Ассоциация SNP в длинной межгенной некодирующей РНК 00511 (LINC00511) с раком молочной железы среди населения Египта

1. Введение 1.1. Введение: Рак молочной железы (РМЖ) в настоящее время является одним из наиболее распространенных видов рака у женщин, поскольку, по оценкам, ежегодно в мире регистрируется 1,6 миллиона случаев РМЖ. Ежегодно от БК умирает около 500 000 женщин, что делает его основной причиной смертности от рака среди женщин. На него приходится 23% всех случаев рака и 14% случаев смерти от рака у женщин. На него приходится 52% случаев БК и 62% смертей в экономически развивающихся странах. Сообщается, что в Египте РМЖ является наиболее частым раком у женщин (38,8%), а частота РМЖ с поправкой на возраст составляет 49,6 на 100 000 человек. Население. Рак молочной железы можно классифицировать на основе гормонов и статуса HER2 на люминальный A BC (рецептор эстрогена (ER) +, рецептор прогестерона (PR) +/-, рецептор 2 эпидермального фактора роста человека (HER2) -), люминальный B BC (ER+). , PR+/-, HER2 +), HER2 BC (ER-, PR- и HER2+) и тройной отрицательный BC (TNBC) (ER-, PR- и HER2-). TNBC является агрессивным раком из-за его рецидивов и меньшего количества целевых показателей. лекарства. БК может стать метастатическим раком и перейти в отдаленные органы, такие как кости, легкие и мозг, что является причиной его неизлечимости. Ранняя диагностика заболевания приводит к хорошему прогнозу и увеличению выживаемости. Традиционные прогностические факторы, такие как размер опухоли, степень опухоли и статус метастазов в лимфатических узлах, являются наиболее важными прогностическими факторами для РМЖ. Однако включение генетической информации необходимо в прогноз. Как типичный рак, РМЖ возникает из-за взаимодействия генетических и негенетических факторов.

   Сообщалось, что длинные некодирующие РНК (днРНК) играют важную роль при различных типах рака, включая РМЖ, посредством регуляции экспрессии генов и эпигенетических сигнатур. LncRNA имеют длину более 200 нуклеотидов. LncRNAs подвергаются различным биологическим действиям, таким как регулирование стабильности РНК, регуляция транскрипции, действие в качестве каркаса, усилителя РНК, секвестрация микроРНК и управление взаимодействием белок-ДНК. LncRNA участвуют в регуляции экспрессии генов на многих уровнях, включая альтернативный сплайсинг и изменение локализации белка, модификацию хроматина, транскрипцию и посттранскрипционный процессинг. Более того, днРНК участвуют в нескольких признаках рака, включая неконтролируемую пролиферацию, ангиогенез, предотвращение гибели клеток и метастазирование. Следует отметить, что аномальная экспрессия днРНК в значительной степени способствует предрасположенности и прогрессированию рака в случаях РМЖ.

   Длинная межгенная некодирующая РНК 00511 (LINC00511) представляет собой нкРНК длиной 2265 п.о. и расположена на хромосоме 17q24. Предыдущие исследования показали, что он оказывает онкогенную функцию при многих видах рака, таких как РМЖ, немелкоклеточный рак легких, рак яичников и глиома. В случаях РМЖ, будучи онкогенным, LINC00511 способствует росту опухоли за счет ускорения перехода G1/S и ингибирования апоптоза. Было продемонстрировано, что существует связь между LINC00511 и ростом и инвазией РМЖ, при этом конкурентное связывание между LINC00511 и микроРНК-185 (миР-185) влияет на прогноз и прогрессирование РМЖ. LINC00511 губит миР-185-3p, предотвращая связывание этой микроРНК с ее целевой мРНК, следовательно, присутствует свободная мРНК с большей экспрессией транскрипционного фактора E2F1, что в конечном итоге способствует пролиферации и прогрессированию РМЖ.

   Было обнаружено, что генетические вариации, такие как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в lncRNAs, связаны с раком. Они влияют на функцию генов-мишеней посредством изменения процесса сплайсинга и стабильности конформации мРНК, что приводит к модификации их последующих взаимодействующих партнеров. Мутантные варианты могут влиять на экспрессию и вторичную структуру днРНК, что может влиять на статус сайта(ов) связывания микроРНК, кроме того, изменяя взаимодействие между микроРНК и мРНК. SNP в днРНК могут увеличивать или уменьшать риск развития рака, в зависимости от функции днРНК, поскольку она может действовать как онкоген или ген-супрессор опухоли - гипотеза, которую предстоит изучить. Более того, SNP в lncRNAs могут увеличивать или уменьшать риск рака, в зависимости от местоположения этих SNP, находятся ли они в некодирующей области или нет. Идентификация таких локусов, мутантных или нет, участвующих в прогрессировании или профилактике РМЖ, будет важной проблемой для понимания патогенеза РМЖ, а также для открытия новых целей для диагностики, профилактики и/или лечения рака.

   1.2 Цель работы Предоставление информации о роли SNP LINC00511 (rs11657109 или rs17780195 или rs9906859, rs4432291 и rs1558535) в восприимчивости к РМЖ.

   1.3 Результаты предыдущих исследований Chong et al. обнаружили, что существует связь между SNP LINC00511 и BC у китайского населения. мы изучали те же ассоциации, но у нашего египетского населения.

2. Субъекты 2.1. Заявление об этике. Этическое одобрение было получено от наблюдательного совета фармацевтического факультета Университета Айн-Шамс и одобрения Комитета по этике исследований (REC ID 6, дата: 11 ноября 2020 г.). Исследование проводилось в соответствии с Руководящими принципами Хельсинкской декларации. У всех участников было получено письменное информированное согласие.

   2.2 Анализ мощности и расчет размера выборки Расчет размера выборки проводился с использованием программного обеспечения PS: Power and Sample Size Calculations, версия 3.0.11. для MS Windows (Уильям Д. Дюпон и Уолтон Д., Университет Вандербильта, Нэшвилл, Теннесси, США). Уровень α-ошибки был зафиксирован на уровне 0,05, мощность установлена ​​на уровне 80%. Минимальный оптимальный размер выборки должен составлять 85 участников для каждой группы SNP.

   2.3 Участники исследования будут разделены на две основные группы.

   • Группа случаев n = 267, пациентки с РМЖ из Национального института рака (NCI), Каир, Египет.
   • Контрольная группа n=150, здоровые женщины-добровольцы. Клинические данные были получены из медицинских записей и оригинальных отчетов о патологии. Были записаны и оценены следующие параметры данных: возраст пациента, размер опухоли (определяемый с помощью маммографии или магнитно-резонансной техники, диаметр (мм или см) при постановке диагноза), начальная стадия опухоли, классификация BIRAD в соответствии с Американским колледжем радиологии и узловой статус. согласно классификации TNM Американского объединенного комитета по раку (AJCC).
3. Методы 3.1. Отбор проб крови. Образцы крови (5 мл) собирали у контрольной группы и пациентов с РМЖ на вакутейнерах с антикоагулянтом ЭДТА и хранили при -20°С до биохимического анализа.

3.2 Биохимическая оценка проводилась в лаборатории кафедры фармакологии и биохимии фармацевтического факультета Британского университета в Египте и в исследовательской лаборатории передовой биохимии фармацевтического факультета Университета Айн-Шамс.

3.3 Экстракция ДНК Набор для экстракции ДНК (мини-набор QIAamp DNA Blood) (кат. № 51104; Zymo Research, США) использовали для выделения ДНК из цельной крови, собранной в вакутейнерах с антикоагулянтом ЭДТА, согласно инструкции производителя.

3.4 Количественный анализ ДНК Проведен на спектрофотометре Quawell UV-Vis Q5000 (США). 3.5 Генотипирование SNP Анализ генотипирования SNP TaqMan® использовали для генотипирования полиморфизмов LINC00511 (rs11657109 или rs17780195 или rs9906859 или rs4432291 и rs1558535) с использованием TaqMan Universal Master Mix No UNG (Thermo Fisher Scientific, США) и StepOnePlus™ q. ПЦР-система (Прикладная Биосистемс, США).

3.6 Статистический анализ Для выполнения всех статистических анализов использовались программное обеспечение «Статистический пакет для социальных наук» (SPSS) v.23.0 и программное обеспечение SHEsis. Критерий Стьюдента и критерий χ 2 использовались для сравнения количественных и качественных переменных между случаями и контрольными группами соответственно. Логистическую регрессию применяли, чтобы выяснить связь между SNP LINC00511 и восприимчивостью к BC. Для дальнейшего изучения взаимосвязи между SNP LINC00511 и восприимчивостью к BC был применен стратифицированный анализ. Чтобы узнать больше о взаимосвязи между чувствительностью к BC и SNP LINC00511, был использован стратифицированный анализ. Программное обеспечение SHEsis использовалось для анализа гаплотипов для проверки совокупного эффекта изученных SNP.

Анализы со значением P меньше или равным 0,05 считались статистически значимыми.