长基因间非编码 RNA 00511 (LINC00511) 中的 SNP 与埃及人群乳腺癌的关联

1. 简介 1.1。 背景：乳腺癌 (BC) 是当今女性最常见的癌症类型之一，估计全世界每年发生 160 万例 BC 病例。 每年约有 50 万名女性死于 BC，使其成为女性癌症死亡的主要原因。 它占女性癌症病例总数的 23% 和癌症死亡人数的 14%。 它占经济发展中国家 BC 病例的 52% 和死亡人数的 62%。 据报道，在埃及，BC 是女性中最常见的癌症 (38.8%)，年龄调整后的 BC 发病率为每 100,000 人 49.6 例 人口。 乳腺癌可根据激素和 HER2 状态分为 Luminal A BC（雌激素受体 (ER) + 、孕激素受体 (PR) +/- 、人表皮生长因子受体 2 (HER2) -) 、Luminal B BC (ER+ 、PR+/-、HER2 +）、HER2 BC（ER-、PR- 和 HER2+）和三阴性 BC (TNBC)（ER-、PR- 和 HER2-）。TNBC 是一种侵袭性癌症，因为其复发且靶向性较少药物。 BC可成为转移性癌症并转移至骨骼、肺和脑等远处器官，这是其无法治愈的原因。 该疾病的早期诊断可以带来良好的预后并提高生存率。 传统的预后因素，如肿瘤大小、肿瘤分级和淋巴结转移状况，是 BC 最重要的预后因素。 然而，预后需要包括遗传信息。 作为一种典型的癌症，乳腺癌的发生是遗传因素和非遗传因素相互作用的结果。

   据报道，长非编码 RNA (lncRNA) 通过调节基因表达和表观遗传特征，在包括 BC 在内的不同类型癌症中发挥着重要作用。 LncRNA 的长度大于 200 个核苷酸。 LncRNA 具有不同的生物学作用，例如调节 RNA 稳定性、转录调节、充当支架、RNA 增强子、miRNA 隔离和指导蛋白质-DNA 相互作用。 LncRNA 在多个层面上参与基因表达调控，包括选择性剪接、蛋白质定位的改变、染色质修饰、转录和转录后加工。 此外，lncRNA 还涉及癌症的几个特征，包括不受控制的增殖、血管生成、逃避细胞死亡和转移。 值得注意的是，lncRNA 的异常表达对 BC 病例的癌症易感性和进展有显着影响。

   长基因间非编码 RNA 00511 (LINC00511) 是一种 2265 bp ncRNA，位于染色体 17q24 上。 此前的研究发现，它在许多癌症中发挥致癌作用，如乳腺癌、非小细胞肺癌、卵巢癌和神经胶质瘤。 在 BC 病例中，LINC00511 具有致癌性，可通过加速 G1/S 转变和抑制细胞凋亡来促进肿瘤生长。 已证明 LINC00511 与 BC 生长和侵袭之间存在关联，其中 LINC00511 与 microRNA-185 (miR-185) 之间的竞争性结合影响 BC 预后和进展。 LINC00511 海绵 miR-185-3p 阻止该 miRNA 与其靶 mRNA 结合，因此存在游离 mRNA，转录因子 E2F1 表达更多，最终促进 BC 增殖和进展。

   已发现 lncRNA 中的单核苷酸多态性 (SNP) 等遗传变异与癌症相关。 它们通过改变剪接过程和 mRNA 构象的稳定性来影响靶基因的功能，从而导致其下游相互作用伙伴的改变。 突变体可以影响lncRNA的表达和二级结构，这可能会影响miRNA结合位点的状态，进而改变miRNA和mRNA之间的相互作用。 lncRNA 中的 SNP 可能会增加或降低患癌症的风险，具体取决于 lncRNA 的功能，因为它可能充当癌基因或抑癌基因，这是一个有待探索的假设。 此外，lncRNA 中的 SNP 可能会增加或降低患癌症的风险，具体取决于这些 SNP 的位置（是否位于非编码区域）。 鉴定与 BC 进展或预防相关的此类基因座（无论是否突变）将是了解 BC 发病机制以及发现癌症诊断、预防和/或治疗新靶点的重要问题。

   1.2 工作目标 提供有关 LINC00511 SNP（rs11657109 或 rs17780195 或 rs9906859、rs4432291 和 rs1558535）在 BC 易感性中的作用的信息。

   1.3 先前的研究结果 Chong 等人。发现 LINC00511 SNP 与中国人群中的 BC 之间存在关联。 我们在埃及人口中研究了相同的关联。

2. 受试者 2.1 伦理声明 伦理批准已获得艾因夏姆斯大学药学院审查委员会研究伦理委员会的批准（REC ID 6，日期：2020 年 11 月 11 日）。 该研究是根据《赫尔辛基指南宣言》进行的。 所有参与者均签署了书面知情同意书。

   2.2功效分析和样本量计算样本量计算使用PS：功效和样本量计算软件，版本3.0.11完成 适用于 MS Windows（William D. Dupont 和 Walton D.，范德比尔特大学，纳什维尔，田纳西州，美国）。 α误差水平固定为0.05，功效设置为80%。 每个 SNP 组的最小最佳样本量应为 85 名参与者。

   2.3 研究参与者将被分为两大组

   • 病例组 n= 267，BC 省女性患者，来自埃及开罗国家癌症研究所 (NCI)。
   • 对照组 n= 150，健康女性志愿者。 临床数据来自医疗记录和原始病理报告。 记录和评估以下数据参数：患者年龄、肿瘤大小（通过乳房 X 线摄影或磁共振技术诊断时的直径（毫米或厘米）定义）、初始肿瘤分期、根据美国放射学会的 BIRAD 分类和淋巴结状态根据美国癌症联合委员会（AJCC）的TNM分类。
3. 方法 3.1 血液采样 从对照和 BC 患者采集血样（5 ml），使用 EDTA 抗凝真空采血管保存在 -20°C 直至进行生化评估。

3.2生化评估在埃及英国大学药学院药理学和生物化学系实验室和艾因夏姆斯大学药学院高级生物化学研究实验室进行。

3.3 DNA 提取 DNA 提取试剂盒（QIAamp DNA 血液迷你试剂盒）（货号： 编号51104；根据制造商的说明，使用 Zymo Research（美国）从 EDTA 抗凝真空采血管收集的全血中提取 DNA。

3.4 DNA定量使用Quawell紫外可见分光光度计Q5000（美国）进行。 3.5 SNP 基因分型 TaqMan® SNP 基因分型测定通过使用 TaqMan Universal Master Mix No UNG（Thermo Fisher Scientific，美国）和 StepOnePlus™ qPCR 系统（App撒谎了生物系统公司，美国）。

3.6 统计分析 使用社会科学统计软件包（SPSS）v.23.0 软件和 SHEsis 软件进行所有统计分析。 学生t检验和χ 2 检验分别用于比较病例组和对照组之间的定量和定性变量。 应用逻辑回归来找出 LINC00511 SNP 与 BC 易感性之间的关联。 采用分层分析进一步研究 LINC00511 SNP 与 BC 易感性之间的关系。 为了了解 BC 敏感性和 LINC00511 SNP 之间关系的更多信息，使用了分层分析。 使用SHEsis软件进行单倍型分析，以测试所研究的SNP的综合效应。

P 值小于或等于 0.05 的分析被认为具有统计显着性。