Séquençage de nouvelle génération de tissus normaux de manière prospective chez des patients en oncologie pédiatrique

Le développement de techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS), notamment le séquençage du génome entier (WGS), de l'exome (WES) et de l'ARN, a révolutionné la capacité des chercheurs à interroger les mécanismes moléculaires sous-jacents à la formation de tumeurs. Dans le cadre du Pediatric Cancer Genome Project (PCGP), des chercheurs du St. Jude Children's Research Hospital (SJCRH) ont utilisé avec succès des approches NGS pour évaluer plus de 1 000 cancers pédiatriques allant des hémopathies malignes au système nerveux central (SNC) et aux tumeurs solides non-SNC. . À partir de ces études et d'études connexes, il est devenu clair que les approches génomiques peuvent classer avec précision les tumeurs en sous-types pathologiques et pronostiques distincts et détecter les altérations des voies cellulaires qui peuvent servir de nouvelles cibles thérapeutiques. Collectivement, ces études suggèrent qu'en caractérisant la composition génomique de tumeurs individuelles, les chercheurs seront en mesure de développer des traitements et/ou des mesures préventives contre le cancer personnalisés et potentiellement plus efficaces.

Ce protocole a été initialement adopté pour introduire les approches NGS dans les soins cliniques de routine. Au cours de la phase initiale du protocole G4K, 310 participants ont été recrutés et inscrits à l'étude. Le séquençage de la tumeur et/ou de la lignée germinale a été réalisé sur les 310 patients, avec 253 rapports somatiques générés (représentant 96 % des 263 participants pour lesquels le tissu tumoral était disponible et analysé) et 301 rapports germinaux générés (100 % des 301 participants ayant accepté la réception des résultats germinaux). Les analyses des données de l'étude sont en cours avec des plans pour préparer les manuscrits initiaux dans les prochains mois. En raison de l'exécution initiale réussie du protocole G4K, le séquençage génomique clinique d'échantillons de tumeurs et de lignées germinales est désormais proposé dans le cadre des soins cliniques standard pour les patients en oncologie pédiatrique à St. Jude.

Le protocole G4K a maintenant été révisé. Avec la révision, l'équipe de l'étude enregistrera, stockera et analysera les informations génomiques sur la lignée germinale et la tumeur. Grâce à la collecte de ces données, nous examinerons comment les mutations germinales dans 150 gènes de prédisposition au cancer influencent la présentation clinique, l'histologie tumorale, les résultats génomiques tumoraux, la réponse au traitement et les résultats à long terme. Les objectifs généraux de cette recherche sont de mieux définir la prévalence, le spectre et l'héritabilité des variantes germinales de ces gènes et de déchiffrer comment les mutations germinales influencent les phénotypes d'un éventail croissant de syndromes de prédisposition au cancer. Ces études nous permettent de fournir des conseils génétiques plus précis et des stratégies de gestion aux futurs enfants porteurs de mutations dans ces gènes.

Cela reste une étude non thérapeutique. Les enquêteurs prévoient un échantillon d'environ 5 000 patients qui seront recrutés au cours des 7 prochaines années.