Proteomisk-baseret profilering af lymfomer: kromatinproteomik; Sammensætning og modifikation af histon og ikke-histon kromosomale proteiner

BAGGRUND:

Lymfomer består af en mangfoldighed af tumorer med forskellige patologiske og kliniske træk. Mens distinkte forskelle i genekspressionsprofiler er blevet belyst i forskellige lymfomer, har der været inkonsekvent korrelation med de få offentliggjorte proteomiske undersøgelser.

Større indsigt i lymfomers biologi kan opnås ved at integrere aktuel genomisk information med yderligere undersøgelser fokuseret på indbyrdes sammenhænge i tumorer af mønstrene for kromatinproteinekspression, kromatinproteinmodifikation og RNA-ekspressionsprofilering (både inden for bulktumor og inden for specifik mikroskopisk tumor). nicher, der er tilgængelige ved mikrodissektion og cellesortering).

MÅL:

Målene for denne protokol er at identificere de globale niveauer af alle histoner (inklusive variant histoner) og ikke-histon kromosomale proteiner og at måle de relative niveauer af de fleste kendte kovalente modifikationer på histon og ikke-histon kromosomale proteiner.

For et begrænset antal tilfælde, der illustrerer udvalgte patologiske enheder, foreslår vi at kortlægge den genom-brede fordeling af de modifikationer, der vurderes at være biokemisk lærerige.

BETINGELSER:

Dette arbejde vil involvere analyse af et bredt panel af lymfom- og lymfoidprøver, som tidligere blev udtaget under flere protokoller på NIH, og for hvilke der er overskydende væv tilgængeligt til forskning. Vi anmoder også om tilladelse til at udvide denne analyse til at omfatte overskydende materialer, der skal opsamles under eksisterende protokoller, efter afslutning af alle erstattende diagnostiske tests og medicinske/videnskabelige undersøgelser. Kriterierne for inklusion i denne undersøgelse er opført under de omsluttende protokoller. Antallet af sager, der skal inkluderes, afhænger af størrelsen af ​​disse protokoller; fordi statistisk signifikans forbedres med stigende tal. Vi håber at inkludere op til 300 sager.

DESIGN:

Lysater fra overskydende prøver vil blive forberedt og arrayet på mikroarrays.

Disse arrays vil blive probet med paneler af protein og modifikationsspecifikke antistoffer.

Antistofreaktiviteten vil blive kvantificeret, og prøver vil blive udsat for statistisk analyse, især hierarkisk clustering for at korrelere mønstre af reaktivitet med kliniske og histologiske træk.

Repræsentative tilfælde, hvor der er tilstrækkeligt overskudsvæv tilbage, vil blive udsat for ChIP-Seq for at kortlægge fordelingen af ​​modifikationer på tværs af genomet.

...