Profilování lymfomů na základě proteomu: Chromatinová proteomika; Složení a modifikace histonových a nehistonových chromozomálních proteinů
POZADÍ:
Lymfomy se skládají z různých nádorů s různými patologickými a klinickými rysy. Zatímco u různých lymfomů byly objasněny zřetelné rozdíly v profilech genové exprese, existuje nekonzistentní korelace s několika publikovanými proteomickými studiemi.
Většího vhledu do biologie lymfomů lze dosáhnout integrací aktuálních genomických informací s dalšími studiemi zaměřenými na vzájemné vztahy v nádorech vzorců exprese chromatinového proteinu, modifikace chromatinového proteinu a profilování exprese RNA (jak v rámci hromadného tumoru, tak v rámci specifického mikroskopického tumoru niky přístupné mikrodisekcí a přístupy třídění buněk).
CÍLE:
Cílem tohoto protokolu je identifikovat globální hladiny všech histonů (včetně variantních histonů) a nehistonových chromozomálních proteinů a změřit relativní hladiny většiny známých kovalentních modifikací na histonových a nehistonových chromozomálních proteinech.
Pro omezený počet případů ilustrujících vybrané patologické entity navrhujeme zmapovat celogenomovou distribuci těch modifikací, které jsou považovány za biochemicky poučné.
ZPŮSOBILOST:
Tato práce bude zahrnovat analýzu širokého panelu vzorků lymfomů a lymfoidů, které byly dříve získány podle několika protokolů v NIH a pro které je k dispozici přebytečná tkáň pro výzkum. Požadujeme také povolení rozšířit tuto analýzu na přebytečné materiály, které mají být nahromaděny podle stávajících protokolů, po dokončení všech nahrazujících diagnostických testů a lékařských/vědeckých studií. Kritéria pro zařazení do této studie jsou zahrnuta do obalových protokolů. Počet případů, které mají být zahrnuty, závisí na velikosti těchto protokolů; protože statistická významnost se s rostoucími čísly zlepšuje. Doufáme, že zahrneme až 300 případů.
DESIGN:
Lyzáty z přebytečných vzorků budou připraveny a uspořádány na mikročipy.
Tyto čipy budou testovány pomocí panelů protilátek specifických pro protein a modifikaci.
Reaktivita protilátky bude kvantifikována a vzorky budou podrobeny statistické analýze, zejména hierarchickému shlukování, aby se korelovaly vzorce reaktivity s klinickými a histologickými rysy.
Reprezentativní případy, pro které zůstane dostatek přebytečné tkáně, budou podrobeny ChIP-Seq, aby se zmapovala distribuce modifikací napříč genomem.
...
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
POZADÍ:
Lymfomy se skládají z různých nádorů s různými patologickými a klinickými rysy. Zatímco u různých lymfomů byly objasněny zřetelné rozdíly v profilech genové exprese, existuje nekonzistentní korelace s několika publikovanými proteomickými studiemi.
Většího vhledu do biologie lymfomů lze dosáhnout integrací aktuálních genomických informací s dalšími studiemi zaměřenými na vzájemné vztahy v nádorech vzorců exprese chromatinového proteinu, modifikace chromatinového proteinu a profilování exprese RNA (jak v rámci hromadného tumoru, tak v rámci specifického mikroskopického tumoru niky přístupné mikrodisekcí a přístupy třídění buněk).
CÍLE:
Cílem tohoto protokolu je identifikovat globální hladiny všech histonů (včetně variantních histonů) a nehistonových chromozomálních proteinů a změřit relativní hladiny většiny známých kovalentních modifikací na histonových a nehistonových chromozomálních proteinech.
Pro omezený počet případů ilustrujících vybrané patologické entity navrhujeme zmapovat celogenomovou distribuci těch modifikací, které jsou považovány za biochemicky poučné.
ZPŮSOBILOST:
Tato práce bude zahrnovat analýzu širokého panelu vzorků lymfomů a lymfoidů, které byly dříve získány podle několika protokolů v NIH a pro které je k dispozici přebytečná tkáň pro výzkum. Požadujeme také povolení rozšířit tuto analýzu na přebytečné materiály, které mají být nahromaděny podle stávajících protokolů, po dokončení všech nahrazujících diagnostických testů a lékařských/vědeckých studií. Kritéria pro zařazení do této studie jsou zahrnuta do obalových protokolů. Počet případů, které mají být zahrnuty, závisí na velikosti těchto protokolů; protože statistická významnost se s rostoucími čísly zlepšuje. Doufáme, že zahrneme až 300 případů.
DESIGN:
Lyzáty z přebytečných vzorků budou připraveny a uspořádány na mikročipy.
Tyto čipy budou testovány pomocí panelů protilátek specifických pro protein a modifikaci.
Reaktivita protilátky bude kvantifikována a vzorky budou podrobeny statistické analýze, zejména hierarchickému shlukování, aby se korelovaly vzorce reaktivity s klinickými a histologickými rysy.
Reprezentativní případy, pro které zůstane dostatek přebytečné tkáně, budou podrobeny ChIP-Seq, aby se zmapovala distribuce modifikací napříč genomem.
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
Maryland
-
Bethesda, Maryland, Spojené státy, 20892
- National Cancer Institute (NCI), 9000 Rockville Pike
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
- KRITÉRIA PRO ZAŘAZENÍ:
Navrhujeme analyzovat modifikace histonů a chromatinu u několika skupin pacientů: 1) pacientů s diagnózou lymfoidních malignit zjištěných nebo potvrzených na NIH. Solidní nádory lymfoidního systému by představovaly hlavní zdroj těchto tkání, nicméně vzorky tkání od pacientů s maligními diagnózami, které zahrnují cirkulující maligní buňky (Mycosis fungoides, Sezaryho syndrom atd.) by byly také vhodné pro analýzu; 2) nezhoubná lymfoidní tkáň získaná pro diagnostické účely nebo normální lymfoidní tkáň získaná náhodně během chirurgického zákroku (ve všech případech bude použita pouze zbytková a přebytečná tkáň, pouze s výslovným souhlasem příslušného klinického zkoušejícího(ů). Primárně mezi tyto tkáně patří hyperplastická lymfoidní tkáň, zejména mandle. Jiné vzorky hyperplastických a nemaligních lymfatických uzlin vykazující proliferativní odezvu nebo sinusovou histiocytózu by také bylo vhodné porovnat s maligními vzorky.
KRITÉRIA VYLOUČENÍ:
Pouze případy s dostatečným množstvím zmrazeného bioptického materiálu z počáteční biopsie a/nebo biopsií při relapsu onemocnění k získání adekvátních tkáňových lyzátů pro proteomické analýzy a ve vybraných případech pro ChIPSeq po analýze exprese RNA, jak se provádí podle nahrazujících protokolů. V některých případech, pro některé modifikace histonů, může být možné získat vhodnou tkáň z bloků zalitých v parafínu, avšak žádné takové vzorky nebudou pro tuto studii použity bez předchozí konzultace a schválení od klinického zkoušejícího a hematopatologa spojeného s nahrazujícími protokoly. Ukázky od nezletilých
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Observační modely: Pouze případ
- Časové perspektivy: Retrospektivní
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
|---|
|
Kohorta 1
Tato studie zahrnuje široký panel vzorků lymfomů a lymfoidů, které byly dříve získány podle několika protokolů na NIH a pro které je k dispozici přebytečná tkáň pro výzkum.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Profily exprese globálního histonového proteinu a kovalentní modifikace z lymfoidních buněk
Časové okno: Konec studia
|
globální exprese histonového proteinu a profily kovalentní modifikace z lymfoidních buněk
|
Konec studia
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: David L Levens, M.D., National Cancer Institute (NCI)
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Odhadovaný)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 999909155
- 09-C-N155
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .