Asociace SNP v dlouhé intergenické nekódující RNA 00511 (LINC00511) s rakovinou prsu u egyptské populace

1. Úvod 1.1. Pozadí: Karcinom prsu (BC) je v současnosti jedním z nejběžnějších typů rakoviny u žen, protože se odhaduje, že na celém světě se ročně objeví 1,6 milionu případů BC. Kvůli BC ročně umírá přibližně 500 000 žen, což z ní činí hlavní příčinu úmrtnosti na rakovinu u žen. Představuje 23 % z celkového počtu případů rakoviny a 14 % úmrtí na rakovinu u žen. Představuje 52 % případů BC a 62 % úmrtí v ekonomicky rozvojových zemích. V Egyptě se BC uvádí jako nejčastější rakovina u žen (38,8 %) a míra BC upravená podle věku je 49,6 na 100 000 populace. Karcinom prsu lze klasifikovat na základě hormonů a stavu HER2 na Luminální A BC (Estrogenový receptor (ER) + , Progesteronový receptor (PR) +/- , Receptor lidského epidermálního růstového faktoru 2 (HER2) -) , Luminální B BC (ER+ , PR+/-, HER2 +), HER2 BC (ER-, PR- a HER2+) a Triple negativní BC (TNBC) (ER-, PR- a HER2-). TNBC je agresivní rakovina kvůli své recidivě a méně cílená léky. BC se může stát metastatickým nádorem a přenést se do vzdálených orgánů, jako jsou kosti, plíce a mozek, což je příčinou jeho nevyléčitelnosti. Včasná diagnostika onemocnění vede k dobré prognóze a zvýšení míry přežití. Tradiční prognostické faktory, jako je velikost tumoru, grade tumoru a stav metastáz v lymfatických uzlinách, jsou nejdůležitějšími prognostickými faktory pro BC. Pro prognózu je však potřeba zahrnout genetickou informaci. Jako typická rakovina se BC vyskytuje v důsledku interakce genetických a negenetických faktorů.

   Bylo hlášeno, že dlouhé nekódující RNA (lncRNA) hrají důležitou roli u různých typů rakoviny, včetně BC, prostřednictvím regulace genové exprese a epigenetických signatur. LncRNA jsou delší než 200 nukleotidů. LncRNA podléhají různým biologickým účinkům, jako je regulace stability RNA, regulace transkripce, působení jako skafold, zesilovač RNA, sekvestrace miRNA a vedení interakce protein-DNA. LncRNA se podílejí na regulaci genové exprese na mnoha úrovních, včetně alternativního sestřihu a změny lokalizace proteinu, modifikace chromatinu, transkripce a post-transkripčního zpracování. Kromě toho se lncRNA účastní několika charakteristických znaků rakoviny, včetně nekontrolované proliferace, angiogeneze, vyhýbání se buněčné smrti a metastáz. Je pozoruhodné zmínit, že abnormální exprese lncRNA významně přispívá k náchylnosti a progresi rakoviny v případech BC.

   Dlouhá intergenová nekódující RNA 00511 (LINC00511) je 2265 bp ncRNA a nachází se na chromozomu 17q24. Předchozí studie zjistily, že má onkogenní funkci u mnoha druhů rakoviny, jako je BC, nemalobuněčný karcinom plic, rakovina vaječníků a gliom. V případech BC, protože je onkogenní, LINC00511 podporuje růst nádoru urychlením přechodu G1/S a inhibicí apoptózy. Bylo prokázáno, že existuje souvislost mezi LINC00511 a růstem a invazí BC, kde kompetitivní vazba mezi LINC00511 a mikroRNA-185 (miR-185) ovlivňuje prognózu a progresi BC. LINC00511 houbičky miR-185-3p brání této miRNA ve vazbě na její cílovou mRNA, a proto je zde volná mRNA s větší expresí transkripčního faktoru E2F1, který nakonec podporuje proliferaci a progresi BC.

   Bylo zjištěno, že genetické variace, jako jsou jednonukleotidové polymorfismy (SNP) v lncRNA, jsou spojeny s rakovinou. Ovlivňují funkci cílových genů prostřednictvím změny procesu sestřihu a stability konformace mRNA, což vede k modifikaci jejich následných interagujících partnerů. Mutantní varianty mohou ovlivnit expresi a sekundární strukturu lncRNA, což může ovlivnit stav vazebného místa (míst) pro miRNA a navíc změnit interakci mezi miRNA a mRNA. SNP v lncRNA mohou zvyšovat nebo snižovat riziko rakoviny v závislosti na funkci lncRNA, protože může působit jako onkogen nebo tumor supresorový gen, hypotéza, kterou je třeba prozkoumat. Kromě toho mohou SNP v lncRNA zvýšit nebo snížit riziko rakoviny v závislosti na umístění těchto SNP, pokud jsou v nekódující oblasti nebo ne. Identifikace takových lokusů, ať už mutantních nebo ne, zapojených do progrese nebo prevence BC, bude důležitým problémem pro pochopení patogeneze BC a také pro objevování nových cílů pro diagnostiku, prevenci a/nebo léčbu rakoviny.

   1.2 Cíl práce Poskytnout informace o roli LINC00511 SNP (rs11657109 nebo rs17780195 nebo rs9906859, rs4432291 a rs1558535) v citlivosti BC.

   1.3 Výsledky předchozích studií Chong et al. zjistili, že v čínské populaci existuje souvislost mezi LINC00511 SNP a BC. studovali jsme stejné asociace, ale v naší egyptské populaci.

2. Subjekty 2.1 Etické prohlášení Etický souhlas byl získán od Ain Shams University, Farmaceutické fakulty, souhlas Etické komise pro výzkum (REC ID 6, datum: 11. listopadu 2020). Studie byla provedena v souladu s Helsinskou deklarací směrnic. Od všech účastníků byl odebrán písemný informovaný souhlas.

   2.2 Analýza výkonu a výpočty velikosti vzorku Výpočet velikosti vzorku byl proveden pomocí softwaru PS: Power and Sample Size Calculations, verze 3.0.11 pro MS Windows (William D. Dupont a Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, USA). Úroveň α-chyby byla pevně stanovena na 0,05, výkon byl nastaven na 80 %. Minimální optimální velikost vzorku by měla být 85 účastníků pro každou skupinu SNP.

   2.3 Účastníci studie Budou rozděleni do dvou hlavních skupin

   • Skupina případů n= 267, pacientky před naším letopočtem z Národního institutu pro rakovinu (NCI), Káhira, Egypt.
   • Kontrolní skupina n= 150, zdravé dobrovolnice. Klinická data byla získána z lékařských záznamů a původních patologických zpráv. Byly zaznamenány a hodnoceny následující parametry dat: věk pacientky, velikost tumoru (definovaná mamografií nebo technikou magnetické rezonance průměr (mm nebo cm) při diagnóze), počáteční stadium tumoru, klasifikace BIRADs podle American College of Radiology a stav uzlin podle TNM klasifikace American Joint Committee on Cancer (AJCC).
3. Metody 3.1 Odběr krve Vzorky krve (5 ml) byly odebrány kontrolám a pacientům s BC na EDTA antikoagulačních vakuových nádobách a skladovány při -20 °C až do biochemického hodnocení.

3.2 Biochemické hodnocení bylo provedeno v laboratoři katedry farmakologie a biochemie na Farmaceutické fakultě Britské univerzity v Egyptě a v laboratoři pokročilého biochemického výzkumu na farmaceutické fakultě Univerzity Ain Shams.

3.3 Extrakce DNA Sada pro extrakci DNA (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (kat. č. 51104; Zymo Research, USA) byl použit k extrakci DNA z plné krve odebrané na EDTA antikoagulačních vakuových nádobách podle pokynů výrobce.

3.4 Kvantifikace DNA Byla provedena pomocí Quawell UV-Vis spektrofotometru Q5000 (USA). 3.5 Genotypování SNP Genotypizační test TaqMan® SNP byl použit k provedení genotypizace pro polymorfismy LINC00511 (rs11657109 nebo rs17780195 nebo rs9906859 nebo rs4432291 a rs1558535) pomocí (RS1558535) Universal Master, Scient Fisher, TaqO Universal, TaqO Universal. lus™ qPCR systém (Použito Biosystems, USA).

3.6 Statistická analýza K provedení všech statistických analýz byl použit software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 a software SHEsis. Studentův t-test a χ 2 test byly použity k porovnání kvantitativních a kvalitativních proměnných mezi případy a kontrolními skupinami. Logistická regrese byla použita ke zjištění asociace mezi LINC00511 SNP a susceptibilitou BC. K dalšímu zkoumání vztahu mezi LINC00511 SNP a citlivostí BC byla použita stratifikovaná analýza. Pro zjištění více o vztahu mezi BC susceptibilitou a LINC00511 SNP byla použita stratifikovaná analýza. Software SHEsis byl použit k provedení haplotypové analýzy pro testování kombinovaného účinku studovaných SNP.

Analýzy s hodnotou P menší nebo rovnou 0,05 byly považovány za statisticky významné.