Association de SNP dans l'ARN intergénique non codant long 00511 (LINC00511) avec le cancer du sein parmi la population égyptienne

1. Introduction 1.1. Contexte : Le cancer du sein (BC) est aujourd'hui l'un des types de cancer les plus courants chez les femmes, car on estime que 1,6 million de cas de cancer du sein surviennent dans le monde chaque année. Environ 500 000 femmes meurent chaque année à cause de la Colombie-Britannique, ce qui en fait l'une des principales causes de mortalité par cancer chez les femmes. Cela représente 23 % du total des cas de cancer et 14 % des décès par cancer chez les femmes. Cela représente 52 % des cas en Colombie-Britannique et 62 % des décès dans les pays économiquement en développement. En Égypte, la Colombie-Britannique serait le cancer le plus fréquent chez les femmes (38,8 %) et le taux de Colombie-Britannique ajusté selon l'âge est de 49,6 pour 100 000. population. Le cancer du sein peut être classé en fonction des hormones et du statut HER2 en Luminal A BC (récepteur d'œstrogène (ER) +, récepteur de progestérone (PR) +/-, récepteur 2 du facteur de croissance épidermique humain (HER2) -), Luminal B BC (ER + , PR+/-, HER2+), HER2 BC (ER-, PR- et HER2+) et Triple négatif BC (TNBC) (ER-, PR- et HER2-).Le TNBC est un cancer agressif de par sa récidive et moins ciblé médicaments. La Colombie-Britannique peut devenir un cancer métastatique et se transférer vers des organes distants tels que les os, les poumons et le cerveau, ce qui est la cause de son incurabilité. Un diagnostic précoce de la maladie conduit à un bon pronostic et à une augmentation du taux de survie. Les facteurs pronostiques traditionnels, tels que la taille de la tumeur, le grade de la tumeur et l'état des métastases ganglionnaires, sont les facteurs pronostiques les plus importants pour la Colombie-Britannique. Cependant, l’inclusion des informations génétiques est nécessaire dans le pronostic. En tant que cancer typique, la Colombie-Britannique survient en raison de l'interaction de facteurs génétiques et non génétiques.

   Il a été rapporté que les longs ARN non codants (lncRNA) jouent un rôle important dans différents types de cancer, y compris la Colombie-Britannique, grâce à la régulation de l'expression des gènes et des signatures épigénétiques. Les ARNlnc ont une longueur supérieure à 200 nucléotides. Les LncRNA subissent différentes actions biologiques, telles que la régulation de la stabilité de l’ARN, la régulation transcriptionnelle, le rôle d’échafaudage, l’amplificateur d’ARN, la séquestration des miARN et le guidage de l’interaction protéine-ADN. Les LncRNA sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes à de nombreux niveaux, notamment l'épissage alternatif et la modification de la localisation des protéines, la modification de la chromatine, la transcription et le traitement post-transcriptionnel. De plus, les ARNnc sont impliqués dans plusieurs caractéristiques du cancer, notamment la prolifération incontrôlée, l’angiogenèse, l’évasion de la mort cellulaire et les métastases. Il convient de noter que l’expression anormale des ARNnc contribue de manière significative à la susceptibilité et à la progression du cancer dans les cas de Colombie-Britannique.

   L'ARN intergénique non codant long 00511 (LINC00511) est un ARNnc de 2 265 pb et est situé sur le chromosome 17q24. Des études antérieures ont montré qu'il exerce une fonction oncogène dans de nombreux cancers, tels que le cancer du poumon non à petites cellules, le cancer de l'ovaire et le gliome. Dans les cas de Colombie-Britannique, étant oncogène, LINC00511 favorise la croissance tumorale en accélérant la transition G1/S et en inhibant l'apoptose. Il a été démontré qu'il existe une association entre LINC00511 et la croissance et l'invasion de la Colombie-Britannique, où la liaison compétitive entre LINC00511 et le microARN-185 (miR-185) affecte le pronostic et la progression de la Colombie-Britannique. LINC00511 éponge miR-185-3p empêchant ce miARN de se lier à son ARNm cible. Par conséquent, l'ARNm libre est là, avec plus d'expression du facteur de transcription E2F1, qui favorise finalement la prolifération et la progression de la Colombie-Britannique.

   Des variations génétiques telles que les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) dans les ARNnc se sont avérées associées au cancer. Ils affectent la fonction des gènes cibles, à travers l’altération du processus d’épissage et de la stabilité de la conformation de l’ARNm, conduisant à la modification de leurs partenaires d’interaction en aval. Les variantes mutantes peuvent affecter l'expression et la structure secondaire des lncARN, ce qui peut affecter le statut du ou des sites de liaison des miARN et modifier en outre l'interaction entre les miARN et les ARNm. Les SNP dans les ARNnc peuvent augmenter ou réduire le risque de cancer, en fonction de la fonction de l’ARNnc, car il peut agir comme un oncogène ou un gène suppresseur de tumeur, une hypothèse à explorer. De plus, les SNP dans les ARNnc peuvent augmenter ou réduire le risque de cancer, selon l'emplacement de ces SNP, qu'ils se trouvent ou non dans une zone non codante. L'identification de tels locus, qu'ils soient mutants ou non, impliqués dans la progression ou la prévention de la Colombie-Britannique, sera un enjeu important pour comprendre la pathogenèse de la Colombie-Britannique ainsi que pour découvrir de nouvelles cibles pour le diagnostic, la prévention et/ou le traitement du cancer.

   1.2 Objectif du travail Fournir des informations sur le rôle des SNP LINC00511 (rs11657109 ou rs17780195 ou rs9906859, rs4432291 et rs1558535) dans la susceptibilité au BC.

   1.3 Résultats des études antérieures Chong et al. ont découvert qu'il existait une association entre les SNP LINC00511 et la Colombie-Britannique dans la population chinoise. nous avons étudié les mêmes associations mais dans notre population égyptienne.

2. Sujets 2.1 Déclaration d'éthique Une approbation éthique a été obtenue de l'Université Ain Shams, comité d'examen de la Faculté de pharmacie Approbation du comité d'éthique de la recherche (REC ID 6, date : 11 novembre 2020). L'étude a été menée conformément aux directives de la Déclaration d'Helsinki. Un consentement éclairé écrit a été obtenu de tous les participants.

   2.2 Analyse de puissance et calculs de la taille de l'échantillon Le calcul de la taille de l'échantillon a été effectué à l'aide du logiciel PS : Logiciel de calcul de la puissance et de la taille de l'échantillon, version 3.0.11. pour MS Windows (William D. Dupont et Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, États-Unis). Le niveau d'erreur α a été fixé à 0,05, la puissance à 80 %. La taille minimale optimale de l'échantillon doit être de 85 participants pour chaque groupe SNP.

   2.3 Les participants à l'étude seront classés en deux groupes principaux

   • Groupe de cas n = 267, patientes de Colombie-Britannique du National Cancer Institute (NCI), Le Caire, Égypte.
   • Groupe témoin n = 150, femmes volontaires en bonne santé. Les données cliniques ont été obtenues à partir des dossiers médicaux et des rapports de pathologie originaux. Les paramètres de données suivants ont été enregistrés et évalués : âge de la patiente, taille de la tumeur (définie par mammographie ou techniques de résonance magnétique, diamètre (mm ou cm) au moment du diagnostic), stade initial de la tumeur, classification BIRAD selon l'American College of Radiology et statut ganglionnaire. selon la classification TNM de l'American Joint Committee on Cancer (AJCC).
3. Méthodes 3.1 Prélèvement de sang Des échantillons de sang (5 ml) ont été prélevés chez des témoins et des patients en Colombie-Britannique, sur des vacutainers anticoagulants EDTA et conservés à -20 ° C jusqu'à l'évaluation biochimique.

3.2 L'évaluation biochimique a été réalisée dans le laboratoire du département de pharmacologie et de biochimie de la faculté de pharmacie de l'université britannique en Égypte et dans le laboratoire de recherche avancée en biochimie de la faculté de pharmacie de l'université d'Ain Shams.

3.3 Extraction d'ADN Un kit d'extraction d'ADN (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Cat. n° 51104 ; Zymo Research, USA) a été utilisé pour extraire l'ADN du sang total collecté sur des vacutainers anticoagulants EDTA, conformément aux instructions du fabricant.

3.4 Quantification de l'ADN Elle a été réalisée à l'aide d'un spectrophotomètre Quawell UV-Vis Q5000 (USA). 3.5 Génotypage des SNP Le test de génotypage TaqMan® SNP a été utilisé pour effectuer le génotypage des polymorphismes LINC00511 (rs11657109 ou rs17780195 ou rs9906859 ou rs4432291 et rs1558535) en utilisant le TaqMan Universal Master Mix No UNG (Thermo Fisher Scientific, USA) et le StepOnePlus™ qPCR système (appliqué Biosystèmes, États-Unis).

3.6 Analyse statistique Le logiciel Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 et le logiciel SHEsis ont été utilisés pour effectuer toutes les analyses statistiques. Le test t de Student et le test χ 2 ont été utilisés pour comparer les variables quantitatives et qualitatives entre les cas et les groupes témoins, respectivement. La régression logistique a été appliquée pour découvrir l'association entre les SNP LINC00511 et la susceptibilité à la Colombie-Britannique. Une analyse stratifiée a été appliquée pour étudier plus en détail la relation entre les SNP LINC00511 et la susceptibilité à la Colombie-Britannique. Pour en savoir plus sur la relation entre la susceptibilité de BC et les SNP LINC00511, une analyse stratifiée a été utilisée. Le logiciel SHEsis a été utilisé pour effectuer l'analyse des haplotypes afin de tester l'effet combiné des SNP étudiés.

Les analyses avec une valeur P inférieure ou égale à 0,05 ont été considérées comme statistiquement significatives.