Asociación de SNP en ARN no codificante intergénico largo 00511 (LINC00511) con cáncer de mama en la población egipcia

1. Introducción 1.1. Antecedentes: El cáncer de mama (CM) es uno de los tipos de cáncer más comunes en las mujeres en la actualidad, ya que se estima que cada año ocurren 1,6 millones de casos de CM en todo el mundo. Aproximadamente 500.000 mujeres mueren anualmente debido al cáncer de mama, lo que lo convierte en una de las principales causas de mortalidad por cáncer entre las mujeres. Representa el 23% del total de casos de cáncer y el 14% de las muertes por cáncer en mujeres. Representa el 52% de los casos de CM y el 62% de las muertes en los países económicamente en desarrollo. En Egipto, se informa que el cáncer de mama es el cáncer más frecuente en las mujeres (38,8%) y la tasa ajustada por edad de cáncer de mama es de 49,6 por 100.000. población. El cáncer de mama se puede clasificar según las hormonas y el estado de HER2 en Luminal A BC (Receptor de estrógeno (ER) +, Receptor de progesterona (PR) +/-, Receptor 2 del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2) -), Luminal B BC (ER+ , PR+/-, HER2+), HER2 BC (ER-, PR- y HER2+) y BC triple negativo (TNBC) (ER-, PR- y HER2-). El TNBC es un cáncer agresivo debido a su recurrencia y a su menor número de objetivos. medicamentos. El BC puede convertirse en un cáncer metastásico y transferirse a órganos distantes como huesos, pulmón y cerebro, lo que es la causa de su incurabilidad. El diagnóstico precoz de la enfermedad conduce a un buen pronóstico y a un aumento de la tasa de supervivencia. Los factores pronósticos tradicionales, como el tamaño y el grado del tumor y el estado de la metástasis en los ganglios linfáticos, son los factores pronósticos más importantes para el cáncer de mama. Sin embargo, es necesario incluir la información genética en el pronóstico. Como cáncer típico, el BC se produce debido a la interacción de factores genéticos y no genéticos.

   Se ha informado que los ARN largos no codificantes (lncRNA) desempeñan un papel importante en diferentes tipos de cáncer, incluido el cáncer de mama, mediante la regulación de la expresión genética y las firmas epigenéticas. Los LncRNA tienen más de 200 nucleótidos de longitud. Los LncRNA experimentan diferentes acciones biológicas, como regular la estabilidad del ARN, regulación transcripcional, actuar como andamio, potenciador del ARN, secuestro de miARN y guiar la interacción proteína-ADN. Los LncRNA están implicados en la regulación de la expresión genética en muchos niveles, incluido el empalme alternativo y el cambio de localización de proteínas, modificación de la cromatina, transcripción y procesamiento postranscripcional. Además, los lncRNA están involucrados en varias características del cáncer, incluida la proliferación descontrolada, la angiogénesis, la evasión de la muerte celular y la metástasis. Cabe mencionar que la expresión anormal de los lncRNA contribuye significativamente a la susceptibilidad y progresión del cáncer en los casos de BC.

   El ARN intergénico no codificante largo 00511 (LINC00511) es un ARNnc de 2265 pb y está ubicado en el cromosoma 17q24. Estudios anteriores encontraron que ejerce una función oncogénica en muchos cánceres, como el cáncer de mama, el cáncer de pulmón de células no pequeñas, el cáncer de ovario y el glioma. En los casos de BC, al ser oncogénico, LINC00511 promueve el crecimiento tumoral acelerando la transición G1/S e inhibiendo la apoptosis. Se ha demostrado que existe una asociación entre LINC00511 y el crecimiento y la invasión de BC, donde la unión competitiva entre LINC00511 y el microARN-185 (miR-185) afecta el pronóstico y la progresión de BC. LINC00511 esponja miR-185-3p impidiendo que este miARN se una a su ARNm objetivo, por lo tanto, hay ARNm libre, con más expresión del factor de transcripción E2F1, que eventualmente promueve la proliferación y progresión de BC.

   Se ha descubierto que las variaciones genéticas, como los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en los lncRNA, están asociadas con el cáncer. Afectan la función de los genes diana, mediante la alteración del proceso de empalme y la estabilidad de la conformación del ARNm, lo que lleva a la modificación de sus socios que interactúan aguas abajo. Las variantes mutantes pueden afectar la expresión y la estructura secundaria de los lncRNA, lo que puede afectar el estado de los sitios de unión de los miRNA y, además, alterar la interacción entre los miRNA y los mRNA. Los SNP en los lncRNA pueden aumentar o reducir el riesgo de cáncer, dependiendo de la función del lncRNA, ya que puede actuar como oncogén o gen supresor de tumores, una hipótesis por explorar. Además, los SNP en los lncRNA pueden aumentar o reducir el riesgo de cáncer, dependiendo de la ubicación de estos SNP, si se encuentran en un área no codificante o no. La identificación de dichos loci, mutantes o no, implicados en la progresión o prevención de la BC, será una cuestión importante para comprender la patogénesis de la BC, así como para descubrir nuevos objetivos para el diagnóstico, la prevención y/o el tratamiento del cáncer.

   1.2 Objetivo del trabajo Proporcionar información sobre el papel de los SNP LINC00511 (rs11657109 o rs17780195 o rs9906859, rs4432291 y rs1558535) en la susceptibilidad a BC.

   1.3 Hallazgos de estudios anteriores Chong et al. descubrió que existía una asociación entre los SNP LINC00511 y BC en la población china. Estudiamos las mismas asociaciones pero en nuestra población egipcia.

2. Sujetos 2.1 Declaración de ética Se obtuvo una aprobación ética de la Universidad Ain Shams, aprobación del Comité de Ética de Investigación de la junta de revisión de la Facultad de Farmacia (REC ID 6, fecha: 11 de noviembre de 2020). El estudio se realizó de acuerdo con las Directrices de la Declaración de Helsinki. Se tomó un consentimiento informado por escrito de todos los participantes.

   2.2 Análisis de potencia y cálculos del tamaño de la muestra El cálculo del tamaño de la muestra se realizó utilizando el software PS: Power and Sample Size Calculations, versión 3.0.11 para MS Windows (William D. Dupont y Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, EE. UU.). El nivel de error α se fijó en 0,05 y la potencia se fijó en 80%. El tamaño de muestra mínimo óptimo debe ser de 85 participantes para cada grupo de SNP.

   2.3 Los participantes del estudio se clasificarán en dos grupos principales

   • Grupo de casos n = 267, pacientes femeninas de BC del Instituto Nacional del Cáncer (NCI), El Cairo, Egipto.
   • Grupo de controles n= 150, voluntarias sanas. Los datos clínicos se obtuvieron de las historias clínicas y de los informes patológicos originales. Se registraron y evaluaron los siguientes parámetros de datos: edad del paciente, tamaño del tumor (definido por mamografía o técnicas de resonancia magnética, diámetro (mm o cm) en el momento del diagnóstico), estadio inicial del tumor, clasificación BIRAD según el Colegio Americano de Radiología y estado ganglionar. según la clasificación TNM del American Joint Committee on Cancer (AJCC).
3. Métodos 3.1 Muestreo de sangre Se recogieron muestras de sangre (5 ml) de controles y pacientes con BC, en vacutainers con anticoagulante EDTA y se almacenaron a -20ºC hasta la evaluación bioquímica.

3.2 La evaluación bioquímica se realizó en el laboratorio del Departamento de Farmacología y Bioquímica de la Facultad de Farmacia de la Universidad Británica en Egipto y en el laboratorio de investigación de bioquímica avanzada de la Facultad de Farmacia de la Universidad Ain Shams.

3.3 Extracción de ADN Un kit de extracción de ADN (minikit QIAamp DNA Blood) (Cat. nº 51104; Zymo Research, EE. UU.) se utilizó para extraer ADN de sangre total extraída en vacutainers con anticoagulante EDTA, de acuerdo con las instrucciones del fabricante.

3.4 Cuantificación del ADN Se realizó utilizando un espectrofotómetro Quawell UV-Vis Q5000 (EE.UU.). 3.5 Genotipado de SNP El ensayo de genotipado de SNP TaqMan® se utilizó para realizar el genotipado de los polimorfismos LINC00511 (rs11657109 o rs17780195 o rs9906859 o rs4432291 y rs1558535) mediante el uso de TaqMan Universal Master Mix No UNG (Thermo Fisher Scientific, EE. UU.) y StepOnePlus™ qPCR. sistema (aplicado Biosistemas, EE.UU.).

3.6 Análisis estadístico Se utilizaron el software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 y el software SHEsis para realizar todos los análisis estadísticos. Se utilizaron la prueba t de Student y la prueba de χ 2 para comparar variables cuantitativas y cualitativas entre los grupos de casos y control, respectivamente. Se aplicó regresión logística para descubrir la asociación entre los SNP LINC00511 y la susceptibilidad a BC. Se aplicó un análisis estratificado para investigar más a fondo la relación entre los SNP LINC00511 y la susceptibilidad a BC. Para obtener más información sobre la relación entre la susceptibilidad a BC y los SNP LINC00511, se utilizó un análisis estratificado. Se utilizó el software SHEsis para realizar el análisis de haplotipos para probar el efecto combinado de los SNP estudiados.

Los análisis con un valor de p menor o igual a 0,05 se consideraron estadísticamente significativos.