Associatie van SNP's in lang intergeen niet-coderend RNA 00511 (LINC00511) met borstkanker onder de Egyptische bevolking

1. Inleiding 1.1. Achtergrond: Borstkanker (BC) is tegenwoordig een van de meest voorkomende vormen van kanker bij vrouwen, aangezien er wereldwijd jaarlijks naar schatting 1,6 miljoen BC-gevallen voorkomen. Er sterven jaarlijks ongeveer 500.000 vrouwen als gevolg van BC, waardoor het een belangrijke oorzaak van kankersterfte onder vrouwen is. Het vertegenwoordigt 23% van de totale kankergevallen en 14% van de sterfgevallen door kanker bij vrouwen. Het vertegenwoordigt 52% van de gevallen in BC en 62% van de sterfgevallen in economisch ontwikkelingslanden. In Egypte is BC de meest voorkomende vorm van kanker bij vrouwen (38,8%) en het voor leeftijd gecorrigeerde percentage BC bedraagt ​​49,6 per 100.000. bevolking. Borstkanker kan worden geclassificeerd op basis van de hormonen en de HER2-status: Luminal A BC (Oestrogeen Receptor(ER) +, Progesteron Receptor(PR) +/-, Human epidermale groeifactor receptor 2 (HER2) -), Luminal B BC (ER+). , PR+/-, HER2+), HER2 BC (ER-, PR- en HER2+) en Triple-negatieve BC (TNBC) (ER-, PR- en HER2-).TNBC is een agressieve kanker vanwege het recidief en minder doelgerichte kanker. geneesmiddelen. BC kan een uitgezaaide kanker worden en overbrengen naar verre organen zoals botten, longen en hersenen, wat de oorzaak is van de ongeneeslijkheid ervan. Een vroege diagnose van de ziekte leidt tot een goede prognose en een verhoging van de overlevingskans. Traditionele prognostische factoren, zoals tumorgrootte, tumorgraad en status van lymfekliermetastasen, zijn de belangrijkste prognostische factoren voor BC. Het opnemen van de genetische informatie is echter nodig bij de prognose. BC is een typische vorm van kanker vanwege de interactie van genetische en niet-genetische factoren.

   Er is gerapporteerd dat lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) een belangrijke rol spelen bij verschillende soorten kanker, waaronder BC, door regulering van genexpressie en epigenetische kenmerken. LncRNA's zijn groter dan 200 nucleotiden lang. LncRNA's ondergaan verschillende biologische acties, zoals het reguleren van de RNA-stabiliteit, transcriptionele regulatie, het fungeren als een steiger, RNA-versterker, miRNA-sekwestratie en het begeleiden van eiwit-DNA-interactie. LncRNA's zijn op veel niveaus betrokken bij de regulering van genexpressie, waaronder alternatieve splitsing en verandering van eiwitlokalisatie, chromatinemodificatie, transcriptie en post-transcriptionele verwerking. Bovendien zijn lncRNA's betrokken bij verschillende kenmerken van kanker, waaronder ongecontroleerde proliferatie, angiogenese, het omzeilen van celdood en metastase. Het is opmerkelijk om te vermelden dat abnormale expressie van lncRNA's aanzienlijk bijdraagt ​​aan de gevoeligheid en progressie van kanker in BC-gevallen.

   Lang intergeen niet-coderend RNA 00511 (LINC00511) is een ncRNA van 2265 bp en bevindt zich op chromosoom 17q24. Eerdere studies hebben aangetoond dat het een oncogene functie uitoefent bij veel vormen van kanker, zoals BC, niet-kleincellige longkanker, eierstokkanker en glioom. In BC-gevallen bevordert LINC00511, omdat het oncogeen is, de tumorgroei door de G1/S-overgang te versnellen en apoptose te remmen. Er is aangetoond dat er een verband bestaat tussen LINC00511 en de groei en invasie van BC, waarbij competitieve binding tussen LINC00511 en het microRNA-185 (miR-185) de prognose en progressie van BC beïnvloedt. LINC00511 sponst miR-185-3p en verhindert dat dit miRNA zich aan zijn doel-mRNA bindt. Daarom is er vrij mRNA, met meer expressie van de transcriptiefactor E2F1, die uiteindelijk de proliferatie en progressie van BC bevordert.

   Genetische variaties zoals single nucleotide polymorphisms (SNPs) in lncRNAs blijken geassocieerd te zijn met kanker. Ze beïnvloeden de functie van doelgenen, door de verandering van het splitsingsproces en de stabiliteit van de mRNA-conformatie, wat leidt tot de modificatie van hun stroomafwaarts interacterende partners. Mutante varianten kunnen de expressie en secundaire structuur van lncRNA's beïnvloeden, wat de status van de bindingsplaats(en) voor miRNA's kan beïnvloeden en bovendien de interactie tussen miRNA's en mRNA's kan veranderen. SNP's in lncRNA's kunnen het risico op kanker verhogen of verlagen, afhankelijk van de functie van lncRNA, omdat het kan fungeren als oncogen of tumorsuppressorgen, een hypothese die moet worden onderzocht. Bovendien kunnen SNP's in lncRNA's het risico op kanker vergroten of verkleinen, afhankelijk van de locatie van deze SNP's, al dan niet in een niet-coderend gebied. Het identificeren van dergelijke loci, al dan niet mutant, die betrokken zijn bij de progressie of preventie van BC, zal een belangrijke kwestie zijn voor het begrijpen van de pathogenese van BC en voor het ontdekken van nieuwe doelen voor de diagnose, preventie en/of behandeling van kanker.

   1.2 Doel van het werk Het verstrekken van informatie over de rol van LINC00511 SNP's (rs11657109 of rs17780195 of rs9906859, rs4432291 en rs1558535) in de gevoeligheid voor BC.

   1.3 Bevindingen uit eerdere onderzoeken Chong et al. ontdekte dat er een verband bestond tussen LINC00511 SNP's en BC in de Chinese bevolking. we bestudeerden dezelfde associaties, maar dan in onze Egyptische bevolking.

2. Onderwerpen 2.1 Ethische verklaring Er is ethische goedkeuring verkregen van de Ain Shams Universiteit, de beoordelingscommissie van de Faculteit der Farmacie, goedkeuring van de Ethische Onderzoekscommissie (REC ID 6, datum: 11 november 2020). Het onderzoek werd uitgevoerd in overeenstemming met de Declaration of Helsinki Guidelines. Van alle deelnemers werd een schriftelijke geïnformeerde toestemming verkregen.

   2.2 Poweranalyse en berekeningen van de steekproefgrootte De berekening van de steekproefomvang werd uitgevoerd met behulp van PS: Power and Sample Size Calculations-software, versie 3.0.11 voor MS Windows (William D. Dupont en Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, VS). Het α-foutniveau werd vastgesteld op 0,05, het vermogen werd vastgesteld op 80%. De minimale optimale steekproefomvang moet 85 deelnemers zijn voor elke SNP-groep.

   2.3 Deelnemers aan het onderzoek worden in twee hoofdgroepen ingedeeld

   • Casegroep n= 267, vrouwelijke patiënten uit BC van het National Cancer Institute (NCI), Caïro, Egypte.
   • Controlegroep n= 150, gezonde vrouwelijke vrijwilligers. Klinische gegevens werden verkregen uit medische dossiers en de originele pathologierapporten. De volgende gegevensparameters werden geregistreerd en beoordeeld: leeftijd van de patiënt, tumorgrootte (gedefinieerd door mammografie of magnetische resonantietechnieken diameter (mm of cm) bij diagnose), aanvankelijk tumorstadium, BIRADs-classificatie volgens het American College of Radiology en knooppuntstatus volgens de TNM-classificatie van het American Joint Committee on Cancer (AJCC).
3. Methoden 3.1 Bloedafname Bloedmonsters (5 ml) werden verzameld van controles en BC-patiënten, op EDTA-antistollingsvacutainers en bewaard bij -20ºC tot biochemische beoordeling.

3.2 De biochemische beoordeling werd uitgevoerd in het laboratorium van de afdeling Farmacologie en Biochemie van de Faculteit Farmacie, de Britse Universiteit in Egypte en het Advanced Biochemistry Research Lab van de faculteit Farmacie, Ain Shams University.

3.3 DNA-extractie Een DNA-extractiekit (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Cat. nr. 51104; Zymo Research, VS) werd gebruikt om DNA te extraheren uit volbloed verzameld met vacutainers met EDTA-anticoagulantia, volgens de instructies van de fabrikant.

3.4 DNA-kwantificering Het werd gedaan met behulp van een Quawell UV-Vis-spectrofotometer Q5000 (VS). 3.5 SNP's Genotypering De TaqMan® SNP-genotyperingstest werd gebruikt om genotypering uit te voeren voor LINC00511-polymorfismen (rs11657109 of rs17780195 of rs9906859 of rs4432291 en rs1558535) met behulp van het TaqMan Universal Master Mix No UNG (Thermo Fisher Scientific, VS) en StepOnePlus™ qPCR-systeem ( Toegepast Biosystemen, VS).

3.6 Statistische analyse Statistisch pakket voor de sociale wetenschappen (SPSS) v.23.0-software en SHEsis-software werden gebruikt om alle statistische analyses uit te voeren. Student's t-test en χ 2-test werden gebruikt om kwantitatieve en kwalitatieve variabelen tussen respectievelijk cases en controlegroepen te vergelijken. Logistische regressie werd toegepast om de associatie tussen LINC00511 SNP's en BC-gevoeligheid te achterhalen. Een gestratificeerde analyse werd toegepast om de relatie tussen LINC00511 SNP's en BC-gevoeligheid verder te onderzoeken. Om meer te weten te komen over de relatie tussen BC-gevoeligheid en LINC00511 SNP's, werd een gestratificeerde analyse gebruikt. SHEsis-software werd gebruikt om de haplotype-analyse uit te voeren om het gecombineerde effect van de bestudeerde SNP's te testen.

Analyses met een P-waarde kleiner dan of gelijk aan 0,05 werden als statistisch significant beschouwd.