrację aktualnych informacji genomowych z dodatkowymi badaniami skupionymi na wzajemnych powiązaniach w nowotworach wzorców ekspresji białka chromatyny, modyfikacji białka chromatyny i profilowania ekspresji RNA (zarówno w guzie masowym, jak i w obrębie określonego guza mikroskopowego nisze dostępne za pomocą metod mikrodysekcji i sortowania komórek).

CELE:

Celem tego protokołu jest identyfikacja globalnych poziomów wszystkich histonów (w tym wariantów histonów) i niehistonowych białek chromosomalnych oraz zmierzenie względnych poziomów większości znanych modyfikacji kowalencyjnych histonowych i niehistonowych białek chromosomalnych.

W przypadku ograniczonej liczby przypadków ilustrujących wybrane jednostki patologiczne proponujemy zmapować rozmieszczenie w całym genomie tych modyfikacji, które uznano za biochemicznie pouczające.

UPRAWNIENIA:

Ta praca będzie obejmować analizę szerokiego panelu próbek chłoniaka i limfoidów, które zostały wcześniej pozyskane w ramach wielu protokołów w NIH i dla których dostępny jest nadmiar tkanki do badań. Prosimy również o pozwolenie na rozszerzenie tej analizy na nadwyżki materiałów, które zostaną zgromadzone zgodnie z istniejącymi protokołami, po zakończeniu wszystkich zastępujących testów diagnostycznych i badań medycznych/naukowych. Kryteria włączenia do tego badania są objęte protokołami otaczającymi. Liczba przypadków, które należy uwzględnić, zależy od wielkości tych protokołów; ponieważ istotność statystyczna poprawia się wraz ze wzrostem liczby. Mamy nadzieję, że uwzględnimy do 300 przypadków.

PROJEKT:

Lizaty z nadwyżek próbek zostaną przygotowane i umieszczone na mikromacierzach.

Macierze te będą sondowane za pomocą paneli przeciwciał swoistych dla białek i modyfikacji.

Reaktywność przeciwciał zostanie określona ilościowo, a próbki zostaną poddane analizie statystycznej, w szczególności hierarchicznemu grupowaniu w celu skorelowania wzorców reaktywności z cechami klinicznymi i histologicznymi.

Reprezentatywne przypadki, w których wystarczająca nadwyżka tkanki zostanie poddana ChIP-Seq w celu zmapowania rozkładu modyfikacji w całym genomie.

...