Op proteomica gebaseerde profilering van lymfomen: chromatine-proteomica; Samenstelling en modificatie van histon- en niet-histone-chromosomale eiwitten

ACHTERGROND:

Lymfomen bestaan ​​uit een diversiteit aan tumoren met verschillende pathologische en klinische kenmerken. Hoewel duidelijke verschillen in genexpressieprofielen zijn opgehelderd in verschillende lymfomen, is er een inconsistente correlatie met de weinige gepubliceerde proteomische onderzoeken.

Grotere inzichten in de biologie van lymfomen kunnen worden bereikt door de huidige genomische informatie te integreren met aanvullende studies gericht op de onderlinge relaties in tumoren van de patronen van chromatine-eiwitexpressie, chromatine-eiwitmodificatie en RNA-expressieprofilering (zowel binnen bulktumor als binnen specifieke microscopisch kleine tumoren). niches die toegankelijk zijn via microdissectie en celsorteringsbenaderingen).

DOELSTELLINGEN:

De doelstellingen van dit protocol zijn het identificeren van de globale niveaus van alle histonen (inclusief varianthistonen) en niet-histon chromosomale eiwitten, en het meten van de relatieve niveaus van de meeste bekende covalente modificaties op histon en niet-histon chromosomale eiwitten.

Voor een beperkt aantal gevallen die illustratief zijn voor geselecteerde pathologische entiteiten, stellen we voor om de genoombrede verspreiding in kaart te brengen van die modificaties die als biochemisch leerzaam worden beschouwd.

IN AANMERKING KOMEN:

Dit werk omvat de analyse van een breed panel van lymfoom- en lymfoïde monsters, die eerder werden verkregen onder meerdere protocollen bij de NIH, en waarvoor overtollig weefsel beschikbaar is voor onderzoek. We vragen ook toestemming om deze analyse uit te breiden naar overtollige materialen die moeten worden opgebouwd onder bestaande protocollen, na voltooiing van alle vervangende diagnostische tests en medisch-wetenschappelijke onderzoeken. De criteria voor opname in deze studie zijn ondergebracht in de omhullende protocollen. Het aantal op te nemen gevallen is afhankelijk van de omvang van deze protocollen; omdat de statistische significantie verbetert met toenemende aantallen. We hopen tot 300 gevallen op te nemen.

ONTWERP:

Lysaten van overtollige monsters zullen worden bereid en op microarrays worden geplaatst.

Deze arrays zullen worden onderzocht met panelen van eiwitten en modificatiespecifieke antilichamen.

De antilichaamreactiviteit zal worden gekwantificeerd en monsters zullen worden onderworpen aan statistische analyse, met name hiërarchische clustering om reactiviteitspatronen te correleren met klinische en histologische kenmerken.

Representatieve gevallen waarvoor voldoende overtollig weefsel overblijft, zullen worden onderworpen aan ChIP-Seq om de verdeling van modificaties over het genoom in kaart te brengen.

...