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小儿肿瘤患者正常组织的前瞻性下一代测序

2026年7月21日 更新者：St. Jude Children's Research Hospital

儿童基因组 (G4K)

包括全基因组 (WGS)、外显子组 (WES) 和 RNA 测序在内的下一代测序 (NGS) 技术的发展彻底改变了研究人员查询肿瘤形成的分子机制的能力。 通过儿科癌症基因组计划 (PCGP)，圣裘德儿童研究医院 (SJCRH) 的研究人员已成功使用 NGS 方法评估 1,000 多种儿科癌症，范围从血液系统恶性肿瘤到中枢神经系统 (CNS) 和非 CNS 实体瘤. 从这些和相关研究中，很明显，基因组方法可以准确地将肿瘤分类为不同的病理和预后亚型，并检测可能作为新治疗靶点的细胞通路的改变。 总的来说，这些研究表明，通过表征单个肿瘤的基因组构成，研究人员将能够开发个性化且可能更有效的癌症治疗和/或预防措施。

最初制定该协议是为了将 NGS 方法引入常规临床护理。 在 G4K 协议的初始阶段，招募并注册了 310 名参与者。 对所有 310 名患者完成了肿瘤和/或种系测序，生成了 253 份体细胞报告（占 263 名可获得和分析肿瘤组织的参与者的 96%）和生成的 301 份种系报告（301 名同意接受检测的参与者中的 100%）种系结果的接收）。 研究数据的分析正在进行中，并计划在未来几个月内准备初始手稿。 由于 G4K 协议的首次成功执行，肿瘤和种系样本的临床基因组测序现在作为 St. Jude 儿科肿瘤患者标准临床护理的一部分提供。

G4K 协议现已修订。 通过修订，研究团队将记录、存储和分析种系和肿瘤基因组信息。 通过收集这些数据，我们将研究 150 个癌症易感基因的种系突变如何影响临床表现、肿瘤组织学、肿瘤基因组发现、对治疗的反应和长期结果。 这项研究的总体目标是进一步确定这些基因中种系变异的普遍性、范围和遗传力，并破译种系突变如何影响不断扩大的癌症易感综合征的表型。 这些研究使我们能够为未来携带这些基因突变的儿童提供更准确的遗传咨询和管理策略。

这仍然是一项非治疗性研究。 研究人员预计在未来 7 年内将招募大约 5000 名患者的样本量。

研究概览

地位

招聘中

条件

干预/治疗

详细说明

主要目标：

  • 使用临床基因组测序来确定癌症儿童癌症易感基因种系突变的普遍性和谱系。
  • 对于那些被鉴定为种系突变的人，将种系基因组信息与临床表现、肿瘤基因组发现、治疗反应和结果相关联。

其他预定目标：

  • 生成和分析描述患者/父母在整个研究的不同时间点对基因组调查和研究的看法的数据。
  • 生成和分析有关基因组测序结果返回的数据，检查患者/家长对这些结果的理解，并评估结果对患者和家庭的影响。
  • 确定对福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本的衍生物进行 WES 和 RNA 测序以及匹配的冷冻肿瘤和种系样本分析的可行性和可靠性。

对于同意的参与者，将获得正常组织样本并用于 WGS、WES 和 RNA 序列分析。 将分析 150 个基因的定义列表，以使用正常组织进行报告。 一旦这些分析的结果可用，它们将被披露给医生、患者和家长。 混合测量方法将用于评估基因组结果对患者和父母的理解、接受和影响。 在研究过程中，研究人员预计使用正常组织报告的基因列表会随着文献的进步或其他将额外基因与肿瘤形成和癌症风险联系起来的证据而发生变化，并且可能会定义新的列表。

为了评估提供者、患者和家人的理解并描述基因组测试和结果返回的影响，本研究还将结合调查和半结构化访谈的管理。 调查和访谈是可选的，但将提供给所有主要 SJCRH 提供者以及所有符合条件的参与者和父母，无论他们是否同意进行基因组测试。

将获得血液样本或皮肤活组织检查作为种系 DNA 的来源。 该样本是必要的，因为它是评估肿瘤样本的比较对象。 可以对诊断为外周血可能被肿瘤细胞污染的患者进行皮肤活检。

研究类型

观察性的

注册 (估计的)

2500

联系人和位置

本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。

学习联系方式

学习地点

  • 美国
    • Tennessee
      • Memphis、Tennessee、美国、38105
        • 招聘中
        • St. Jude Children's Research Hospital
        • 首席研究员：
          • Kim E. Nichols, MD
        • 接触：

参与标准

研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。

资格标准

适合学习的年龄

  • 孩子
  • 成人
  • 年长者

接受健康志愿者

不

取样方法

非概率样本

研究人群

参与者将是 St. Jude 儿童研究医院 (SJCRH) 诊断为血液学、实体瘤或中枢神经系统肿瘤并同意参与本研究的患者，以及他们的父母或同意参与的合法授权代表。

描述

纳入标准：

  • St. Jude 患者在研究启动时被前瞻性地确定为实体瘤或液体瘤（良性或恶性）。
  • 必须提供足够的组织（例如 足够的种系和/或肿瘤组织，必须从中分离 >1 µg DNA 和 >0.1 µg RNA）。 没有可用肿瘤组织的患者可以仅使用种系样本入组。

排除标准：

  • 造血干细胞移植史（或其他导致造血细胞 DNA 与宿主组织 DNA 不匹配的情况）。
  • 不符合上述标准的肿瘤或种系组织。
  • 研究参与者或法定监护人/代表不能或不愿提供书面知情同意书。
  • 无法用英语流利地阅读、写作或交谈的参与者将被排除在预定目标 3 和 4 之外。

学习计划

本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。

研究是如何设计的？

设计细节

  • 观测模型：队列
  • 时间观点：预期

队列和干预

团体/队列
干预/治疗
参加者

St. Jude 确诊实体瘤或液体瘤（良性或恶性）的患者及其亲生父母或合法授权代表。

干预措施：研究介绍访问、知情同意访问、知情同意后续访问、返回结果对话、两次返回结果后续访问、组织样本（如果可用）、血液样本或皮肤活检。
其他：留学介绍访问
在到达 SJCRH 后的 5±3 周内，或在参与者/家庭方便的时候，参与者将与遗传咨询师和临床医生会面，提供家庭谱系信息，进行身体检查并讨论种系检测选项。 将提供学习介绍材料。 对 G4K 研究感兴趣的家庭将被转介给研究护士或其他 G4K 成员，并安排知情同意访问。
其他：知情同意访问
在研究介绍访问后的 1±3 周内，或在参与者/家人方便的时候，研究护士或其他研究团队成员将同意家人并收集人口统计和医疗信息。 参与者将完成评估问卷。
其他名称：
  • 调查问卷
  • 人口统计和医疗表格
其他：结果对话的返回
参与者将完成评估问卷。
其他名称：
  • 调查问卷
  • 访谈
程序：血液样本
对于之前未提供过血样的患者，将获得一份血样作为种系 DNA 的来源。
其他名称：
  • 放血
程序：皮肤活检
同意后，对于诊断为外周血可能被肿瘤细胞污染的参与者，可以进行皮肤活检作为种系 DNA 的来源。
其他名称：
  • 活检
其他：知情同意随访
在注册时或注册后但在种系结果发布之前，或者在参与者/家庭方便的时候，一部分参与者（30-40）将参加半结构化访谈。
其他名称：
  • 访谈
其他：返回结果跟踪访问
结果返回后续访问将进行两次：第一次在返回结果对话后 8±4 周内，或在参与者/家人方便的时候进行，第二次在返回结果对话后 28±4 周内，或在参与者/家人的方便。 每次访问时，参与者将填写评估问卷。 将对家长和青少年进行半结构化访谈。
其他名称：
  • 调查问卷
  • 访谈

研究衡量的是什么？

主要结果指标

结果测量
措施说明
大体时间
总体成功率
大体时间：入学后约 3 个月

成功的定义是 (1) 质量可解释的基因组数据是从肿瘤和种系组织测序中产生的，以及 (2) 将基因组测试结果传达给主要的 SJCRH 肿瘤学家和患者及其父母。

成功绩效的二项式比例将根据样本比例和基于正态近似的 99% 置信区间进行估计。 样本量为 400。
入学后约 3 个月
体细胞遗传变异和种系遗传变异的数量和类型
大体时间：获得种系样本后大约 3-4 个月
WGS、WES 和 RNA 序列数据将用于识别和表征具有病理意义的体细胞遗传变异和与癌症风险增加相关的种系遗传变异。 将在每位患者和每种疾病类型中计算描述性统计数据，例如与癌症风险增加相关的变异的数量和比例。
获得种系样本后大约 3-4 个月

其他结果措施

结果测量
措施说明
大体时间
父母/参与者对基因组测试看法的比例
大体时间：研究结束时（最后一次参与者注册后最多 13 个月）
父母/参与者对基因组调查和研究的看法将使用录音对话和调查进行评估。 结果将通过描述性统计进行总结。
研究结束时（最后一次参与者注册后最多 13 个月）
按理解程度划分的参与者/家长人数
大体时间：研究结束时（最后一次参与者注册后最多 13 个月）
研究参与者/家长对基因组结果的理解以及结果对研究参与者及其家人的影响将通过分析录音对话和调查结果来评估。 结果将通过描述性统计进行总结
研究结束时（最后一次参与者注册后最多 13 个月）
福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 样品的成功序列比例
大体时间：入学后约3个月
为了评估实用性，将估计可以成功测序的 FFPE 样本的比例以及 95% 的置信区间。
入学后约3个月

合作者和调查者

在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。

赞助

St. Jude Children's Research Hospital

调查人员

  • 首席研究员：Kim E. Nichols, MD、St. Jude Children's Research Hospital

出版物和有用的链接

负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。

一般刊物

有用的网址

研究记录日期

这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。

研究主要日期

学习开始 (实际的)

2015年8月28日

初级完成 (估计的)

2045年12月31日

研究完成 (估计的)

2053年12月31日

研究注册日期

首次提交

2015年8月19日

首先提交符合 QC 标准的

2015年8月19日

首次发布 (估计的)

2015年8月21日

研究记录更新

最后更新发布 (实际的)

2026年7月22日

上次提交的符合 QC 标准的更新

2026年7月21日

最后验证

2026年7月1日

更多信息

与本研究相关的术语

关键字

其他相关的 MeSH 术语

其他研究编号

  • G4K

药物和器械信息、研究文件

研究美国 FDA 监管的药品

不

研究美国 FDA 监管的设备产品

不

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