A normál szövetek következő generációs szekvenálása jövőre onkológiai gyermekbetegeknél

A következő generációs szekvenálási (NGS) technikák kifejlesztése, beleértve a teljes genomot (WGS), az exome (WES) és az RNS szekvenálást, forradalmasította a kutatók azon képességét, hogy lekérdezzék a tumorképződés mögött meghúzódó molekuláris mechanizmusokat. A Pediatric Cancer Genome Project (PCGP) révén a St. Jude Gyermekkutató Kórház (SJCRH) kutatói sikeresen alkalmazták az NGS-megközelítéseket több mint 1000 gyermekrák kiértékelésére, a hematológiai rosszindulatú daganatoktól a központi idegrendszeri (CNS) és nem központi idegrendszeri szolid daganatokig. . Ezekből és a kapcsolódó vizsgálatokból világossá vált, hogy a genomikai megközelítések pontosan osztályozhatják a daganatokat különböző patológiás és prognosztikai altípusokba, és kimutathatják a sejtes útvonalak változásait, amelyek új terápiás célpontként szolgálhatnak. Ezek a tanulmányok összességében azt sugallják, hogy az egyes daganatok genomiális felépítésének jellemzésével a kutatók személyre szabott és potenciálisan hatékonyabb rákkezeléseket és/vagy megelőző intézkedéseket dolgozhatnak ki.

Ezt a protokollt eredetileg azért vezették be, hogy az NGS-megközelítéseket bevezesse a rutin klinikai ellátásba. A G4K protokoll kezdeti szakaszában 310 résztvevőt toboroztak és vettek fel a vizsgálatba. A tumor- és/vagy csíravonal-szekvenálást mind a 310 betegen elvégezték, 253 szomatikus jelentést készítettek (amelyek a 263 résztvevő 96%-át képviselik, akiknél tumorszövet állt rendelkezésre és elemezték), és 301 csíravonal-jelentést készítettek (a 301 résztvevő 100%-a, akik beleegyeztek a csíravonal eredmények kézhezvétele). A tanulmányi adatok elemzése folyamatban van, és a tervek szerint a következő néhány hónapon belül elkészítik a kezdeti kéziratokat. A G4K protokoll sikeres kezdeti végrehajtásának köszönhetően a tumor- és csíravonal-minták klinikai genomiális szekvenálását a St. Jude-i onkológiai gyermekbetegek standard klinikai ellátásának részeként kínálják.

A G4K protokollt most felülvizsgálták. A felülvizsgálattal a kutatócsoport rögzíteni, tárolni és elemezni fogja a csíravonal és a tumor genomikai információkat. Ezen adatok összegyűjtése révén megvizsgáljuk, hogy a 150 rákra hajlamosító gén csíravonal-mutációi hogyan befolyásolják a klinikai megjelenést, a tumor szövettanát, a tumor genomiális leleteit, a terápiára adott választ és a hosszú távú kimeneteleket. A kutatás átfogó célja a csíravonal-variánsok prevalenciájának, spektrumának és öröklődésének további meghatározása ezekben a génekben, valamint annak megfejtése, hogy a csíravonal-mutációk hogyan befolyásolják a rákra hajlamos szindrómák egyre bővülő skálájának fenotípusait. Ezek a tanulmányok lehetővé teszik számunkra, hogy pontosabb genetikai tanácsadási és kezelési stratégiákat biztosítsunk azoknak a jövőbeli gyerekeknek, akiknek mutációi vannak ezekben a génekben.

Ez továbbra is nem terápiás vizsgálat. A kutatók körülbelül 5000 betegből álló mintát várnak, akiket a következő 7 évben vesznek fel.