Proteomisk-basert profilering av lymfomer: kromatinproteomikk; Sammensetning og modifikasjon av histon og ikke-histon kromosomale proteiner

BAKGRUNN:

Lymfomer består av et mangfold av svulster med forskjellige patologiske og kliniske trekk. Mens distinkte forskjeller i genuttrykksprofiler har blitt belyst i forskjellige lymfomer, har det vært inkonsekvent korrelasjon med de få publiserte proteomiske studiene.

Større innsikt i biologien til lymfomer kan oppnås ved å integrere gjeldende genomisk informasjon med tilleggsstudier fokusert på innbyrdes sammenhenger i svulster av mønstrene for kromatinproteinekspresjon, kromatinproteinmodifikasjon og RNA-ekspresjonsprofilering (både innen bulktumor og innenfor spesifikk mikroskopisk tumor). nisjer tilgjengelig ved mikrodisseksjon og cellesortering).

MÅL:

Målene med denne protokollen er å identifisere de globale nivåene av alle histoner (inkludert variant histoner) og ikke-histon kromosomale proteiner, og å måle de relative nivåene av mest kjente kovalente modifikasjoner på histon og ikke-histon kromosomale proteiner.

For et begrenset antall tilfeller som illustrerer utvalgte patologiske enheter, foreslår vi å kartlegge den genomomfattende distribusjonen av de modifikasjonene som anses å være biokjemisk instruktive.

KVALIFIKASJON:

Dette arbeidet vil involvere analyse av et bredt panel av lymfom- og lymfoidprøver, som tidligere ble anskaffet under flere protokoller ved NIH, og som det er overflødig vev tilgjengelig for forskning for. Vi ber også om tillatelse til å utvide denne analysen til overflødig materiale som skal påløpe under eksisterende protokoller, etter fullføring av alle erstattende diagnostiske tester og medisinske/vitenskapelige studier. Kriteriene for inkludering i denne studien er delt inn under de omsluttende protokollene. Antall saker som skal inkluderes er avhengig av størrelsen på disse protokollene; fordi statistisk signifikans forbedres med økende tall. Vi håper å inkludere opptil 300 saker.

DESIGN:

Lysater fra overskuddsprøver vil bli forberedt og arrayert på mikroarrayer.

Disse matrisene vil bli undersøkt med paneler av protein og modifikasjonsspesifikke antistoffer.

Antistoffreaktiviteten vil kvantifiseres og prøver vil bli gjenstand for statistisk analyse, spesielt hierarkisk clustering for å korrelere reaktivitetsmønstre med kliniske og histologiske trekk.

Representative tilfeller der det gjenstår tilstrekkelig overskuddsvev vil bli utsatt for ChIP-Seq for å kartlegge fordelingen av modifikasjoner over genomet.

...