Lymfoomien proteomipohjainen profilointi: kromatiiniproteomiikka; Histoni- ja ei-histonikromosomaalisten proteiinien koostumus ja modifikaatio

TAUSTA:

Lymfoomat koostuvat erilaisista kasvaimista, joilla on erilaisia ​​patologisia ja kliinisiä piirteitä. Vaikka selkeitä eroja geenien ilmentymisprofiileissa on selvitetty eri lymfoomissa, on ollut epäjohdonmukaista korrelaatiota muutamien julkaistujen proteomisten tutkimusten kanssa.

Lisää näkemyksiä lymfoomien biologiasta voidaan saavuttaa integroimalla nykyinen genominen tieto lisätutkimuksiin, jotka keskittyvät kromatiiniproteiinin ilmentymismallien, kromatiiniproteiinin modifikaatioiden ja RNA-ekspression profiloinnin keskinäisiin suhteisiin kasvaimissa (sekä massakasvaimessa että tietyssä mikroskooppisessa kasvaimessa mikrodissektio- ja solulajittelumenetelmillä saavutettavat markkinaraot).

TAVOITTEET:

Tämän protokollan tavoitteena on tunnistaa kaikkien histonien (mukaan lukien histonivariantit) ja ei-histonikromosomaalisten proteiinien globaalit tasot ja mitata useimpien tunnettujen kovalenttisten modifikaatioiden suhteelliset tasot histoni- ja ei-histonikromosomiproteiineissa.

Rajoitetun määrän tapauksia, jotka kuvaavat valittuja patologisia kokonaisuuksia, ehdotamme, että kartoitetaan niiden modifikaatioiden genominlaajuinen jakautuminen, joiden katsotaan olevan biokemiallisesti opettavaisia.

KELPOISUUS:

Tämä työ sisältää analyysin laajasta lymfooma- ja lymfoidinäytteiden paneelista, jotka hankittiin aiemmin useiden käytäntöjen mukaisesti NIH:sta ja joita varten on ylimääräistä kudosta saatavilla tutkimukseen. Pyydämme myös lupaa laajentaa tätä analyysiä koskemaan ylimääräisiä materiaaleja, jotka kertyvät olemassa olevien protokollien mukaisesti, kun kaikki korvaavat diagnostiset testit ja lääketieteelliset/tieteelliset tutkimukset on suoritettu. Kriteerit sisällyttämiselle tähän tutkimukseen on sisällytetty ympäröiviin protokolliin. Mukaan otettavien tapausten määrä riippuu näiden protokollien koosta; koska tilastollinen merkitsevyys paranee numeroiden kasvaessa. Toivomme saavamme mukaan jopa 300 tapausta.

DESIGN:

Lysaatit ylijäämänäytteistä valmistetaan ja asetetaan mikrosiruille.

Näitä ryhmiä tutkitaan proteiini- ja modifikaatiospesifisten vasta-aineiden paneeleilla.

Vasta-aineen reaktiivisuus kvantifioidaan ja näytteille suoritetaan tilastollinen analyysi, erityisesti hierarkkinen klusterointi reaktiivisuusmallien korreloimiseksi kliinisten ja histologisten ominaisuuksien kanssa.

Edustaville tapauksille, joissa on riittävästi ylimääräistä kudosta jäljellä, suoritetaan ChIP-Seq modifikaatioiden jakautumisen kartoittamiseksi genomissa.

...