Profilage basé sur la protéomique des lymphomes : Protéomique de la chromatine ; Composition et modification des protéines chromosomiques histones et non histones

CONTEXTE:

Les lymphomes sont composés d'une diversité de tumeurs avec différentes caractéristiques pathologiques et cliniques. Alors que des différences distinctes dans les profils d'expression génique ont été élucidées dans différents lymphomes, il y a eu une corrélation incohérente avec les quelques études protéomiques publiées.

Une meilleure compréhension de la biologie des lymphomes peut être obtenue en intégrant les informations génomiques actuelles à des études supplémentaires axées sur les interrelations dans les tumeurs des modèles d'expression des protéines de la chromatine, de la modification des protéines de la chromatine et du profilage de l'expression de l'ARN (à la fois dans la masse tumorale et dans une tumeur microscopique spécifique niches accessibles par des approches de microdissection et de tri cellulaire).

OBJECTIFS:

Les objectifs de ce protocole sont d'identifier les niveaux globaux de toutes les histones (y compris les histones variantes) et des protéines chromosomiques non histones, et de mesurer les niveaux relatifs des modifications covalentes les plus connues sur les protéines chromosomiques histones et non histones.

Pour un nombre limité de cas illustrant des entités pathologiques sélectionnées, nous proposons de cartographier la distribution à l'échelle du génome de ces modifications jugées biochimiquement instructives.

ADMISSIBILITÉ:

Ce travail impliquera l'analyse d'un large panel d'échantillons de lymphomes et de lymphoïdes, qui étaient auparavant achetés dans le cadre de plusieurs protocoles au NIH, et pour lesquels il existe un excès de tissu disponible pour la recherche. Nous demandons également la permission d'étendre cette analyse aux matériaux excédentaires à accumuler en vertu des protocoles existants, à la fin de tous les tests de diagnostic et études médicales/scientifiques de remplacement. Les critères d'inclusion dans cette étude sont subsumés dans les protocoles enveloppants. Le nombre de cas à inclure dépend de la taille de ces protocoles ; parce que la signification statistique s'améliore avec l'augmentation des nombres. Nous espérons inclure jusqu'à 300 cas.

MOTIF:

Les lysats des échantillons excédentaires seront préparés et disposés sur des puces à ADN.

Ces puces seront sondées avec des panels d'anticorps spécifiques aux protéines et aux modifications.

La réactivité des anticorps sera quantifiée et les échantillons seront soumis à une analyse statistique, en particulier un regroupement hiérarchique pour corréler les modèles de réactivité avec les caractéristiques cliniques et histologiques.

Les cas représentatifs pour lesquels il reste suffisamment de tissu excédentaire seront soumis à ChIP-Seq pour cartographier la distribution des modifications à travers le génome.

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