Neste generasjons sekvensering av normalt vev prospektivt hos pediatriske onkologiske pasienter

Utviklingen av neste generasjons sekvenseringsteknikker (NGS), inkludert helgenom (WGS), exome (WES) og RNA-sekvensering har revolusjonert etterforskernes evne til å spørre etter de molekylære mekanismene som ligger til grunn for tumordannelse. Gjennom Pediatric Cancer Genome Project (PCGP) har etterforskere ved St. Jude Children's Research Hospital (SJCRH) med suksess brukt NGS-tilnærminger for å evaluere mer enn 1000 pediatriske kreftformer, alt fra hematologiske maligniteter til sentralnervesystemet (CNS) og solide svulster som ikke er CNS . Fra disse og relaterte studier har det blitt klart at genomiske tilnærminger nøyaktig kan klassifisere svulster i distinkte patologiske og prognostiske undertyper og oppdage endringer i cellulære veier som kan tjene som nye terapeutiske mål. Samlet antyder disse studiene at ved å karakterisere den genomiske sammensetningen av individuelle svulster, vil etterforskere være i stand til å utvikle personlig tilpassede og potensielt mer effektive kreftbehandlinger og/eller forebyggende tiltak.

Denne protokollen ble opprinnelig vedtatt for å innlede NGS-tilnærminger til rutinemessig klinisk behandling. I den innledende fasen av G4K-protokollen ble 310 deltakere rekruttert og registrert på studien. Tumor- og/eller kimlinjesekvensering ble fullført på alle 310 pasienter, med 253 somatiske rapporter generert (representerer 96 % av de 263 deltakerne som tumorvev var tilgjengelig og analysert for) og 301 kimlinjerapporter generert (100 % av de 301 deltakerne som godtok mottak av kimlinjeresultater). Analyser av studiedataene pågår med planer om å utarbeide innledende manuskripter i løpet av de neste månedene. På grunn av vellykket innledende utførelse av G4K-protokollen, tilbys nå klinisk genomisk sekvensering av tumor- og kimlinjeprøver som en del av standard klinisk behandling for pediatriske onkologiske pasienter ved St. Jude.

G4K-protokollen er nå revidert. Med revisjonen vil studieteamet registrere, lagre og analysere kimlinje- og svulstgenomisk informasjon. Gjennom innsamlingen av disse dataene vil vi undersøke hvordan kimlinjemutasjoner i 150 kreftpredisposisjonsgener påvirker klinisk presentasjon, tumorhistologi, tumorgenomiske funn, respons på terapi og langsiktige utfall. De overordnede målene for denne forskningen er å videre definere utbredelsen, spekteret og arvbarheten til kimlinjevarianter i disse genene og å dechiffrere hvordan kimlinjemutasjoner påvirker fenotypene til et voksende utvalg av kreftpredisposisjonssyndromer. Disse studiene lar oss gi mer nøyaktig genetisk rådgivning og håndteringsstrategier til fremtidige barn som har mutasjoner i disse genene.

Dette er fortsatt en ikke-terapeutisk studie. Etterforskerne forventer en prøvestørrelse på omtrent 5000 pasienter som vil bli rekruttert i løpet av de neste 7 årene.