Perfil Proteômico de Linfomas: Cromatina Proteômica; Composição e modificação de proteínas cromossômicas histonas e não histonas

FUNDO:

Os linfomas são compostos por uma diversidade de tumores com diferentes características patológicas e clínicas. Embora diferenças distintas nos perfis de expressão gênica tenham sido elucidadas em diferentes linfomas, houve correlação inconsistente com os poucos estudos proteômicos publicados.

Maiores percepções sobre a biologia dos linfomas podem ser alcançadas integrando informações genômicas atuais com estudos adicionais focados nas inter-relações em tumores dos padrões de expressão da proteína da cromatina, modificação da proteína da cromatina e perfil de expressão do RNA (tanto dentro do tumor em massa quanto dentro do tumor microscópico específico nichos acessíveis por abordagens de microdissecção e triagem de células).

OBJETIVOS:

Os objetivos deste protocolo são identificar os níveis globais de todas as histonas (incluindo histonas variantes) e proteínas cromossômicas não histonas e medir os níveis relativos das modificações covalentes mais conhecidas nas proteínas cromossômicas histonas e não histonas.

Para um número limitado de casos ilustrativos de entidades patológicas selecionadas, propomos mapear a distribuição do genoma dessas modificações consideradas bioquimicamente instrutivas.

ELEGIBILIDADE:

Este trabalho envolverá a análise de um amplo painel de amostras de linfoma e linfoides, que foram previamente adquiridos sob vários protocolos do NIH e para os quais há excesso de tecido disponível para pesquisa. Também solicitamos permissão para estender esta análise aos materiais excedentes a serem acumulados de acordo com os protocolos existentes, após a conclusão de todos os testes de diagnóstico e estudos médicos/científicos de substituição. Os critérios de inclusão neste estudo estão incluídos nos protocolos envolventes. O número de casos a serem incluídos depende do tamanho desses protocolos; porque a significância estatística melhora com o aumento dos números. Esperamos incluir até 300 casos.

PROJETO:

Os lisados ​​das amostras excedentes serão preparados e dispostos em microarrays.

Essas matrizes serão sondadas com painéis de proteínas e anticorpos específicos de modificação.

A reatividade dos anticorpos será quantificada e as amostras serão submetidas a análises estatísticas, especialmente agrupamento hierárquico para correlacionar padrões de reatividade com características clínicas e histológicas.

Casos representativos para os quais resta tecido excedente suficiente serão submetidos a ChIP-Seq para mapear a distribuição de modificações em todo o genoma.

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