Pitkän intergeenisen ei-koodaavan RNA:n 00511 (LINC00511) SNP:iden yhdistyminen rintasyövän kanssa Egyptin väestön keskuudessa

1. Johdanto 1.1. Taustaa: Rintasyöpä (BC) on yksi yleisimmistä syöpätyypeistä naisilla nykyään, sillä arvioidaan, että 1,6 miljoonaa eKr. tapausta esiintyy ympäri maailmaa vuosittain. Vuosittain noin 500 000 naista kuoli BC:n takia, mikä tekee siitä johtavan naisten syöpäkuolleisuuden syyn. Se edustaa 23 prosenttia kaikista syöpätapauksista ja 14 prosenttia naisten syöpäkuolemista. Se edustaa 52 prosenttia eKr-tapauksista ja 62 prosenttia kuolemantapauksista taloudellisesti kehittyvissä maissa. Egyptissä BC:n on raportoitu olevan yleisin syöpä naisilla (38,8 %), ja iästä mukautettu eKr:n määrä on 49,6 per 100 000 väestö. Rintasyöpä voidaan luokitella hormonien ja HER2-tilan perusteella luokkaan Luminal A BC (estrogeenireseptori (ER) +, progesteronireseptori (PR) +/-, ihmisen epidermaalinen kasvutekijäreseptori 2 (HER2) -) , luminaalinen B BC (ER+) , PR+/-, HER2 +), HER2 BC (ER-, PR- ja HER2+) ja kolminkertaisesti negatiivinen BC (TNBC) (ER-, PR- ja HER2-). TNBC on aggressiivinen syöpä uusiutumisensa ja harvemmin kohdistettujen lääkkeet. BC voi muuttua etäpesäkkeeksi ja siirtyä kaukaisiin elimiin, kuten luihin, keuhkoihin ja aivoihin, mikä on syy sen parantumattomuuteen. Taudin varhainen diagnosointi johtaa hyvään ennusteeseen ja lisää eloonjäämisastetta. Perinteiset prognostiset tekijät, kuten kasvaimen koko, kasvaimen aste ja imusolmukkeiden etäpesäkkeiden tila, ovat tärkeimmät prognostiset tekijät BC:lle. Ennusteissa tarvitaan kuitenkin geneettisen tiedon sisällyttämistä. Tyypillisenä syövänä BC esiintyy geneettisten ja ei-geneettisten tekijöiden vuorovaikutuksen vuoksi.

   On raportoitu, että pitkillä ei-koodaavilla RNA:illa (lncRNA:illa) on tärkeä rooli eri syöpätyypeissä, mukaan lukien BC, säätelemällä geeniekspressiota ja epigeneettisiä allekirjoituksia. LncRNA:t ovat pituudeltaan yli 200 nukleotidia. LncRNA:t käyvät läpi erilaisia ​​biologisia vaikutuksia, kuten säätelevät RNA:n stabiilisuutta, transkription säätelyä, toimivat tukikehyksenä, RNA:n tehostajana, miRNA:n sekvestraatiossa ja ohjaavat proteiini-DNA-vuorovaikutusta. LncRNA:t ovat osallisena geeniekspression säätelyssä monilla tasoilla, mukaan lukien vaihtoehtoinen silmukointi ja proteiinin lokalisoinnin muuttaminen, kromatiinin modifikaatio, transkriptio ja transkription jälkeinen prosessointi. Lisäksi lncRNA:t osallistuvat useisiin syövän tunnusmerkkeihin, mukaan lukien hallitsematon lisääntyminen, angiogeneesi, solukuoleman välttäminen ja etäpesäkkeiden muodostuminen. On huomionarvoista mainita, että lncRNA:iden epänormaali ilmentyminen edistää merkittävästi syöpäalttiutta ja etenemistä BC-tapauksissa.

   Pitkä intergeeninen ei-koodaava RNA 00511 (LINC00511) on 2265 bp ncRNA ja sijaitsee kromosomissa 17q24. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että sillä on onkogeeninen vaikutus monissa syövissä, kuten BC, ei-pienisoluinen keuhkosyöpä, munasarjasyöpä ja gliooma. BC-tapauksissa, koska LINC00511 on onkogeeninen, se edistää kasvaimen kasvua nopeuttamalla G1/S-siirtymää ja estämällä apoptoosia. On osoitettu, että LINC00511:n ja BC-kasvun ja invaasion välillä on yhteys, jolloin LINC00511:n ja mikroRNA-185:n (miR-185) välinen kilpaileva sitoutuminen vaikuttaa BC-ennusteeseen ja etenemiseen. LINC00511 sienet miR-185-3p estävät tätä miRNA:ta sitoutumasta kohde-mRNA:hansa, joten siellä on vapaata mRNA:ta, jossa on enemmän transkriptiotekijän E2F1 ekspressiota, mikä lopulta edistää BC:n lisääntymistä ja etenemistä.

   Geneettisten variaatioiden, kuten yhden nukleotidin polymorfismien (SNP:t) lncRNA:issa, on havaittu liittyvän syöpään. Ne vaikuttavat kohdegeenien toimintaan muuttamalla silmukointiprosessia ja mRNA-konformaation stabiilisuutta, mikä johtaa niiden alavirran vuorovaikutuksessa olevien kumppaneiden modifioitumiseen. Mutanttivariantit voivat vaikuttaa lncRNA:iden ilmentymiseen ja sekundaarirakenteeseen, mikä voi vaikuttaa miRNA:iden sitoutumiskohdan (sitoutumiskohtien) tilaan, mikä lisäksi muuttaa miRNA:iden ja mRNA:iden välistä vuorovaikutusta. LncRNA:iden SNP:t voivat lisätä tai vähentää syöpäriskiä lncRNA:n toiminnasta riippuen, koska se voi toimia onkogeeninä tai kasvaimen suppressorigeeninä, mikä on tutkittava hypoteesi. Lisäksi lncRNA:iden SNP:t voivat lisätä tai vähentää syöpäriskiä näiden SNP:iden sijainnista riippuen, ovatko ne koodaamattomalla alueella vai eivät. Tällaisten BC:n etenemiseen tai ehkäisyyn osallistuvien lokusten tunnistaminen, olivatpa ne mutantteja tai ei, on tärkeä kysymys BC-patogeneesin ymmärtämisessä sekä uusien kohteiden löytämisessä syövän diagnosoinnissa, ehkäisyssä ja/tai hoidossa.

   1.2 Työn tarkoitus Tietojen antaminen LINC00511 SNP:iden (rs11657109 tai rs17780195 tai rs9906859, rs4432291 ja rs1558535) roolista BC-herkkyydessä.

   1.3 Aiempien tutkimusten havainnot Chong et al. havaitsi, että LINC00511 SNP:n ja BC:n välillä oli yhteys Kiinan väestössä. tutkimme samoja yhdistyksiä, mutta Egyptin väestössämme.

2. Aiheet 2.1 Eettinen lausunto Eettinen hyväksyntä saatiin Ain Shams University, Farmasian tiedekunnan tarkastuslautakunnan Research Ethical Committeen hyväksynnästä (REC ID 6, päivämäärä: 11.11.2020). Tutkimus tehtiin Helsinki-ohjeiston mukaisesti. Kaikilta osallistujilta otettiin kirjallinen tietoinen suostumus.

   2.2 Tehoanalyysi ja näytekokolaskelmat Otoskoon laskeminen tehtiin PS: Power and Sample Size Calculations -ohjelmistolla, versio 3.0.11 MS Windowsille (William D. Dupont ja Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, USA). α-virhetasoksi vahvistettiin 0,05, tehoksi 80 %. Optimaalisen otoksen vähimmäiskoon tulisi olla 85 osallistujaa jokaista SNP-ryhmää kohden.

   2.3 Tutkimukseen osallistujat luokitellaan kahteen pääryhmään

   • Tapausryhmä n = 267, BC naispotilaita National Cancer Institutesta (NCI), Kairo, Egypti.
   • Kontrolliryhmä n = 150, terveet naispuoliset vapaaehtoiset. Kliiniset tiedot saatiin lääketieteellisistä asiakirjoista ja alkuperäisistä patologiaraporteista. Seuraavat dataparametrit tallennettiin ja arvioitiin: potilaan ikä, kasvaimen koko (määritetty mammografian tai magneettiresonanssitekniikan avulla halkaisija (mm tai cm) diagnoosin yhteydessä), kasvaimen alkuvaihe, BIRAD-luokitus American College of Radiologyn mukaan ja solmujen tila American Joint Committee on Cancerin (AJCC) TNM-luokituksen mukaan.
3. Menetelmät 3.1 Verinäytteenotto Verinäytteet (5 ml) otettiin verrokeista ja BC-potilaista EDTA-antikoagulanttivacutainers -laitteilla ja säilytettiin -20 ºC:ssa biokemialliseen arviointiin asti.

3.2 Biokemiallinen arviointi suoritettiin farmasian tiedekunnan farmakologian ja biokemian laitoksen laboratoriossa, British University in Egyptissä ja Advanced biochemistry -tutkimuslaboratoriossa Ain Shams -yliopiston farmasian tiedekunnassa.

3.3 DNA:n erottaminen DNA-poistopakkaus (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Cat. nro 51104; Zymo Research, USA) käytettiin DNA:n erottamiseen kokoverestä, joka oli kerätty EDTA-antikoagulanttivacutainers -laitteilla valmistajan ohjeiden mukaisesti.

3.4 DNA:n kvantifiointi Se tehtiin käyttämällä Quawell UV-Vis -spektrofotometriä Q5000 (USA). 3,5 SNP:n genotyypitys TaqMan® SNP-genotyypitysmääritystä käytettiin LINC00511-polymorfismien genotyypitykseen (rs11657109 tai rs17780195 tai rs9906859 tai rs4432291 ja rs4432291 ja rs4432291 ja rs15585qMan) kautta MierO, Fishmocient ja rs15585qMan. Plus™ qPCR-järjestelmä (sovellettu Biosystems, USA).

3.6 Tilastollinen analyysi Kaikkien tilastollisten analyysien suorittamiseen käytettiin Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 -ohjelmistoa ja SHEsis-ohjelmistoa. Studentin t-testiä ja χ 2 -testiä käytettiin vertaamaan kvantitatiivisia ja kvalitatiivisia muuttujia tapausten ja kontrolliryhmien välillä. Logistista regressiota käytettiin selvittämään LINC00511 SNP:iden ja BC-herkkyyden välinen yhteys. Ositettua analyysiä käytettiin LINC00511 SNP:iden ja BC-herkkyyden välisen suhteen tutkimiseksi. Jotta saadaan lisätietoja BC-herkkyyden ja LINC00511 SNP:iden välisestä suhteesta, käytettiin kerrostettua analyysiä. SHEsis-ohjelmistoa käytettiin haplotyyppianalyysin tekemiseen tutkittujen SNP:iden yhteisvaikutuksen testaamiseksi.

Analyyseja, joiden P-arvo oli pienempi tai yhtä suuri kuin 0,05, pidettiin tilastollisesti merkittävinä.