リンパ腫のプロテオミクスベースのプロファイリング：クロマチンプロテオミクス。ヒストンおよび非ヒストン染色体タンパク質の組成と修飾

バックグラウンド：

リンパ腫は、さまざまな病理学的および臨床的特徴を持つ多様な腫瘍で構成されています。 遺伝子発現プロファイルの明確な違いがさまざまなリンパ腫で解明されていますが、公開されたいくつかのプロテオミクス研究との相関関係には一貫性がありません。

現在のゲノム情報を、腫瘍におけるクロマチンタンパク質発現パターン、クロマチンタンパク質修飾、および RNA 発現プロファイリング (バルク腫瘍内および特定の顕微鏡的腫瘍内の両方) の相互関係に焦点を当てた追加の研究と統合することにより、リンパ腫の生物学に対するより深い洞察が得られる可能性があります。顕微解剖および細胞選別アプローチによってアクセス可能なニッチ)。

目的:

このプロトコルの目標は、すべてのヒストン (バリアント ヒストンを含む) および非ヒストン染色体タンパク質のグローバル レベルを特定し、ヒストンおよび非ヒストン染色体タンパク質の最も知られている共有結合修飾の相対レベルを測定することです。

選択された病理学的実体を示す限られた数のケースについて、生化学的に有益であると判断されたこれらの修飾のゲノム全体の分布をマッピングすることを提案します。

資格:

この作業には、NIH で複数のプロトコルの下で以前に調達されたリンパ腫およびリンパ様サンプルの幅広いパネルの分析が含まれ、研究に利用できる過剰な組織があります。 また、すべての代替診断テストおよび医学的/科学的研究の完了時に、既存のプロトコルの下で発生する余剰材料にこの分析を拡張する許可も求めます。 この研究に含めるための基準は、エンベローププロトコルに含まれています。 含まれるケースの数は、これらのプロトコルのサイズによって異なります。数が増えると統計的有意性が向上するためです。 最大 300 件のケースを含めることを望んでいます。

デザイン：

余剰サンプルからのライセートを調製し、マイクロアレイに配列します。

これらのアレイは、タンパク質および修飾特異的抗体のパネルでプローブされます。

抗体反応性は定量化され、サンプルは統計分析、特に反応性のパターンを臨床的および組織学的特徴と相関させるための階層的クラスタリングにかけられます。

十分な余剰組織が残っている代表的なケースは、ChIP-Seq を受けて、ゲノム全体の変更の分布をマッピングします。

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