Proteomikbasiertes Profiling von Lymphomen: Chromatin Proteomics; Zusammensetzung und Modifikation von Histon- und Nicht-Histon-chromosomalen Proteinen

HINTERGRUND:

Lymphome bestehen aus einer Vielzahl von Tumoren mit unterschiedlichen pathologischen und klinischen Merkmalen. Während deutliche Unterschiede in den Genexpressionsprofilen bei verschiedenen Lymphomen aufgeklärt wurden, gab es eine widersprüchliche Korrelation mit den wenigen veröffentlichten proteomischen Studien.

Größere Einblicke in die Biologie von Lymphomen können durch die Integration aktueller genomischer Informationen mit zusätzlichen Studien erzielt werden, die sich auf die Wechselbeziehungen zwischen den Mustern der Chromatinproteinexpression, der Chromatinproteinmodifikation und der RNA-Expressionsprofilierung in Tumoren (sowohl innerhalb eines Tumors als auch innerhalb eines spezifischen mikroskopischen Tumors) konzentrieren Nischen, die durch Mikrodissektion und Zellsortierungsansätze zugänglich sind).

ZIELE:

Die Ziele dieses Protokolls sind die globalen Ebenen aller Histone (einschließlich unterschiedlicher Histone) und chromosomaler Nicht-Histon-Proteine ​​zu identifizieren und die relativen Ebenen der meisten bekannten kovalenten Modifikationen an Histon- und Nicht-Histon-chromosomalen Proteinen zu messen.

Für eine begrenzte Anzahl von Fällen, die beispielhaft für ausgewählte pathologische Entitäten sind, schlagen wir vor, die genomweite Verteilung dieser Modifikationen zu kartieren, die als biochemisch aufschlussreich beurteilt werden.

BERECHTIGUNG:

Diese Arbeit umfasst die Analyse einer breiten Palette von Lymphom- und Lymphoidproben, die zuvor im Rahmen mehrerer Protokolle am NIH beschafft wurden und für die überschüssiges Gewebe für die Forschung zur Verfügung steht. Wir bitten auch um Erlaubnis, diese Analyse auf überschüssiges Material auszudehnen, das im Rahmen bestehender Protokolle anfällt, nach Abschluss aller ersetzenden diagnostischen Tests und medizinischen/wissenschaftlichen Studien. Die Kriterien für die Aufnahme in diese Studie sind unter den umhüllenden Protokollen subsumiert. Die Anzahl der aufzunehmenden Fälle hängt von der Größe dieser Protokolle ab; weil sich die statistische Signifikanz mit zunehmender Anzahl verbessert. Wir hoffen, bis zu 300 Fälle einzubeziehen.

DESIGN:

Lysate aus überschüssigen Proben werden aufbereitet und auf Microarrays angeordnet.

Diese Arrays werden mit Panels von protein- und modifikationsspezifischen Antikörpern sondiert.

Die Antikörperreaktivität wird quantifiziert und die Proben werden einer statistischen Analyse unterzogen, insbesondere einer hierarchischen Clusterbildung, um Reaktivitätsmuster mit klinischen und histologischen Merkmalen zu korrelieren.

Repräsentative Fälle, bei denen ausreichend überschüssiges Gewebe verbleibt, werden ChIP-Seq unterzogen, um die Verteilung von Modifikationen über das Genom abzubilden.

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