Sequenziamento di nuova generazione di tessuti normali in modo prospettico nei pazienti oncologici pediatrici

Lo sviluppo di tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS), tra cui l'intero genoma (WGS), l'esoma (WES) e il sequenziamento dell'RNA, ha rivoluzionato la capacità dei ricercatori di interrogare i meccanismi molecolari alla base della formazione del tumore. Attraverso il Pediatric Cancer Genome Project (PCGP), i ricercatori del St. Jude Children's Research Hospital (SJCRH) hanno utilizzato con successo gli approcci NGS per valutare più di 1.000 tumori pediatrici che vanno dalle neoplasie ematologiche al sistema nervoso centrale (SNC) e ai tumori solidi non del SNC . Da questi e studi correlati, è diventato chiaro che gli approcci genomici possono classificare accuratamente i tumori in distinti sottotipi patologici e prognostici e rilevare alterazioni nei percorsi cellulari che possono servire come nuovi bersagli terapeutici. Collettivamente, questi studi suggeriscono che caratterizzando la composizione genomica dei singoli tumori, i ricercatori saranno in grado di sviluppare trattamenti contro il cancro personalizzati e potenzialmente più efficaci e/o misure preventive.

Questo protocollo è stato inizialmente emanato per introdurre gli approcci NGS nella cura clinica di routine. Durante la fase iniziale del protocollo G4K, 310 partecipanti sono stati reclutati e arruolati nello studio. Il sequenziamento del tumore e/o della linea germinale è stato completato su tutti i 310 pazienti, con 253 rapporti somatici generati (che rappresentano il 96% dei 263 partecipanti per i quali il tessuto tumorale era disponibile e analizzato) e 301 rapporti sulla linea germinale generati (il 100% dei 301 partecipanti che hanno accettato di la ricezione dei risultati della linea germinale). Le analisi dei dati dello studio sono in corso con piani per preparare manoscritti iniziali entro i prossimi mesi. A causa del successo dell'esecuzione iniziale del protocollo G4K, il sequenziamento genomico clinico dei campioni tumorali e della linea germinale è ora offerto come parte dell'assistenza clinica standard per i pazienti oncologici pediatrici al St. Jude.

Il protocollo G4K è stato ora rivisto. Con la revisione, il team di studio registrerà, memorizzerà e analizzerà le informazioni genomiche della linea germinale e del tumore. Attraverso la raccolta di questi dati, esamineremo come le mutazioni germinali in 150 geni di predisposizione al cancro influenzano la presentazione clinica, l'istologia del tumore, i risultati genomici del tumore, la risposta alla terapia e gli esiti a lungo termine. Gli obiettivi generali di questa ricerca sono definire ulteriormente la prevalenza, lo spettro e l'ereditabilità delle varianti germinali in questi geni e decifrare come le mutazioni germinali influenzano i fenotipi di una gamma in espansione di sindromi di predisposizione al cancro. Questi studi ci consentono di fornire consulenza genetica e strategie di gestione più accurate ai futuri bambini che ospitano mutazioni in questi geni.

Questo rimane uno studio non terapeutico. Gli investigatori prevedono una dimensione del campione di circa 5000 pazienti che saranno reclutati nei prossimi 7 anni.