이집트 인구 중 긴 유전자간 비코딩 RNA 00511(LINC00511)의 SNP와 유방암의 연관성

1. 소개 1.1. 배경: 유방암(BC)은 매년 전 세계적으로 160만 건의 BC 사례가 발생하는 것으로 추정되는 오늘날 여성에게 가장 흔한 유형의 암 중 하나입니다. 매년 약 500,000명의 여성이 BC로 인해 사망하며 BC는 여성 암 사망의 주요 원인입니다. 이는 전체 암 사례의 23%, 여성 암 사망자의 14%를 차지합니다. 이는 BC 주 사례의 52%, 경제 개발도상국에서 사망자의 62%를 차지합니다. 이집트에서 BC는 여성에게 가장 흔한 암(38.8%)으로 보고되었으며 BC의 연령 조정 비율은 100,000명당 49.6명입니다. 인구. 유방암은 호르몬과 HER2 상태에 따라 Luminal A BC (Estrogen Receptor(ER) + , Progesterone Receptor(PR) +/- , Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2) -) , Luminal B BC (ER+)로 분류할 수 있습니다. , PR+/-, HER2 +), HER2 BC(ER-, PR- 및 HER2+) 및 삼중 음성 BC(TNBC)(ER-, PR- 및 HER2-).TNBC는 재발이 적고 표적 표적이 적기 때문에 공격적인 암입니다. 약. BC는 전이성 암이 되어 뼈, 폐, 뇌 등 먼 기관으로 전이될 수 있어 불치의 원인이 된다. 질병을 조기에 진단하면 예후가 좋고 생존율도 높아집니다. 종양 크기, 종양 등급, 림프절 전이 상태와 같은 전통적인 예후 인자는 BC의 가장 중요한 예후 인자입니다. 그러나 예후에는 유전정보를 포함하는 것이 필요하다. 전형적인 암인 BC는 유전적 요인과 비유전적 요인의 상호작용으로 인해 발생합니다.

   긴 비코딩 RNA(lncRNA)는 유전자 발현 및 후생적 특징의 조절을 통해 BC를 포함한 다양한 유형의 암에서 중요한 역할을 하는 것으로 보고되었습니다. LncRNA의 길이는 200개 이상의 뉴클레오티드입니다. LncRNA는 RNA 안정성 조절, 전사 조절, 스캐폴드 역할, RNA 인핸서, miRNA 격리 및 단백질-DNA 상호 작용 안내와 같은 다양한 생물학적 작용을 겪습니다. LncRNA는 대체 스플라이싱, 단백질 위치 변경, 염색질 변형, 전사 및 전사 후 처리를 비롯한 여러 수준에서 유전자 발현 조절에 관여합니다. 또한, lncRNA는 조절되지 않는 증식, 혈관 신생, 세포 사멸 및 전이 회피를 포함하여 암의 여러 특징에 관여합니다. lncRNA의 비정상적인 발현이 BC 사례의 암 감수성과 진행에 크게 기여한다는 점은 주목할 만합니다.

   긴 유전자간 비코딩 RNA 00511(LINC00511)은 2265bp ncRNA이며 염색체 17q24에 위치합니다. 이전 연구에서는 BC암, 비소세포폐암, 난소암, 신경교종 등 많은 암에서 발암성 기능을 발휘한다는 사실이 밝혀졌습니다. BC의 경우 발암성이 있는 LINC00511은 G1/S 전이를 가속화하고 세포사멸을 억제하여 종양 성장을 촉진합니다. LINC00511과 BC 성장 및 침입 사이에는 연관성이 있다는 것이 입증되었으며, 여기서 LINC00511과 microRNA-185(miR-185) 사이의 경쟁적 결합은 BC 예후 및 진행에 영향을 미칩니다. LINC00511은 miR-185-3p를 스폰지로 만들어 이 miRNA가 표적 mRNA에 결합하는 것을 방지하므로 자유 mRNA가 존재하며 전사 인자 E2F1이 더 많이 발현되어 결국 BC 증식과 진행을 촉진합니다.

   lncRNA의 단일 염기 다형성(SNP)과 같은 유전적 변이가 암과 관련이 있는 것으로 밝혀졌습니다. 이는 접합 과정의 변경과 mRNA 형태의 안정성을 통해 표적 유전자의 기능에 영향을 미치고, 이는 하류 상호 작용 파트너의 변형으로 이어집니다. 돌연변이 변종은 lncRNA의 발현 및 2차 구조에 영향을 미칠 수 있으며, 이는 miRNA의 결합 부위 상태에 영향을 미칠 수 있으며, 더욱이 miRNA와 mRNA 사이의 상호 작용을 변경할 수도 있습니다. lncRNA의 SNP는 lncRNA의 기능에 따라 암 위험을 증가시키거나 감소시킬 수 있으며, 이는 탐구할 가설인 종양 유전자 또는 종양 억제 유전자로 작용할 수 있기 때문입니다. 또한, lncRNA의 SNP는 비암호화 영역에 있는지 여부에 따라 이러한 SNP의 위치에 따라 암 위험을 증가시키거나 감소시킬 수 있습니다. BC 진행 또는 예방에 관여하는 돌연변이 여부에 관계없이 그러한 유전자좌를 식별하는 것은 BC 발병 기전을 이해하고 암 진단, 예방 및/또는 치료를 위한 새로운 표적을 발견하는 데 중요한 문제가 될 것입니다.

   1.2 작업 목표 BC 민감성에서 LINC00511 SNP(rs11657109 또는 rs17780195 또는 rs9906859, rs4432291 및 rs1558535)의 역할에 대한 정보를 제공합니다.

   1.3 이전 연구 결과 Chong et al. 중국 인구에서 LINC00511 SNP와 BC 사이에 연관성이 있음을 발견했습니다. 우리는 동일한 연관성을 연구했지만 이집트 인구를 대상으로 했습니다.

2. 과목 2.1 윤리성명서 아인샴스대학교 약학부 심사위원회 연구윤리위원회 승인(REC ID 6, 날짜: 2020년 11월 11일)으로부터 윤리적 승인을 받았습니다. 이 연구는 헬싱키 지침 선언에 따라 수행되었습니다. 모든 참가자로부터 서면 동의를 얻었습니다.

   2.2 검정력 분석 및 표본 크기 계산 표본 크기 계산은 PS: 검정력 및 표본 크기 계산 소프트웨어 버전 3.0.11을 사용하여 수행되었습니다. MS Windows용(William D. Dupont 및 Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, USA). α-오차 수준은 0.05로 고정되었고 검정력은 80%로 설정되었습니다. 최소 최적 샘플 크기는 각 SNP 그룹에 대해 85명의 참가자여야 합니다.

   2.3 연구 참가자는 두 가지 주요 그룹으로 분류됩니다.

   • 사례 그룹 n= 267, 이집트 카이로 소재 국립 암 연구소(NCI)의 BC 여성 환자.
   • 대조군 n= 150, 건강한 여성 지원자. 임상 데이터는 의료 기록과 원본 병리 보고서에서 얻었습니다. 다음 데이터 매개변수를 기록하고 평가했습니다: 환자의 연령, 종양 크기(진단 시 유방조영술 또는 자기 공명 기술 직경(mm 또는 cm)에 의해 정의됨), 초기 종양 단계, American College of Radiology에 따른 BIRAD 분류 및 결절 상태 미국암합동위원회(AJCC)의 TNM 분류에 따르면.
3. 방법 3.1 혈액 샘플링 혈액 샘플(5ml)을 EDTA 항응고제 진공 용기를 사용하여 대조군과 BC 환자로부터 수집하고 생화학적 평가가 이루어질 때까지 -20°C에서 보관했습니다.

3.2 생화학적 평가는 이집트 영국대학교 약학부 약리학 및 생화학부 연구실과 아인 샴스 대학교 약학부 고급 생화학 연구실에서 수행되었습니다.

3.3 DNA 추출 A DNA 추출 키트(QIAamp DNA Blood Mini Kit)(Cat. 번호 51104; Zymo Research, USA)를 사용하여 제조업체의 지침에 따라 EDTA 항응고제 진공채집기에서 수집한 전혈에서 DNA를 추출했습니다.

3.4 DNA 정량화 Quawell UV-Vis 분광광도계 Q5000(USA)을 사용하여 수행되었습니다. 3.5 SNP 유전형 분석 TaqMan® SNP 유전형 분석 분석은 TaqMan Universal Master Mix No UNG(Thermo Fisher Scientific, USA) 및 StepOnePlus™ qPCR 시스템을 사용하여 LINC00511 다형성(rs11657109 또는 rs17780195 또는 rs9906859 또는 rs4432291 및 rs1558535)에 대한 유전형 분석을 수행하는 데 사용되었습니다. (적용 미국 바이오시스템즈).

3.6 통계 분석 SPSS(Statistical Package for the Social Sciences) v.23.0 소프트웨어와 SHEsis 소프트웨어를 사용하여 모든 통계 분석을 수행했습니다. 사례군과 대조군 간의 정량적 변수와 정성적 변수를 비교하기 위해 Student's t-test와 χ 2 test를 각각 사용하였다. LINC00511 SNP와 BC 민감성 사이의 연관성을 찾기 위해 로지스틱 회귀 분석을 적용했습니다. LINC00511 SNP와 BC 민감성 사이의 관계를 추가로 조사하기 위해 계층화 분석이 적용되었습니다. BC 민감성과 LINC00511 SNP 간의 관계에 대해 자세히 알아보기 위해 계층화 분석이 사용되었습니다. SHEsis 소프트웨어를 사용하여 연구된 SNP의 결합 효과를 테스트하기 위해 일배체형 분석을 수행했습니다.

P 값이 0.05 이하인 분석은 통계적으로 유의한 것으로 간주되었습니다.