소아 종양 환자에서 전향적으로 정상 조직의 차세대 시퀀싱
아동용 게놈(G4K)
전체 게놈(WGS), 엑솜(WES) 및 RNA 시퀀싱을 포함한 차세대 시퀀싱(NGS) 기술의 개발은 연구자가 종양 형성의 기본이 되는 분자 메커니즘을 쿼리하는 능력을 혁신적으로 변화시켰습니다. PCGP(소아암 게놈 프로젝트)를 통해 St. Jude Children's Research Hospital(SJCRH)의 연구자들은 NGS 접근법을 성공적으로 사용하여 혈액 악성 종양에서 중추신경계(CNS) 및 비CNS 고형 종양에 이르는 1,000개 이상의 소아암을 평가했습니다. . 이러한 연구 및 관련 연구에서 게놈 접근법이 종양을 뚜렷한 병리학적 및 예후적 하위 유형으로 정확하게 분류하고 새로운 치료 표적으로 작용할 수 있는 세포 경로의 변경을 감지할 수 있다는 것이 분명해졌습니다. 총체적으로, 이러한 연구는 개별 종양의 게놈 구성을 특성화함으로써 연구자가 개인화되고 잠재적으로 더 효과적인 암 치료 및/또는 예방 조치를 개발할 수 있음을 시사합니다.
이 프로토콜은 처음에 일상적인 임상 치료에 NGS 접근 방식을 안내하기 위해 제정되었습니다. G4K 프로토콜의 초기 단계에서 310명의 참가자를 모집하여 연구에 등록했습니다. 종양 및/또는 생식계열 시퀀싱이 310명의 모든 환자에 대해 완료되었으며, 253개의 체세포 보고서(종양 조직이 이용 가능하고 분석된 263명의 참가자 중 96%를 나타냄) 및 301개의 생식계열 보고서(동의한 301명의 참가자 중 100%가 생성됨)가 생성되었습니다. 생식계열 결과 수령). 향후 몇 개월 내에 초기 원고를 준비할 계획과 함께 연구 데이터 분석이 진행 중입니다. G4K 프로토콜의 성공적인 초기 실행으로 인해 종양 및 생식계열 샘플의 임상 게놈 시퀀싱이 이제 St. Jude에서 소아 종양 환자를 위한 표준 임상 치료의 일부로 제공됩니다.
이제 G4K 프로토콜이 개정되었습니다. 이번 개정으로 연구팀은 생식계열 및 종양 유전체 정보를 기록, 저장, 분석하게 된다. 이러한 데이터 수집을 통해 150개의 암 소인 유전자의 생식계열 돌연변이가 임상 양상, 종양 조직학, 종양 게놈 소견, 치료에 대한 반응 및 장기 결과에 어떻게 영향을 미치는지 조사할 것입니다. 이 연구의 전반적인 목표는 이러한 유전자에서 생식계열 변이의 유병률, 스펙트럼 및 유전 가능성을 추가로 정의하고 생식계열 돌연변이가 암 소인 증후군의 확장 배열의 표현형에 어떻게 영향을 미치는지 해독하는 것입니다. 이러한 연구를 통해 우리는 이러한 유전자에 돌연변이가 있는 미래의 어린이들에게 보다 정확한 유전 상담 및 관리 전략을 제공할 수 있습니다.
이것은 비치료적 연구로 남아 있습니다. 조사관은 향후 7년 동안 모집될 약 5000명의 환자의 샘플 크기를 예상합니다.
연구 개요
상태
상세 설명
기본 목표:
- 임상 게놈 시퀀싱을 사용하여 암에 걸린 어린이의 암 소인 유전자에서 생식계열 돌연변이의 유병률과 스펙트럼을 정의합니다.
- 생식계열 돌연변이로 확인된 환자의 경우 생식계열 유전체 정보를 임상 양상, 종양 유전체 소견, 치료 반응 및 결과와 연관시킵니다.
기타 사전 지정된 목표:
- 연구 전반에 걸쳐 다양한 시점에서 게놈 조사 및 연구에 대한 환자/부모의 인식을 설명하는 데이터를 생성하고 분석합니다.
- 게놈 시퀀싱 결과 반환을 둘러싼 데이터를 생성하고 분석하려면 이러한 결과에 대한 환자/부모의 이해를 조사하고 결과가 환자와 가족에게 미치는 영향을 평가합니다.
- 일치하는 동결 종양 및 생식계열 샘플의 분석과 함께 포르말린 고정, 파라핀 포매(FFPE) 종양 샘플의 파생물에 대한 WES 및 RNA 시퀀싱 수행의 타당성과 신뢰성을 결정합니다.
동의하는 참가자의 경우 정상 조직 샘플을 얻어 WGS, WES 및 RNA 염기서열 분석에 사용합니다. 정상 조직을 사용하여 보고하기 위해 정의된 150개의 유전자 목록을 분석할 것입니다. 이러한 분석 결과가 나오면 의사, 환자 및 부모에게 공개됩니다. 환자와 부모에 대한 게놈 결과의 이해, 수용 및 영향을 평가하기 위해 혼합 측정 접근법이 사용될 것입니다. 연구가 진행되는 동안 조사관은 문헌의 진보 또는 추가 유전자를 종양 형성 및 암 위험과 연결하는 기타 증거로 인해 변화하기 위해 정상 조직을 사용하여 보고될 유전자 목록을 예상하고 새로운 목록이 정의될 수 있습니다.
제공자, 환자 및 가족의 이해를 평가하고 게놈 검사 및 결과 반환의 영향을 설명하기 위해 이 연구는 설문 조사 관리 및 반구조화 인터뷰도 통합할 것입니다. 설문 조사 및 인터뷰는 선택 사항이지만 게놈 테스트에 대한 동의 여부에 관계없이 모든 자격 있는 참가자 및 부모뿐만 아니라 모든 기본 SJCRH 제공자에게 제공됩니다.
혈액 또는 피부 생검 샘플을 생식계열 DNA의 공급원으로 확보합니다. 이 샘플은 종양 샘플을 평가하는 비교 대상이므로 필요합니다. 피부 생검은 말초 혈액이 종양 세포에 의해 오염될 가능성이 있는 진단을 받은 환자에게 실시할 수 있습니다.
연구 유형
등록 (추정된)
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: Kim E. Nichols, MD
- 전화번호: 888-226-4343
- 이메일: referralinfo@stjude.org
연구 장소
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Tennessee
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Memphis, Tennessee, 미국, 38105
- 모병
- St. Jude Children's Research Hospital
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수석 연구원:
- Kim E. Nichols, MD
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연락하다:
- Kim E. Nichols, MD
- 전화번호: 888-226-4343
- 이메일: referralinfo@stjude.org
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 연구 활성화 시 진단된 고형 또는 액체 종양(양성 또는 악성)으로 전향적으로 확인된 St. Jude 환자.
- 적절한 조직을 사용할 수 있어야 합니다(예: >1 µg DNA와 >0.1 µg RNA가 분리되어야 하는 충분한 생식계열 및/또는 종양 조직). 이용 가능한 종양 조직이 없는 환자는 생식계열 샘플만을 사용하여 등록할 수 있습니다.
제외 기준:
- 조혈 줄기 세포 이식의 과거 병력(또는 조혈 세포 DNA가 숙주 조직 DNA와 일치하지 않게 되는 다른 상태).
- 위에 나열된 기준을 충족하지 않는 종양 또는 생식계열 조직.
- 연구 참가자 또는 법적 보호자/대리인이 서면 동의서를 제공할 수 없거나 의사가 없는 경우.
- 읽기, 쓰기 또는 영어로 유창하게 대화할 수 없는 참가자는 사전 지정된 목표 3 및 4에서 제외됩니다.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 보병대
- 시간 관점: 유망한
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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참가자들
고형 또는 액상 종양(양성 또는 악성) 진단을 받은 St. Jude 환자와 생물학적 부모 또는 법적 대리인. 개입: 연구 소개 방문, 사전 동의 방문, 사전 동의 후속 방문, 결과 반환 대화, 두 번의 결과 반환 후속 방문, 조직 샘플(이용 가능한 경우), 혈액 샘플 또는 피부 생검. |
SJCRH에 도착한 후 5±3주 이내에 또는 참가자/가족의 편의에 따라 참가자는 유전 상담사와 임상의를 만나 가족 혈통에 대한 정보를 제공하고 신체 검사를 받고 생식선 검사 옵션에 대해 논의합니다.
연구 소개 자료가 제공됩니다.
G4K 연구에 관심이 있는 가족은 연구 간호사 또는 다른 G4K 회원에게 소개되며 사전 동의 방문 일정이 잡힙니다.
연구 소개 방문 후 1±3주 이내에 또는 참가자/가족의 편의에 따라 연구 간호사 또는 다른 연구 팀원이 가족의 동의를 받고 인구 통계 및 의료 정보를 수집합니다.
참가자는 평가 설문지를 작성합니다.
다른 이름들:
참가자는 평가 설문지를 작성합니다.
다른 이름들:
이전에 혈액 샘플을 제공하지 않은 환자의 경우 생식계열 DNA의 공급원으로 혈액 샘플을 확보합니다.
다른 이름들:
동의 후, 말초 혈액이 종양 세포에 의해 오염될 가능성이 있는 진단을 받은 참가자의 경우 피부 생검을 생식계열 DNA의 공급원으로 수행할 수 있습니다.
다른 이름들:
등록 시 또는 등록 후 Gerline 결과 공개 전 또는 참가자/가족의 편의에 따라 참가자 하위 집합(30-40)이 반구조화된 인터뷰에 참여합니다.
다른 이름들:
결과 반환 후속 방문은 두 번 실시됩니다. 첫 번째는 결과 반환 대화 후 8±4주 이내 또는 참가자/가족의 편의에 따라, 두 번째는 결과 반환 대화 후 28 ± 4주 이내 또는 참가자/가족의 편의.
방문할 때마다 참가자는 평가 설문지를 작성하게 됩니다.
부모와 청소년을 대상으로 반구조화된 인터뷰가 진행됩니다.
다른 이름들:
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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전반적인 성공률
기간: 입학 후 약 3개월
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성공은 (1) 종양 및 생식계열 조직의 시퀀싱에서 생성된 양질의 해석 가능한 게놈 데이터와 (2) 게놈 검사 결과를 일차 SJCRH 종양 전문의와 환자 및 그 부모에게 전달하는 결합된 성공으로 정의됩니다. 성공적인 수행의 이항 비율은 표본 비율과 정규 근사를 기반으로 하는 99% 신뢰 구간으로 추정됩니다. 샘플 크기는 400입니다. |
입학 후 약 3개월
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체세포 유전자 변이체 및 생식계열 유전자 변이체의 수와 유형
기간: 생식계열 샘플을 얻은 후 약 3-4개월
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WGS, WES 및 RNA 서열 데이터는 병리학적 중요성의 체세포 유전적 변이체 및 증가된 암 위험과 관련된 생식계열 유전적 변이체를 식별하고 특성화하는 데 사용될 것입니다.
증가된 암 위험과 관련된 변이의 수 및 비율과 같은 기술 통계는 각 환자 및 각 질병 유형에서 계산됩니다.
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생식계열 샘플을 얻은 후 약 3-4개월
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기타 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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게놈 검사에 대한 인식에 따른 부모/참가자의 비율
기간: 연구 종료 시(마지막 참가자 등록 후 최대 13개월)
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게놈 조사 및 연구에 대한 부모/참가자의 인식은 녹음된 대화 및 설문 조사를 사용하여 평가됩니다.
결과는 기술 통계로 요약됩니다.
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연구 종료 시(마지막 참가자 등록 후 최대 13개월)
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이해도별 참여자/학부모 수
기간: 연구 종료 시(마지막 참가자 등록 후 최대 13개월)
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게놈 결과에 대한 연구 참가자/부모의 이해와 연구 참가자 및 그 가족에 대한 결과의 영향은 녹음된 대화 및 설문 조사 결과의 분석을 통해 평가됩니다.
결과는 기술 통계로 요약됩니다.
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연구 종료 시(마지막 참가자 등록 후 최대 13개월)
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포르말린 고정, 파라핀 포매(FFPE) 샘플의 성공적인 시퀀스 비율
기간: 입학 후 약 3개월
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실용성을 평가하기 위해 성공적으로 시퀀싱할 수 있는 FFPE 샘플의 비율을 95% 신뢰 구간과 함께 추정합니다.
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입학 후 약 3개월
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 수석 연구원: Kim E. Nichols, MD, St. Jude Children's Research Hospital
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Johnson LM, Mandrell BN, Li C, Lu Z, Gattuso J, Harrison LW, Mori M, Ouma AA, Pritchard M, Sharp KMH, Nichols KE. Managing Pandora's Box: Familial Expectations around the Return of (Future) Germline Results. AJOB Empir Bioeth. 2022 Jul-Sep;13(3):152-165. doi: 10.1080/23294515.2022.2063994. Epub 2022 Apr 26.
- Maciaszek JL, Oak N, Chen W, Hamilton KV, McGee RB, Nuccio R, Mostafavi R, Hines-Dowell S, Harrison L, Taylor L, Gerhardt EL, Ouma A, Edmonson MN, Patel A, Nakitandwe J, Pappo AS, Azzato EM, Shurtleff SA, Ellison DW, Downing JR, Hudson MM, Robison LL, Santana V, Newman S, Zhang J, Wang Z, Wu G, Nichols KE, Kesserwan CA. Enrichment of heterozygous germline RECQL4 loss-of-function variants in pediatric osteosarcoma. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2019 Oct 23;5(5):a004218. doi: 10.1101/mcs.a004218. Print 2019 Oct.
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- G4K
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
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연구 소개 방문에 대한 임상 시험
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Helse-Bergen HFUniversity Hospital of North Norway; Helse Forde완전한발달성 고관절 이형성증
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Fonds de la Recherche en Santé du QuébecUniversité de Montréal완전한
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Radicle Science완전한
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Hospital Clinic of BarcelonaUniversitat Politècnica de Catalunya; Institut Catala de Salut; Department of Health, Generalitat... 그리고 다른 협력자들알려지지 않은