エジプト人集団における長い遺伝子間非コードRNA 00511 (LINC00511) のSNPと乳がんとの関連

1. はじめに 1.1. 背景: 乳がん (BC) は、世界中で毎年 160 万人の BC 症例が発生していると推定されており、今日の女性に最も一般的ながんの種類の 1 つです。 年間約 500,000 人の女性が BC により死亡しており、BC は女性の癌による死亡の主な原因となっています。 これは女性のがん症例全体の23％、がんによる死亡の14％を占めています。 経済発展途上国におけるBC感染者の52%、死亡者の62%を占めています。 エジプトでは、BC は女性で最も頻繁に発生するがんであると報告され (38.8%)、BC の年齢調整率は 100,000 人あたり 49.6 です。 人口。 乳がんは、ホルモンと HER2 状態に基づいて Luminal A BC (エストロゲン受容体 (ER) + 、プロゲステロン受容体 (PR) +/- 、ヒト上皮成長因子受容体 2 (HER2) -) 、Luminal B BC (ER+) に分類できます。 、PR+/-、HER2 +)、HER2 BC (ER-、PR-、および HER2+)、およびトリプルネガティブ BC (TNBC) (ER-、PR-、および HER2-)。TNBC は、再発し、標的となるがんが少ないため、進行性のがんです。薬。 BC は転移性がんとなり、骨、肺、脳などの離れた臓器に転移する可能性があり、これが不治の原因となります。 病気の早期診断は良好な予後をもたらし、生存率を高めます。 腫瘍サイズ、腫瘍グレード、リンパ節転移状態などの従来の予後因子は、BC の最も重要な予後因子です。 ただし、予後には遺伝情報も含める必要があります。 典型的な癌として、BC は遺伝的要因と非遺伝的要因の相互作用により発生します。

   長いノンコーディング RNA (lncRNA) は、遺伝子発現とエピジェネティック シグネチャの制御を通じて、BC を含むさまざまな種類のがんにおいて重要な役割を果たしていることが報告されています。 LncRNA は 200 ヌクレオチドを超える長さです。 LncRNA は、RNA の安定性の調節、転写の調節、足場としての機能、RNA エンハンサー、miRNA の隔離、タンパク質と DNA の相互作用の誘導など、さまざまな生物学的作用を受けます。 LncRNA は、選択的スプライシング、タンパク質局在の変化、クロマチン修飾、転写、転写後プロセシングなど、さまざまなレベルで遺伝子発現制御に関与しています。 さらに、lncRNA は、制御されない増殖、血管新生、細胞死の回避、転移など、がんのいくつかの特徴に関与しています。 lncRNA の異常な発現が BC 症例における癌の感受性と進行に大きく寄与していることは注目に値します。

   長い遺伝子間非コード RNA 00511 (LINC00511) は 2265 bp の ncRNA であり、染色体 17q24 上に位置します。 これまでの研究では、BC、非小細胞肺がん、卵巣がん、神経膠腫などの多くのがんにおいて発がん機能を発揮することがわかっています。 BC の場合、LINC00511 は発がん性があるため、G1/S 移行を加速し、アポトーシスを阻害することで腫瘍の増殖を促進します。 LINC00511とBCの増殖および浸潤の間には関連性があり、LINC00511とmicroRNA-185（miR-185）の間の競合結合がBCの予後および進行に影響を与えることが実証されている。 LINC00511 は miR-185-3p をスポンジ化して、この miRNA が標的 mRNA に結合するのを防ぎます。そのため遊離の mRNA が存在し、転写因子 E2F1 の発現が増加し、最終的に BC の増殖と進行を促進します。

   lncRNA の一塩基多型 (SNP) などの遺伝子変異は、がんと関連していることがわかっています。 それらは、スプライシングのプロセスと mRNA 立体構造の安定性の変化を通じて標的遺伝子の機能に影響を与え、下流の相互作用パートナーの修飾につながります。 変異体は lncRNA の発現と二次構造に影響を与える可能性があり、それが miRNA の結合部位の状態に影響を及ぼし、さらに miRNA と mRNA 間の相互作用を変化させる可能性があります。 lncRNA 内の SNP は、lncRNA が癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子として機能する可能性があるため、lncRNA の機能に応じて癌のリスクを増加または減少させる可能性があり、この仮説は検討されています。 さらに、lncRNA 内の SNP は、非コード領域にあるかどうか、これらの SNP の位置に応じてがんのリスクを増加または減少させる可能性があります。 BC の進行や予防に関与するそのような遺伝子座を、変異かどうかにかかわらず同定することは、BC の病因を理解するため、また、がんの診断、予防、および/または治療の新しい標的を発見するために重要な問題となるでしょう。

   1.2 研究の目的 BC 感受性における LINC00511 SNP (rs11657109 または rs17780195 または rs9906859、rs4432291 および rs1558535) の役割に関する情報を提供する。

   1.3 以前の研究結果 Chong et al.中国人集団におけるLINC00511 SNPとBCとの間に関連性があることを発見した。 私たちはエジプト人集団を対象に、同じ関連性を研究しました。

2. 被験者 2.1 倫理声明 倫理的承認は、アインシャムス大学薬学部の審査委員会研究倫理委員会の承認 (REC ID 6、日付: 2020 年 11 月 11 日) から得られました。 この研究はヘルシンキ宣言ガイドラインに従って実施されました。 すべての参加者から書面によるインフォームドコンセントが得られました。

   2.2 検出力分析とサンプル サイズの計算 サンプル サイズの計算は、PS: 検出力およびサンプル サイズの計算ソフトウェア、バージョン 3.0.11 を使用して行われました。 MS Windows 用 (米国テネシー州ナッシュビルのヴァンダービルト大学、William D. Dupont および Walton D.)。 αエラーレベルは0.05に固定され、パワーは80%に設定されました。 最小の最適サンプルサイズは、各 SNP グループの参加者 85 人である必要があります。

   2.3 研究参加者は主に 2 つのグループに分類されます

   • 症例グループ n= 267、エジプト、カイロの国立がん研究所 (NCI) のBC州女性患者。
   • 対照群 n= 150、健康な女性ボランティア。 臨床データは医療記録と元の病理学報告書から取得されました。 以下のデータパラメーターが記録され、評価されました: 患者の年齢、腫瘍サイズ (診断上のマンモグラフィーまたは磁気共鳴技術の直径 (mm または cm) によって定義される)、腫瘍の初期段階、米国放射線学会による BIRAD 分類、および結節の状態米国癌合同委員会 (AJCC) の TNM 分類による。
3. 方法 3.1 血液サンプリング 血液サンプル (5 ml) を対照および BC 患者から EDTA 抗凝固剤バキュテナー上で収集し、生化学的評価まで -20℃ で保存しました。

3.2 生化学的評価は、エジプトの英国大学薬学部の薬理学および生化学部門の研究室、およびアインシャムス大学薬学部の高度生化学研究室で実施されました。

3.3 DNA 抽出 DNA 抽出キット (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Cat. 第51104号; Zymo Research, USA) を使用して、製造元の指示に従って、EDTA 抗凝固剤バキュテナーで収集した全血から DNA を抽出しました。

3.4 DNA 定量 これは、Quawell UV-Vis 分光光度計 Q5000 (米国) を使用して行われました。 3.5 SNP ジェノタイピング TaqMan® SNP ジェノタイピング アッセイを使用して、TaqMan Universal Master Mix No UNG (Thermo Fisher Scientific、米国) および StepOne を使用して、LINC00511 多型 (rs11657109 または rs17780195 または rs9906859 または rs4432291 および rs1558535) のジェノタイピングを実行しました。 Plus™ qPCR システム (応用バイオシステムズ社、米国）。

3.6 統計分析 Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 ソフトウェアおよび SHEsis ソフトウェアを使用して、すべての統計分析を実行しました。 スチューデントの t 検定と χ 2 検定を使用して、症例群と対照群間の量的変数と質的変数をそれぞれ比較しました。 ロジスティック回帰を適用して、LINC00511 SNP と BC 感受性の間の関連性を調べました。 層別分析を適用して、LINC00511 SNP と BC 感受性の関係をさらに調査しました。 BC 感受性と LINC00511 SNP の関係をさらに調べるために、層別分析が使用されました。 SHEsis ソフトウェアを使用してハプロタイプ分析を行い、研究された SNP の複合効果をテストしました。

P 値が 0.05 以下の分析は、統計的に有意であるとみなされます。